【LAMMPS学习】八、基础知识(6.4)Moltemplate​​​​​​​教程

已于 2025-05-06 15:54:50 修改
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分类专栏： LAMMPS学习 文章标签： 学习 科技 科学研究 深度学习
于 2024-05-12 00:15:00 首次发布
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本教程详细介绍了如何利用LAMMPS和Moltemplate工具进行经典分子动力学模拟，特别是针对有机溶剂甲酰胺的立方体盒子的创建。内容包括使用Moltemplate建立分子拓扑，映射OPLS-AA力场，以及通过LAMMPS进行NPT模拟的步骤。

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8. 基础知识

此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。

8.1.通用基础知识

8.2. 设置入门

8.3. 分析入门

8.4. 力场入门

8.5. 软件包入门

8.6.操作教程

8.6.1.将 CMake 与 LAMMPS 结合使用

8.6.2. LAMMPS GitHub 教程

8.6.3.使用 LAMMPS GUI

8.6.4.Moltemplate

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在使用MATLAB构建LAMMPS甲烷全原子模型时，有一个常见的问题涉及到分子模板的选择和修改。通过以上步骤，我们详细介绍了在MATLAB中使用LAMMPS甲烷全原子模型的分子模板进行构建和修改的过程。一旦我们完成了分子模板的创建和修改，我们可以使用该模板来构建甲烷分子的全原子模型。在LAMMPS中，我们可以使用一个分子模板来构建甲烷分子的全原子模型。在上述代码中，我们首先指定了要构建的甲烷分子的数量。在上述代码中，我们首先指定要修改的原子的索引。LAMMPS甲烷全原子模型的分子模板问题。
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找到一个现有的分子模板，如水分子的模板，然后把甲烷data文件中的信息复制到标准的水分子模板。但是这个data的编写格式与lammps分子模板的格式不同，不能直接把data文件作为分子模板使用。导出data文件后，用记事本打开data文件，会发现data文件已经包含分子模板所需要的结构信息。水分子后面的shake等信息可删掉不用，经过修改后的甲烷分子模板就做好了。
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