ascp to download NCBI and EBI database

已于 2023-08-22 16:01:20 修改
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分类专栏： Goldbioinformatics 文章标签： 大数据
于 2023-08-22 15:57:10 首次发布
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本文介绍了如何使用ascp协议从NCBI和EBI快速下载数据库。ascp是Aspera公司的高速文件传输协议，比FTP和SCP更快。文中列举了ascp命令的关键参数，如私钥文件、并发数、速率限制等，并提供了传输文件的示例。此外，还提到了EBI下载后的步骤以及NCBI数据库和blast等相关数据的获取。

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ascp to download NCBI and EBI database

Before using, please ensure that the parameters for using ascp have been confirmed.
ascp（Accelerated Secure Copy Protocol）是Aspera公司开发的一种基于UDP的高速文件传输协议，其速度可以比FTP、SCP等传统协议快几倍到几十倍。ascp命令是ascp协议的命令行实现，常用于高速大文件传输。

ascp命令的常用参数有：

  1. -i：指定私钥文件路径

  2. -T：设置传输并发数（默认为1）

  3. -Q：设置传输队列大小

  4. -l：指定传输速率限制

  5. -P：指定要传输的内容是一个目录（默认为文件）

  6. -r：递归传输目录

  7. -k：指定加密协议

  8. -v：详细输出

  9. -h：显示帮助信息

例如，使用ascp命令传输文件可以使用以下

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linux ascp 参数,使用Aspera (ascp 命令)从NCBI高速下载数据
weixin_36367702的博客
05-14 3815
1. 简介生物信息研究人员往往需要从NCBI/sra 或者EBI/ENA下载高通量的测序数据。而通过NCBI申请获得的数据往往需要通过Aspeara进行下载。2. Aspeara 安装$ wget http://d3gcli72yxqn2z.cloudfront.net/connect/bin/aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz$ tar zxf ...
利用ascp下载SRA Explorer中转录组数据
hgz2020的博客
07-22 821
ascp
使用ascp 高速下载NCBI各种数据库中的数据
qq_36608036的博客
03-09 3901
ascp 高速下载NCBI各种数据库中的数据（SRA NR NT 分类数据库） NR NT 数据库： #wget -c https://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/taxdump.tar.gz #wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelists/gi2acc_mapping/gi2acc_lmdb.db.gz #wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/livelist
NCBI 数据下载
小猪打呼噜
04-12 1502
网上介绍的那几种直接下载NCBI数据的方法大都下载速度很慢，但是EBI (European Bioinformatics Institute) 下载很快，而且它的数据库和NCBI是共享的，所以我们可以直接从 EBI 下载。1 、 确定要下载的 SRA 编号；
ascp下载ebi ncbi数据库大文件
weixin_30835649的博客
08-18 1122
在技能树论坛里看到有人说ascp可以下载宽带满速，就百度了一下，但是发现ncbi的正常可用，ebi的已经不能用了，所以更新一下。 ebi 千人基因组计划数据下载代码 ascp -i asperaweb_id_dsa.openssh -Tr -Q -l 6M -P33001 -L- -k1 era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR262/ERR...
（DownLoad）Aspera——ascp下载SRA数据
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02-25 2131
下载Aspera Connect： > 软件安装下载的方式有两种 第一种，直接从官网下载，然后解压安装（mac电脑我用的是这一种） curl -O http://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.7.4/aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz # 这里要注意一下，我使用的是zsh编译，如果是正
Oracle ebs ASCP方案设置测试文档-ASCP测试
04-17
Oracle EBS ASCP 方案设置测试文档-ASCP 测试 本文档旨在介绍 Oracle EBS ASCP（高级计划排程）模块的方案及相关对应的设置测试文档，涵盖了 ASCP 的设置和流程。通过本文档，读者可以学习整个 ASCP 的设置和流程。...
[Other]-安装ruby、ascli、ascp
