samtools 生成bcf文件报错：[bcf_sync] incorrect number of fields (0 != 5) at 0:0

修复bcf文件生成错误
最新推荐文章于 2025-10-28 10:08:23 发布
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#生物信息 #samtools

本文介绍了使用不同版本的samtools解决bcf文件生成时出现的错误问题。通过更换samtools版本从1.3.1到0.1.18，成功解决了bcf文件生成时的字段数量不匹配问题。

起源

用samtools 生成bcf文件，命令如下

samtools mpileup -ABuf ref.fa L.bam >L.raw.bcf

错误

输出文件一直增大。但是bcf文件内容只有表头，bcf文件有一行以下信息

[bcf_sync] incorrect number of fields (0 != 5) at 0:0

提示如下：

/opt/gridengine/default/spool/node179/job_scripts/373553: line 4: syntax error: unexpected end of file

解决

尝试好久，换了一个版本的samtools，既然成功了，
之前版本 samtools-1.3.1 换成 0.1.18
原因暂时不明，怀疑如下：
1：版本
2：安装编译问题

meteor_cheng
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Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. Invalid option: --chunk_len. “”===== [Fri Nov 21 17:43:53 CST 2025] 合并ONT读长 ===== 合并完成: 总大小 14G ===== [Fri Nov 21 17:44:26 CST 2025] 创建参考基因组索引 ===== ===== [Fri Nov 21 17:44:28 CST 2025] 选择Medaka模型 ===== 使用模型: r1041_e82_400bps_sup_v4.2.0 ===== [Fri Nov 21 17:44:28 CST 2025] 开始分染色体运行Medaka ===== 处理染色体: ctg000070_np12 (1/66) WARNING: 染色体 ctg000070_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000090_np12 (2/66) WARNING: 染色体 ctg000090_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000060_np12 (3/66) WARNING: 染色体 ctg000060_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000030_np12 (4/66) WARNING: 染色体 ctg000030_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000040_np12 (5/66) WARNING: 染色体 ctg000040_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000020_np12 (6/66) WARNING: 染色体 ctg000020_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000080_np12 (7/66) WARNING: 染色体 ctg000080_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000000_np12 (8/66) WARNING: 染色体 ctg000000_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000110_np12 (9/66) WARNING: 染色体 ctg000110_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000130_np12 (10/66) WARNING: 染色体 ctg000130_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000100_np12 (11/66) WARNING: 染色体 ctg000100_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000120_np12 (12/66) WARNING: 染色体 ctg000120_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000140_np12 (13/66) WARNING: 染色体 ctg000140_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000010_np12 (14/66) WARNING: 染色体 ctg000010_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000050_np12 (15/66) WARNING: 染色体 ctg000050_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000280_np12 (16/66) WARNING: 染色体 ctg000280_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000170_np12 (17/66) WARNING: 染色体 ctg000170_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000320_np12 (18/66) WARNING: 染色体 ctg000320_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000180_np12 (19/66) WARNING: 染色体 ctg000180_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000300_np12 (20/66) WARNING: 染色体 ctg000300_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000160_np12 (21/66) WARNING: 染色体 ctg000160_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000250_np12 (22/66) WARNING: 染色体 ctg000250_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000220_np12 (23/66) WARNING: 染色体 ctg000220_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000150_np12 (24/66) WARNING: 染色体 ctg000150_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000240_np12 (25/66) WARNING: 染色体 ctg000240_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000340_np12 (26/66) WARNING: 染色体 ctg000340_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000210_np12 (27/66) WARNING: 染色体 ctg000210_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000200_np12 (28/66) WARNING: 染色体 ctg000200_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000260_np12 (29/66) WARNING: 染色体 ctg000260_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000310_np12 (30/66) WARNING: 染色体 ctg000310_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000230_np12 (31/66) WARNING: 染色体 ctg000230_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000330_np12 (32/66) WARNING: 染色体 ctg000330_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000290_np12 (33/66) WARNING: 染色体 ctg000290_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000350_np12 (34/66) WARNING: 染色体 ctg000350_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000190_np12 (35/66) WARNING: 染色体 ctg000190_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000270_np12 (36/66) WARNING: 染色体 ctg000270_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000430_np12 (37/66) WARNING: 染色体 ctg000430_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000390_np12 (38/66) WARNING: 染色体 ctg000390_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000440_np12 (39/66) WARNING: 染色体 ctg000440_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000420_np12 (40/66) WARNING: 染色体 ctg000420_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000460_np12 (41/66) WARNING: 染色体 ctg000460_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000370_np12 (42/66) WARNING: 染色体 ctg000370_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000360_np12 (43/66) WARNING: 染色体 ctg000360_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000410_np12 (44/66) WARNING: 染色体 ctg000410_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000450_np12 (45/66) WARNING: 染色体 ctg000450_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000400_np12 (46/66) WARNING: 染色体 ctg000400_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000380_np12 (47/66) WARNING: 染色体 ctg000380_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000480_np12 (48/66) WARNING: 染色体 ctg000480_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000590_np12 (49/66) WARNING: 染色体 ctg000590_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000600_np12 (50/66) WARNING: 染色体 ctg000600_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000620_np12 (51/66) WARNING: 染色体 ctg000620_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000500_np12 (52/66) WARNING: 染色体 ctg000500_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000530_np12 (53/66) WARNING: 染色体 ctg000530_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000580_np12 (54/66) WARNING: 染色体 ctg000580_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000630_np12 (55/66) WARNING: 染色体 ctg000630_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000490_np12 (56/66) WARNING: 染色体 ctg000490_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000610_np12 (57/66) WARNING: 染色体 ctg000610_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000550_np12 (58/66) WARNING: 染色体 ctg000550_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000570_np12 (59/66) WARNING: 染色体 ctg000570_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000540_np12 (60/66) WARNING: 染色体 ctg000540_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000560_np12 (61/66) WARNING: 染色体 ctg000560_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000520_np12 (62/66) WARNING: 染色体 ctg000520_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000510_np12 (63/66) WARNING: 染色体 ctg000510_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000470_np12 (64/66) WARNING: 染色体 ctg000470_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000650_np12 (65/66) WARNING: 染色体 ctg000650_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000640_np12 (66/66) WARNING: 染色体 ctg000640_np12 处理未生成结果文件 ===== [Fri Nov 21 17:57:06 CST 2025] 合并染色体结果 ===== WARNING: 缺失染色体 ctg000070_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000090_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000060_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000030_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000040_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000020_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000080_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000000_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000110_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000130_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000100_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000120_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000140_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000010_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000050_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000280_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000170_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000320_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000180_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000300_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000160_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