ggplot2画富集气泡图

用ggplot2来画富集分析图

library(ggplot2)
 
# 读取数据
pathway = read.table("./qwe.txt",header=T,sep="\t")
 
# 开始画图
p = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))
p + geom_point()
 
# 改变点的大小
p + geom_point(aes(size=Input-number))
 
# 四维数据的展示
pbubble = p + geom_point(aes(size=Input-number,color=-1*log10(Qvalue)))
 
# 自定义渐变颜色
pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red")
 
# 绘制pathway富集散点图
pr = pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red") + labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene number",x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")
# 改变图片的样式（主题）
pr + theme_bw()
## 保存图片
ggsave("out.pdf")   # 保存为pdf格式，支持 pdf，png，svg多重格式
ggsave("out.png")  # 保存为png格式
ggsave("out2.png",width=4,height=4)   # 设定图片大小