DNA测序（基因组测序）与RNA测序

最新推荐文章于 2024-12-06 17:27:27 发布

猛码先生

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1、DNA测序，基因组测序，即整个基因组都测,不管转录不转录,通常用于基因组组装,重测序进行。

内容摘录自

经典：基因组测序数据从头拼接或组装算法的原理_wangchuang2017的博客-优快云博客_基因测序算法

基因组组装

首先基因组测序产生reads，然后对reads进行组装产生长片段Contigs，再确定Contig的方向和顺序，组装产生更长的片段Scaffolds，最后再组装连接Scaffold得到完整的染色体序列。

2、RNA测序也就是所谓的RNA-seq,通常指的是转录组测序,只测细胞中的转录本.只有基因组中被转录出来的那部分能测到.通常用于寻找差异表达基因

可参考

RNA-seq数据分析 00：专栏内容介绍及导航 - 知乎

RNA-seq数据构成原理_生信爱好者的博客-优快云博客_rna-seq测序原理

【基因组组装与转录本组装异同】

知识中心 - 北京概普生物科技有限公司(GapTech)

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《全基因组测序WGS数据分析——1.DNA测序技术》

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07-05

2642

WGS(Whole Genome Sequencing) 指将物种细胞里面完整的基因组序列全部DNA，检测并排列，此技术几乎能够鉴定出基因组上任何类型的突变。对于人类来说，全基因组测序的价值是极大的，它的信息包含了所有基因和生命特征之间的内在关联性，当然也意味着更大的数据解读和更高的技术挑战。测序，简单来说就是将DNA化学信号转变为计算机可处理的数字信号。第一代测序技术——sanger法 Sanger法是基于DNA合成反应的测序技术，又称为SBS法、末端终止法。1975年由Sange

基因组测序转录组测序

wangprince2017

01-02

2499

详见【生信技能树】转录组测序数据分析_哔哩哔哩 (゜-゜)つロ干杯~-bilibili https://www.bilibili.com/video/BV12s41137HY?p=3 实验设计从高通量RNA测序数据研究剪接的方法 DOI：10.1007 / 978-1-62703-980-2_26 盖尔·P·阿拉曼科斯（Gael P. Alamancos），埃内里兹·阿吉尔（Eneritz Agirre），爱德华多·埃拉斯（Eduardo Ey...

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04-07

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12-06

167

调查了肿瘤微环境并恢复细胞系谱的信息使得检测自然存在的体细胞突变成为可能，这些突变可以作为不同克隆体和谱系的天然细胞条形码，如单核苷酸变异（SNVs）和拷贝数变异（CNVs）。虽然已经开发了一些技术来解决这个问题，获得高覆盖率的线粒体基因组测序数据，包括MAESTER和mtscATAC-seq，但是基于突变的谱系追踪仍然具有挑战性。为了克服这些限制，开发了一个名为"MitoTracer"的新软件，这是一个完整且自动的计算方法，用于从scRNA或scATAC-seq样本中识别信息性线粒体突变。

一代和二代基因组测序的基本原理

qwesdqweds的博客

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第一代测序为1977年sanger提出的双脱氧终止法，在理解原理前，必须要知道DNA合成的特点。与RNA合成（转录）不同，DNA合成需要RNA聚合酶先合成一小段RNA片段，为DNA的合成起始提供一个-3’OH（之所以要这样有说法是生物体为了DNA合成起始的保真性），而后续的dNTP延申都借用了上一个dNTP的-3‘OH。Sanger发现，当化学合成出的没有-3’OH的ddNTP（即双脱氧核糖核苷酸，图1）被DNA聚合酶援用延申新链时，由于缺乏3’羟基DNA的合成就会终止掉。天才的图1。

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weixin_41831009的博客

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作为生信学习的前备知识，了解一些测序知识是相当必要的，本次就对测序知识做一次整理。测序，简单的来说就是把DNA化学信号转变成计算机可识别的数字信号，具体的来说就是把核酸的碱基序列的信息转化为数字型号，从最初的测序技术，发展到如今，已经是第三代测试技术了，先整理如下。第一代 NGS测序技术简介：最基本的原理即sanger等人开创的链终止法。 ce 核心原理是：由于dNTP（四种带有荧光标记...

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微生物的全基因组测序是当代生命科学领域内一项关键的研究技术。微生物全基因组测序的研究内容包括基因组的测定和注释，而这些都依赖于高效且精准的测序方法。本文重点介绍了一种广泛使用的测序方法：鸟枪法，及其在...

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wangprince2017

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基因测序，适可而止，否则就是误区，原因有： 1，基因的修饰 2，基因的整体效应 3，基因的个体背景 4，基因间相互作用。 5 ，基因的时效性等等，都不是简单的测序可以解决的，国内华大的方向有误，不推崇因为远没有饱和啊。理想的研究状态每个生物样品都要测序，且要3个以上的重复。现在许多物种都只测了参考基因组，更多的物种都没测完，更别说你想一次实验几百个上千的样品单独测序了。这还只是基因组DNA水平上的测序。甲基化，转录组，蛋白组，小RNA各种各样都要测序。作者：Dontkm

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转录组测序和RNA-seq是一样的，他们的关系zhi如下：转录组测序的方法很多，而RNA-seq是当zhuan前转录组测序的一种测序方法，又称为二代测序，包括454，solexa等。 RNA-seq即转录组测序技术，就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来。反映出它们的表达水平。数字基因表达谱升级版（RNA-Seq）是用来研究某一生物对象在特定生物过程中基因表达差异的技术。该技术结合了转录组测序建库的实验方法与数字...

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wangprince2017

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基因测序技术总结 Peng_001已关注 62020.05.17 17:37:21字数 3,646阅读 1,701 参考:从零开始完整学习全基因组测序数据分析：第1节测序技术作者：碱基矿工参考：【陈巍学基因】视频1：Illumina测序化学原理前言什么是全基因组测序？全基因组测序，英文为Whole Genome Sequencing，简称WGS，指的是把物种细胞里面完整的基因序列，从第一个DNA开始，一直到最后一个DNA，完完整整地检测出来，并排列好。全基因测序的意义？ .

16S rDNA测序和宏基因组测序区别

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16S测序和宏基因组测序区别测序原理不同 16SrDNA基因存在于所有细菌的基因组中，具有高度的保守性。该序列包含9个高变区和10个保守区，通过对某一段高变区序列（V4区或V3-V4区）进行PCR扩增后进行测序，得到1500bp左右的序列。宏基因测序测试将微生物基因组DNA随机打断成500bp的小片段，然后再片的两端加入通用引物进行PCR扩增测序，再通过组装的方式，将小片段拼接成较长的序列。研究目的不同 16S测序主要研究群落的物种组成、物种间的进化关系以及群落的多样性。宏基因组测序在16S测序的基础上

表达谱(DGE)测序与转录组测序的差别

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