000250_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000220_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000150_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000240_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000340_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000210_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000200_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000260_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000310_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000230_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000330_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000290_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000350_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000190_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000270_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000430_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000390_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000440_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000420_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000460_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000370_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000360_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000410_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000450_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000400_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000380_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000480_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000590_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000600_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000620_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000500_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000530_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000580_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000630_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000490_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000610_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000550_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000570_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000540_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000560_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000520_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000510_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000470_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000650_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000640_np12 的结果 ===== [Fri Nov 21 17:57:06 CST 2025] 生成最终报告 ===== ===== [Fri Nov 21 17:57:11 CST 2025] Medaka矫正流程完成 ===== “
最新发布
11-22
samtools faidx "${NEXTPOLISH_FASTA}" "${chrom}" > "${chrom_dir}/${chrom}.fasta" 2>> "${LOG_DIR}/extract_chrom.err" # 运行Medaka 2.1.0（使用兼容参数） echo "启动Medaka处理..." medaka_consensus \ ...
[E::hts_idx_push] Unsorted positions on sequence tbx_index_build failed:
qq_21478261的博客
09-27 613
由以上可以知道，错误是由test.vcf.gz中变异未能按照染色体、位置排序导致。
这是脚本”#!/bin/bash #SBATCH -p amd_256 # 使用AMD CPU分区 #SBATCH -N 1 # 1个节点 #SBATCH -n 16 # 16核心 #SBATCH -t 48:00:00 # 48小时运行时间（Medaka较耗时） #SBATCH --mem=128G # 128GB内存（根据基因组大小调整） #SBATCH -J medaka_polish # 作业名称 #SBATCH -o /public1/home/scb3201/rawdata/Medaka/logs/%j_medaka.out # 输出日志 #SBATCH -e /public1/home/scb3201/rawdata/Medaka/logs/%j_medaka.err # 错误日志 # ========== Medaka基因组矫正流程 ========== # 使用指定的目录结构和文件路径 # 环境初始化 source ~/.bashrc conda activate medaka_legacy || { echo "ERROR: medaka_legacy环境激活失败" >&2 exit 1 } # 设置目录路径 WORK_DIR="/public1/home/scb3201/rawdata/Medaka" LOG_DIR="/public1/home/scb3201/rawdata/Medaka/logs" RESULTS_DIR="/public1/home/scb3201/results/genome/Medaka" ONT_DIR="/public1/home/scb3201/ONT_BGI_RNA-seq/not/ONT" NEXTPOLISH_FASTA="/public1/home/scb3201/results/genome/nextpolish/genome.nextpolish.fasta" # 创建目录结构 mkdir -p "${LOG_DIR}" mkdir -p "${RESULTS_DIR}/intermediate" mkdir -p "${RESULTS_DIR}/final_consensus" # 输入文件定义 ONT_PASS="${ONT_DIR}/DL.pass.fq.gz" ONT_FAIL="${ONT_DIR}/DL.fail.fq.gz" COMBINED_READS="${RESULTS_DIR}/intermediate/combined_ont.fq.gz" # 1. 