pheatmap进行热图绘制

最新推荐文章于 2025-11-02 11:46:02 发布

原创最新推荐文章于 2025-11-02 11:46:02 发布 · 1.8k 阅读

5 ·

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签：

生物信息专栏收录该内容

5 篇文章

订阅专栏

本文介绍如何使用R语言的pheatmap包处理并可视化代谢组学数据，通过读取CSV文件，进行数据预处理如对数转换、无限值替换，最后绘制出细胞宽度和高度自定义的热图。

初始的代谢组数据如下

pgn

用R包 pheatmap处理

rm(list=ls())
library(pheatmap) 
X = read.csv("C:/Users/tangxing/Desktop/111.csv",header = T)
rownames(X) <- X[,1] #将行名设置为列表的行名
X <- X[,-1] # 去掉第一行
X<-log(X,10) #  将数值转换
X[sapply(X,is.infinite)]<- -3 # 替换负无穷为-3
pheatmap(X,cellwidth = 30, cellheight = 9,border_color="black") # 绘制热图

pgn