【LAMMPS学习】五、LAMMPS命令(５)通用命令

最新推荐文章于 2024-08-09 07:08:13 发布
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分类专栏： LAMMPS学习 文章标签： 学习 分子动力学 科学研究 MD 科技
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本文详细介绍了LAMMPS模拟中的关键命令，包括输入脚本格式、解析规则、各类别的命令如角度、键、二面角和范数等风格，以及通用命令的使用。特别提到了软件包中提供的其他常规命令及其加速版本。

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纳米尺度仿真软件：LAMMPS_（5）.基本操作命令
kkchenjj的博客
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命令region和create_box原理region命令用于定义仿真区域的几何形状，如立方体、圆柱体等。create_box命令用于创建一个空的仿真盒子，该盒子的尺寸由前面定义的区域决定。示例# 定义一个立方体区域，边长为100Å# 创建一个包含10种原子类型的仿真盒子命令variable原理variable命令用于定义变量，这些变量可以在仿真过程中动态使用，如温度、压力等。示例# 定义一个变量temp，初始值为300K。
【LAMMPS学习】五、LAMMPS命令(３) 输入脚本结构
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​ 本部分描述了典型的 LAMMPS 输入脚本的结构。 LAMMPS 发行版中的示例目录包含许多示例输入脚本；它在示例文档页面上进行了讨论。
lammps的应用教程
04-26
这个有需要的，自己下载吧，我主要是为了赚点积分下东西，嗯，谅解
【亲测免费】 LAMMPS 教程：安装与使用指南
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LAMMPS 教程：安装与使用指南 1. 项目目录结构及介绍 在下载并解压LAMMPS源代码之后，你会看到以下主要的目录结构： src/: 主要的源代码存放目录，包含了所有LAMMPS的核心功能和各种计算模型。 doc/: 文档目录，包括HTML格式的在线帮助和PDF版本的手册。 examples/: 示例目录，用于展示如何运行不同类型的模拟。 lib/: 外部库目录，如果需要，可以在这里找到或...
【LAMMPS学习】四、运行 LAMMPS(2)命令行选项
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03-23 4839
本部分解释了在安装可执行文件或下载源代码并构建可执行文件后如何运行 LAMMPS。命令文档页面描述了输入脚本的结构以及它们可以包含的命令。
【LAMMPS学习】五、LAMMPS命令(１) LAMMPS 输入脚本
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【LAMMPS学习】五、LAMMPS命令(8) Pair_style 势
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所有LAMMPS pair_style命令如下表所示。有些样式有加速版本。这由括号中的附加字母表示:g = GPU, i = INTEL, k = KOKKOS, o = OPENMP, t = OPT。
【LAMMPS学习】五、LAMMPS命令(9-12) (Bond\Angle\Dihedral\Improper)势
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03-29 1634
本部分描述了 LAMMPS 输入脚本的格式以及其中的命令如何用于定义 LAMMPS 模拟。主要包括以下内容。
【LAMMPS学习】八、基础知识(1.1)重启LAMMPS模拟
荷塘阅色
04-07 2072
此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的examples目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。
lammps建模案例分享及详解
qq_44963682的博客
07-07 2587
本文介绍了如何使用lammps提供的命令建立简单体系的模型，分享了一些lammps的建模案例。如遇到较复杂的模型，可选用Material Stdiuo等建模软件。
lammps软件_LAMMPS中的输出命令（八）
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点击蓝字，关注我们dump image命令直接输出的图片在前面的介绍中，我们依次介绍了LAMMPS创建模型，力场与势函数，变量命令以及操作fix命令和计算compute命令。在完成这些命令的设置之后，最终得到的计算结果包括体系的热力学量，各个原子的位置坐标与速度等信息，还要通过合理的方式输出并通过可视化或图表处理，才能获得能够指导实验与理论研究的模拟结果。因此，学习包括log, dump...
【Lammps】lammps常用入门建模命令（一）
haoweixl的博客
05-09 6296
本文中，采用对 Ar 原子体系运动的模拟。
lammps输出轨迹转标准格式xyz
weixin_51982763的博客
05-03 5306
事情是这样的，跑了几个小时lammps的到结果后想用脚本对dump的xyz轨迹进行分析，结果发现居然不支持。原来lammps的轨迹太过自由了，并不是标准的xyz文件。很多软件和脚本都只支持标准的xyz文件（如MS，VMD，MDAnalysis）等。
【LAMMPS学习】八、基础知识(2.3)三斜(非正交)模拟盒子
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04-12 2798
​ 默认情况下，LAMMPS 使用正交模拟框来包围粒子。boundary命令设置盒子的边界条件（周期性、非周期性等）。正交框的“原点”位于 (xlo,ylo,zlo)，并由从 a = (xhi-xlo,0,0) 给出的原点开始的 3 个边缘向量定义； b = (0,yhi-ylo,0); c = (0,0,zhi-zlo)。 6 个参数 (xlo,xhi,ylo,yhi,zlo,zhi) 在创建模拟框时定义，例如通过create_box和read_data和read_restart命令。此外，
1. Lammps 安装-简单运行
li1guangjun的博客
05-22 2931
从lammps官网下载windows版本的程序：https://packages.lammps.org/windows.html，在Installing LAMMPS on Windows 标题下点击“64-bit Windows download area”，下载程序，我下载的是“LAMMPS-64bit-Python-latest-MPI.exe”，双击程序即可安装。
lammps并行（mpi）安装及gpu加速
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03-04 2979
解决lammps并行安装的问题
lammps计算聚合物例子_LAMMPS中的系综（NPT/NVT）命令
weixin_42187923的博客
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官方手册的翻译及补充，关于系综命令可见：fix NVT/NPT/NPH​lammps.sandia.gov补充部分在段落结尾以“添注”形式补充。语法：fix ID group-ID style_name keyword value ...ID 是fix名，group-ID是fix所作用的群组名。这两个是所有fix命令都需要的。style_name可以选择NVT、NPT或者NPH关键词keyword...
仲辛醇/水体系的界面现象
li1guangjun的博客
05-30 496
搜索油水界面动力学模拟时，看到论坛中有一篇仲辛醇/水体系的界面现象——Lammps与Gromacs计算结果对比，博主没有给出模拟结果，我自己试了一下：仲辛醇和水会出现界面。下面是我模拟过程添加100个仲辛醇分子和4000个水分子，力场是charmm27。 #gromacs运行命令 gmx insert-molecules -ci oct_GMX.gro -o complex.gro -box 7 7 7 -nmol 100 gmx solvate -cp complex.gro -o solv.gro -p
lammps软件介绍与使用
qq_44963682的博客
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简单介绍了lammps软件的原理与使用、建模的方法、势函数的获取、in文件书写示例。
LAMMPS用户手册：分子动力学模拟入门与命令指南
5. **LAMMPS命令和输入脚本** - **输入脚本**：LAMMPS通过输入脚本来定义模拟设置，包括初始化、模拟过程和输出控制。 - **解析规则**：说明了脚本中命令的语法和解析逻辑，包括变量、函数和条件语句等。 手册还...
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