合并ONT读长 echo "===== [$(date)] 合并ONT读长 =====" if [ ! -f "${COMBINED_READS}" ]; then cat "${ONT_PASS}" "${ONT_FAIL}" > "${COMBINED_READS}" \ 2> "${LOG_DIR}/combine_reads.err" # 校验合并结果 if [ $? -ne 0 ]; then echo "ERROR: 合并ONT读长失败" >&2 exit 2 fi echo "合并完成: 总大小 $(du -h ${COMBINED_READS} | cut -f1)" else echo "使用已存在的合并文件: ${COMBINED_READS}" fi # 2. 创建参考基因组索引 echo "===== [$(date)] 创建参考基因组索引 =====" if [ ! -f "${NEXTPOLISH_FASTA}.fai" ]; then samtools faidx "${NEXTPOLISH_FASTA}" \ 2> "${LOG_DIR}/faidx.err" if [ $? -ne 0 ]; then echo "ERROR: 创建FASTA索引失败" >&2 exit 3 fi fi # 3. 选择Medaka模型（根据测序设备动态选择） echo "===== [$(date)] 选择Medaka模型 =====" SEQUENCING_KIT="SQK-LSK114" # 根据实际测序试剂盒修改 if [[ "${SEQUENCING_KIT}" == "SQK-LSK114" ]]; then MODEL="r1041_e82_400bps_sup_v4.2.0" else MODEL="r941_min_hac_g507" # 默认模型 fi echo "使用模型: ${MODEL}" # 4. 分染色体运行Medaka（内存优化） echo "===== [$(date)] 开始分染色体运行Medaka =====" chromosomes=($(cut -f1 "${NEXTPOLISH_FASTA}.fai")) total_chrom=${#chromosomes[@]} completed=0 for chrom in "${chromosomes[@]}"; do ((completed++)) chrom_dir="${RESULTS_DIR}/intermediate/${chrom}" consensus_out="${chrom_dir}/consensus.fasta" echo "处理染色体: ${chrom} (${completed}/${total_chrom})" mkdir -p "${chrom_dir}" # 提取当前染色体序列 samtools faidx "${NEXTPOLISH_FASTA}" "${chrom}" > "${chrom_dir}/${chrom}.fasta" \ 2>> "${LOG_DIR}/extract_chrom.err" # 运行Medaka（CPU模式） medaka_consensus \ -i "${COMBINED_READS}" \ -d "${chrom_dir}/${chrom}.fasta" \ -o "${chrom_dir}" \ -m "${MODEL}" \ -t 8 \ --chunk_len 15000 \ --chunk_ovlp 1000 \ --region_padding 200 \ --device cpu \ 2>> "${LOG_DIR}/medaka_chrom.err" >> "${LOG_DIR}/medaka_chrom.out" # 检查运行结果 if [ ! -f "${consensus_out}" ]; then echo "WARNING: 染色体 ${chrom} 处理未生成结果文件" fi done # 5. 合并染色体结果 echo "===== [$(date)] 合并染色体结果 =====" final_consensus="${RESULTS_DIR}/final_consensus/genome.medaka.fasta" > "${final_consensus}" # 清空目标文件 for chrom in "${chromosomes[@]}"; do chrom_consensus="${RESULTS_DIR}/intermediate/${chrom}/consensus.fasta" if [ -f "${chrom_consensus}" ]; then cat "${chrom_consensus}" >> "${final_consensus}" echo "添加染色体: ${chrom}" else echo "WARNING: 缺失染色体 ${chrom} 的结果" fi done # 6. 生成运行报告 echo "===== [$(date)] 生成最终报告 =====" { echo "===== Medaka运行摘要 =====" echo "运行时间: $(date)" echo "输入基因组: ${NEXTPOLISH_FASTA}" echo "输出基因组: ${final_consensus}" echo "使用读长: ${ONT_PASS} 和 ${ONT_FAIL}" echo "合并读长: ${COMBINED_READS}" echo "处理染色体数: ${total_chrom}" echo "成功处理染色体数: $(grep '>' ${final_consensus} | wc -l)" echo "输入基因组大小: $(stat -c%s ${NEXTPOLISH_FASTA}) 字节" echo "输出基因组大小: $(stat -c%s ${final_consensus}) 字节" echo "Medaka版本: $(medaka_consensus --version 2>&1)" } > "${RESULTS_DIR}/final_consensus/medaka_summary.txt" # 7. 清理临时文件（可选） # echo "===== [$(date)] 清理临时文件 =====" # rm -r "${RESULTS_DIR}/intermediate" echo "===== [$(date)] Medaka矫正流程完成 =====" exit 0 “输出日志”===== [Fri Nov 21 17:43:53 CST 2025] 合并ONT读长 ===== 合并完成: 总大小 14G ===== [Fri Nov 21 17:44:26 CST 2025] 创建参考基因组索引 ===== ===== [Fri Nov 21 17:44:28 CST 2025] 选择Medaka模型 ===== 使用模型: r1041_e82_400bps_sup_v4.2.0 ===== [Fri Nov 21 17:44:28 CST 2025] 开始分染色体运行Medaka ===== 处理染色体: ctg000070_np12 (1/66) WARNING: 染色体 ctg000070_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000090_np12 (2/66) WARNING: 染色体 ctg000090_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000060_np12 (3/66) WARNING: 染色体 ctg000060_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000030_np12 (4/66) WARNING: 染色体 ctg000030_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000040_np12 (5/66) WARNING: 染色体 ctg000040_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000020_np12 (6/66) WARNING: 染色体 ctg000020_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000080_np12 (7/66) WARNING: 染色体 ctg000080_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000000_np12 (8/66) WARNING: 染色体 ctg000000_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000110_np12 (9/66) WARNING: 染色体 ctg000110_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000130_np12 (10/66) WARNING: 染色体 ctg000130_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000100_np12 (11/66) WARNING: 染色体 ctg000100_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000120_np12 (12/66) WARNING: 染色体 ctg000120_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000140_np12 (13/66) WARNING: 染色体 ctg000140_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000010_np12 (14/66) WARNING: 染色体 ctg000010_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000050_np12 (15/66) WARNING: 