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RSS订阅原创 BGI | STCellBin：动植物组织细胞分割
STCellbin 利用细胞核染色图像作为桥梁来获取与空间基因表达图谱对齐的细胞膜/壁染色图像。通过采用先进的细胞分割技术，可以获得准确的细胞边界，从而获得更可靠的单细胞空间基因表达谱。此次更新的增强功能为细胞内基因表达的空间组织提供了宝贵的见解，并有助于更深入地了解组织生物学。
2024-04-13 21:15:39
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原创 树育发统系物生微归递递归微生物系统发育树
文章目录一个不成熟的想法几段不成熟的代码将树文件转换成字典根据字典绘制树根据个人菌群列表过滤字典绘制个人的小树几个不成熟的建议参考资料一个不成熟的想法微生物系统发育树长啥样的呢？这样或者是这样亦或者是这样。哈哈，反正这个不能用好看来形容了。那那那自己肠道微生物又会是什么样的呢？阿这！几段不成熟的代码绘图步骤分为：将树文件转成字典根据字典绘制树根据个人菌群列表过滤字典绘制个人的小树将树文件转换成字典直接借鉴大佬代码，根据metaphlan3提供的树文件，稍微修改了一下。
2020-11-24 23:53:25
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原创 宏基因组数据分析：差异分析（LEfSe安装使用及LDA score计算）
文章目录简介安装简介安装报错：Collecting package metadata (current_repodata.json): doneSolving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next re
2020-10-14 20:42:48
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原创 kneaddata安装及使用
文章目录简介安装下载数据库创建定制数据库(可选)运行参考资料简介安装conda create -n kneaddataconda activate kneaddataconda install -c biobakery kneaddata下载数据库mkdir kneaddata_databasecd kneaddata_database/kneaddata_database --download human_genome bowtie2 ./kneaddata_database --d
2020-09-28 13:40:22
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原创 MetaPhlAn3安装及使用
文章目录简介安装数据库下载运行简介MetaPhlAn是一种物种注释工具，可从宏基因组鸟枪测序数据（即非16S）中分析微生物群落（细菌，古细菌和真核生物）的组成。使用StrainPhlAn，还可以执行准确的菌株级微生物分析。MetaPhlAn使用序列比对marker基因，来获得相对丰度信息，相对于其他策略而言，物种检出较少，但假阳性较低，只能检出数据库内的物种。MetaPhlAn2和MetaPhlAn3原理应该是一样的，最大的更新应该是数据库，MetaPhlAn3目前还没有文章。At this
2020-09-21 08:34:06
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原创 HUMAnN 3.0 (alpha)安装及使用
文章目录简介安装数据库下载运行参考简介安装conda install humannhumann_test (~1 minute)数据库下载humann_databases --download chocophlan full /path/to/databases --update-config yeshumann_databases --download uniref uniref90_diamond /path/to/databases --update-config yeshumann_
2020-09-13 23:35:22
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原创 Visual Studio Code(vscode)使用介绍
文章目录1. vscode 安装2.1. vscode 安装软件直接在vscode官网（https://code.visualstudio.com/）下载安装。建议将下图红框中勾选，安装完成后可通过鼠标右键打开vscode。安装界面2.
2020-08-14 14:43:44
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原创 Jupyter notebook/lab安装及远程访问
文章目录简介本地使用安装jupyter notebook安装jupyter lab安装启动使用远程使用(非root)安装配置远程服务器配置本地终端配置访问Lab插件参考简介最开始的时候Jupyter指的就是Jupyter Notebook，后来Jupyter公司出了Jupyter Lab，所以本文用notebook表示Jupyter Notebook， 用Lab表示Jupyter Lab。关于两者的介绍，网上很多资料，这里就不再介绍了。总的而言，两者是一家，lab是notebook的加强版，lab包
2020-08-03 22:09:14
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原创 数据分析统计基础（一）：数据分析步骤/思路
该系列准备介绍一下数据分析中的统计基础内容。内容大致分为：数据分析统计基础（一）：数据分析步骤/思路数据分析统计基础（二）：描述性分析数据分析统计基础（三）：差异性/相关性分析数据分析统计基础（四）：关联性分析数据分析统计基础（五）：重复测量数据关联分析参考：1.《医学案例统计分析与SAS应用》，冯国双...
2020-07-01 23:49:51
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空空如也
空空如也
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