hmx224_2014的专栏
08-23 735
最近新接到这样一个需求，将生物原始数据上传到某中心，其中用到ascp命令，阴差阳错的装了ruby、ascli，这里就都一并介绍下安装方式，由于服务器老旧默认安装时ruby2.0，又升级到2.7等引发的一系列问题，算是学习科普文了。是一种灵活、动态的编程语言，广泛用于 Web 开发、自动化等领域。是 IBM Aspera 的命令行接口工具，用于管理和传输大规模数据。是 Aspera 的核心传输工具，专注于高速、安全的文件传输，特别适用于在不良网络条件下传输大文件。1、
Oracle-ASCP-总体业务解决方案详述.ppt
11-15
Oracle-ASCP-总体业务解决方案详述 Oracle ASCP（Advanced Supply Chain Planning）是一套功能强大、全面且基于Internet的计划解决方案，旨在帮助企业提高供应链管理效率、降低成本和提高客户满意度。本解决方案...
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12-20
Oracle ASCP 数据源 Oracle ASCP 是一个高级供应链计划系统，旨在帮助企业更好地规划和管理其供应链。为了实现这个目标，ASCP 需要收集和处理大量的数据，从而生成高质量的计划结果。下面我们将详细介绍 Oracle ...
RNA-seq分析-数据库
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02-07 6379
！！！！声明：不是原创，我只是方便自己学习，原文指路 NCBI-SRA数据库与EBI-ENA数据库 所有已发表文献中的高通量测序数据大多会上传到某个数据库中方便其他人的下载学习与再研究，这其中受众最广的自然是出身NCBI的SRA数据库。同时出身EBI的ENA数据库对于下载数据有很多便利之处，所以在具体下载文件之前先了解一下这两个数据库的情况。 NCBI与EBI同属于INSDC:International Nucleotide Sequence Database Collaboration，提交给所属三个数
最新 NCBI 上传测序数据教程 （图文详解）
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1.下载/安装Aspera 下载地址：http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list 选择对应的版本，我用的是centos7_x64服务器，安装文件aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.sh 使用普通用户进行安装 sh aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.s...
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What is Oracle ASCP?
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08-06 224
Oracle Advanced Supply Chain Planning (ASCP) is a comprehensive, Internet-based planning solution that decides when and where supplies (for example, inventory, purchase orders and work orders) should ...
Aspera：基因组数据高速下载利器，以NCBI和EBI数据下载为例
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我们通常用wget或curl下载文件，然而由于 NCBI 和 EBI 网站都在国外，有时候下载速度非常慢，如果文件特别大，就可能非常难受甚至是不可能完全的任务了，这时可用 aspera ...
ascp：failed to authenticate怎么解决
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09-14
ASCP (Advanced Secure Copy) 是一个基于SSH（Secure Shell）的安全文件传输工具。如果遇到 "failed to authenticate" 的错误，通常意味着在尝试连接目标主机时身份验证失败。以下是几个可能的原因及解决方案： 1. **用户名/密码错误**：检查输入的用户名和密码是否正确。确认它们与目标服务器上设置的用户匹配。 2. **SSH密钥对**：如果你使用的是公钥认证，确保私钥文件（如~/.ssh/id_rsa）的权限设置正确，并且路径在ASCP命令行中指定正确。 3. **无公钥信任**：目标服务器可能尚未接受你的公钥。你需要把你的公钥添加到目标服务器的authorized_keys文件中。 4. **防火墙或安全组限制**：检查本地或目标服务器的防火墙设置，确保SSH连接端口（默认22）开放，并允许来自你的IP地址的连接。 5. **证书或会话已过期**：如果是使用SSH代理（如SSH agent），确保证书有效并且未超时。 6. **命令行选项**：确保在使用ASCP时没有误操作，例如可能需要提供`-l`来指定登录用户的Shell环境。 解决这个问题后，你可以尝试再次运行ASCP命令，比如： ``` ascp -l username@hostname:/path source_file destination_path ``` 如果问题仍然存在，查看ASCP的日志文件或直接通过SSH连接去诊断问题更直观。
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