染色体 ctg000050_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000280_np12 (16/66) WARNING: 染色体 ctg000280_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000170_np12 (17/66) WARNING: 染色体 ctg000170_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000320_np12 (18/66) WARNING: 染色体 ctg000320_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000180_np12 (19/66) WARNING: 染色体 ctg000180_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000300_np12 (20/66) WARNING: 染色体 ctg000300_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000160_np12 (21/66) WARNING: 染色体 ctg000160_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000250_np12 (22/66) WARNING: 染色体 ctg000250_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000220_np12 (23/66) WARNING: 染色体 ctg000220_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000150_np12 (24/66) WARNING: 染色体 ctg000150_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000240_np12 (25/66) WARNING: 染色体 ctg000240_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000340_np12 (26/66) WARNING: 染色体 ctg000340_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000210_np12 (27/66) WARNING: 染色体 ctg000210_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000200_np12 (28/66) WARNING: 染色体 ctg000200_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000260_np12 (29/66) WARNING: 染色体 ctg000260_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000310_np12 (30/66) WARNING: 染色体 ctg000310_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000230_np12 (31/66) WARNING: 染色体 ctg000230_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000330_np12 (32/66) WARNING: 染色体 ctg000330_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000290_np12 (33/66) WARNING: 染色体 ctg000290_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000350_np12 (34/66) WARNING: 染色体 ctg000350_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000190_np12 (35/66) WARNING: 染色体 ctg000190_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000270_np12 (36/66) WARNING: 染色体 ctg000270_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000430_np12 (37/66) WARNING: 染色体 ctg000430_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000390_np12 (38/66) WARNING: 染色体 ctg000390_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000440_np12 (39/66) WARNING: 染色体 ctg000440_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000420_np12 (40/66) WARNING: 染色体 ctg000420_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000460_np12 (41/66) WARNING: 染色体 ctg000460_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000370_np12 (42/66) WARNING: 染色体 ctg000370_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000360_np12 (43/66) WARNING: 染色体 ctg000360_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000410_np12 (44/66) WARNING: 染色体 ctg000410_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000450_np12 (45/66) WARNING: 染色体 ctg000450_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000400_np12 (46/66) WARNING: 染色体 ctg000400_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000380_np12 (47/66) WARNING: 染色体 ctg000380_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000480_np12 (48/66) WARNING: 染色体 ctg000480_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000590_np12 (49/66) WARNING: 染色体 ctg000590_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000600_np12 (50/66) WARNING: 染色体 ctg000600_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000620_np12 (51/66) WARNING: 染色体 ctg000620_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000500_np12 (52/66) WARNING: 染色体 ctg000500_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000530_np12 (53/66) WARNING: 染色体 ctg000530_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000580_np12 (54/66) WARNING: 染色体 ctg000580_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000630_np12 (55/66) WARNING: 染色体 ctg000630_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000490_np12 (56/66) WARNING: 染色体 ctg000490_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000610_np12 (57/66) WARNING: 染色体 ctg000610_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000550_np12 (58/66) WARNING: 染色体 ctg000550_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000570_np12 (59/66) WARNING: 染色体 ctg000570_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000540_np12 (60/66) WARNING: 染色体 