53、高性能计算中的作业管理与文件操作

高性能计算中的作业管理与文件操作

在高性能计算（HPC）领域，作业管理和文件操作是至关重要的环节。作业管理涉及到如何高效地运行长时间作业以及处理作业之间的依赖关系，而文件操作则关乎数据的存储、读取和更新。下面将详细介绍这些方面的内容。

长时间作业的自动重启

大多数高性能计算站点会限制作业的最大运行时间。为了运行更长时间的作业，通常采用的方法是应用程序定期将其状态写入文件，然后提交一个后续作业，该作业读取该文件并从该点继续运行，这个过程被称为检查点和重启。

检查点过程对于处理批处理作业的有限时间以及处理系统崩溃或其他作业中断非常有用。对于少量的重启情况，你可以手动重启作业，但随着重启次数的增加，这将成为一个真正的负担。因此，有必要实现自动重启的功能。

以下是一个用于Slurm的批处理脚本示例，用于实现自动重启：

#!/bin/sh
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 4
#SBATCH --signal=23@160
#SBATCH -t 00:08:00

# Do not place bash commands before the last SBATCH directive
# Behavior can be unreliable

NUM_CPUS=${SLURM_NTASKS}
OUTPUT_FILE=run.out
EXEC_NAME=./testapp
MAX_RESTARTS=4

if [ -z ${COUNT} ]; then
    export COUNT=0
fi

((COUNT++))
echo "Restart COUNT is ${COUNT}"