HIC-hicup软件安装说明

HiCUP是一个处理由Hi-C和捕获Hi-C（Capture Hi-C，CHi-C）产生的测序数据的流程，它们是用于研究三维基因组组织的技术。流程比对数据到一个指定参考基因组，并去除可能阻碍随后分析的假象。HiCUP也产生一个易于解释，但详细的质控（quality control，QC）报告，它帮助改善实验方案以用于未来研究。软件是免费可获得的

官网地址：http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/hicup/

最新版本0.6.0http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/hicup/hicup_v0.6.0.tar.gz

想下载旧版的可以 wget -c http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/hicup/hicu+版本号，

软件比较简单，解压之后就可以直接用。

环境变量中要有以下几款程序

Bowtie or Bowtie2
Perl
R (tested with version 3.1.2) [optional]
SAMtools (version 0.1.18 or later)

gzip

from：http://blog.sina.com.cn/s/blog_16eede91d0102xwty.html