ctg000540_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000560_np12 (61/66) WARNING: 染色体 ctg000560_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000520_np12 (62/66) WARNING: 染色体 ctg000520_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000510_np12 (63/66) WARNING: 染色体 ctg000510_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000470_np12 (64/66) WARNING: 染色体 ctg000470_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000650_np12 (65/66) WARNING: 染色体 ctg000650_np12 处理未生成结果文件 处理染色体: ctg000640_np12 (66/66) WARNING: 染色体 ctg000640_np12 处理未生成结果文件 ===== [Fri Nov 21 17:57:06 CST 2025] 合并染色体结果 ===== WARNING: 缺失染色体 ctg000070_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000090_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000060_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000030_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000040_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000020_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000080_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000000_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000110_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000130_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000100_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000120_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000140_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000010_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000050_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000280_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000170_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000320_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000180_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000300_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000160_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000250_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000220_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000150_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000240_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000340_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000210_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000200_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000260_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000310_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000230_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000330_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000290_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000350_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000190_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000270_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000430_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000390_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000440_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000420_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000460_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000370_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000360_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000410_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000450_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000400_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000380_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000480_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000590_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000600_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000620_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000500_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000530_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000580_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000630_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000490_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000610_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000550_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000570_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000540_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000560_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000520_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000510_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000470_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000650_np12 的结果 WARNING: 缺失染色体 ctg000640_np12 的结果 ===== [Fri Nov 21 17:57:06 CST 2025] 生成最终报告 ===== ===== [Fri Nov 21 17:57:11 CST 2025] Medaka矫正流程完成 ===== “”===== Medaka运行摘要 ===== 运行时间: Fri Nov 21 17:57:06 CST 2025 输入基因组: /public1/home/scb3201/results/genome/nextpolish/genome.nextpolish.fasta 输出基因组: /public1/home/scb3201/results/genome/Medaka/final_consensus/genome.medaka.fasta 使用读长: /public1/home/scb3201/ONT_BGI_RNA-seq/not/ONT/DL.pass.fq.gz 和 /public1/home/scb3201/ONT_BGI_RNA-seq/not/ONT/DL.fail.fq.gz 合并读长: /public1/home/scb3201/results/genome/Medaka/intermediate/combined_ont.fq.gz 处理染色体数: 66 成功处理染色体数: 0 输入基因组大小: 312038322 字节 输出基因组大小: 0 字节 Medaka版本: Invalid option: --version. “测序使用的试剂盒为SQK-LSK114,请帮我优化该脚本，我们使用的版本medaka 2.1.0
11-22
所有染色体都没有生成结果文件（每个染色体都出现了警告） 2. Medaka版本命令返回错误（Invalid option: --version） 针对第一个问题，可能的原因有： a) 输入文件路径错误或不可读 b) Medaka模型与数据不匹配...
[E::sam_parse1] CIGAR and query sequence are of different length [W::sam_read1_sam] Parse error at line 5408 samtools view: error reading file "b73.sam"
03-16
可能的原因有几个：一是SAM文件生成过程中出现错误，比如程序生成CIGAR时计算错误；二是数据损坏或格式错误，比如手动编辑文件时出错；三是某些工具在处理长reads或复杂操作符时存在bug。 用户提到的错误出现在第...
使用pysam操作VCF/BCF文件
weixin_34381687的博客
04-25 829
使用pysam操作VCF/BCF文件 读取和写出 from pysam import VariantFile bcf_in = VariantFile("test_in.vcf", "r") bcf_out = VariantFile("test_out.vcf", "w", header=bcf_in.h...
samtools + bcftools
jiangshandaiyou的博客
06-24 338
samtool + bcftools
生信软件31 - Bcftools操作VCF/BCF文件高级用法合集
LittleComputerRobot的博客
08-24 3622
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使用bcftools合并vcf过程中遇到的问题与解决方案
Q.1的博客
12-27 1万+
首先因为我的vcf并不是标准的vcf，我用的这些vcf是通过python拼凑了几个call snp软件的结果，所以遇到了各种问题，开帖记录一下。 要对多个vcf文件进行合并，就是标准的压缩，做索引，然后merge： bcftools view sample.vcf -Oz -o sample.vcf.gz bcftools index sample.vcf.gz bcftools merge sa...
生物信息学习——cufflinks
ganges_zs的博客
03-06 4112
原文地址:http://blog.sina.com.cn/s/blog_751bd9440102v72b.html Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 一. 简介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 二. 安装 Cufflin
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使用samtools index，但是提示文件没有sort，很奇怪，文件明明是sort过的？？？ 后来发现是sort 的方式不对，原先的文件是按照name 进行sort的，index参数只能对pos排序的文件进行sort.
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05-11
<think>好的，我现在需要解决用户在使用samtools view命令时遇到的参数错误：“Incorrect sampling argument 'text_out.sam'”。首先，我得理解用户具体是怎么使用这个命令的，因为错误信息提示采样参数不正确，而用户提供的参数是'text_out.sam'，这看起来像是输出文件名，而不是采样参数。 根据引用[2]中的例子，samtools view的常见用法是将SAM转换为BAM，或者提取特定区域的比对结果。例如，用户可能执行了类似这样的命令：samtools view -bS abc.sam > abc.bam。但用户提到的错误涉及采样参数，这可能与-s或--subsample参数有关，这个参数用于随机采样一定比例的读数。 可能的错误情况是，用户可能在命令中错误地放置了参数顺序。比如，可能将输出文件名放在了-s参数后面，而-s需要一个数值参数。例如，用户可能输入了samtools view -s text_out.sam input.bam，这样-s后面接的是文件名而不是数值，导致错误。 解决方案应该是检查命令结构，确保-s参数后面跟的是数值（如0.1表示10%的采样），然后指定输入文件和输出文件的位置。正确的命令应该是samtools view -b -s 0.1 input.bam -o text_out.sam。或者，如果用户使用的是旧版本的samtools，可能需要调整参数顺序，把输出文件放在最后，使用重定向符号>。 另外，用户可能需要确认samtools的版本，因为不同版本的参数处理可能略有不同。建议用户检查版本并参考官方文档，确保参数使用正确。同时，确保输入文件存在且路径正确，避免因文件问题导致的错误。 总结可能的解决步骤：1. 检查命令中-s参数后的数值是否正确；2. 调整参数顺序，确保输出文件位置正确；3. 更新samtools到最新版本；4. 确认输入文件存在且格式正确。这样用户应该能解决参数错误的问题。</think>### 解决方案：samtools view采样参数错误分析 **错误原因**：`samtools view`命令出现`Incorrect sampling argument 'text_out.sam'`错误，通常是由于以下原因： 1. `-s`或`--subsample`参数后未正确指定采样比例（数值），而是直接跟了输出文件名。 2. 参数顺序错误，输出文件未通过`-o`指定或未正确使用重定向符号`>`。 3. 旧版本samtools对参数顺序敏感[^2]。 --- ### **逐步解决方法** 1. **检查采样参数格式** `-s`参数需指定采样比例（如`0.1`表示保留10%的数据），数值需紧跟在`-s`后。 ✅ 正确命令示例： ```bash samtools view -b -s 0.1 input.bam -o text_out.sam ``` 2. **调整参数顺序** 若使用旧版本samtools，输出文件需通过`-o`指定或使用`>`重定向： ✅ 正确命令示例（带重定向）： ```bash samtools view -b -s 0.1 input.bam > text_out.sam ``` 3. **验证输入文件有效性** 确保输入BAM文件存在且完整，可通过`samtools quickcheck`检查： ```bash samtools quickcheck input.bam && echo "File is valid" ``` 4. **更新samtools版本** 升级到最新版本以兼容参数灵活性： ```bash conda update samtools # 若通过conda安装 ``` --- ### **典型错误场景对比** | 错误命令示例 | 修正后命令 | 说明 | |--------------|------------|------| | `samtools view -s text_out.sam input.bam` | `samtools view -s 0.1 input.bam -o text_out.sam` | `-s`后需为数值，输出文件用`-o`指定 | | `samtools view -s 0.1 input.bam text_out.sam` | `samtools view -s 0.1 input.bam -o text_out.sam` | 旧版本需显式用`-o`指定输出文件 | ---
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