29、生物网络对齐与基因调控网络稳定性研究

生物网络对齐与基因调控网络稳定性研究

1. 生物网络对齐方法对比

在生物网络对齐领域，有多种方法被提出，其中包括 Graal、IsoRank 和 natalie 等。在实验中发现，Graal 在 32 位进程中因超出内存限制而崩溃，且当时没有 64 位可执行文件。在 Graal 能够计算对齐的实例中，其在解决方案质量和运行时间方面的性能与 IsoRank 和 natalie 相比都很差。而 natalie 在运行时间和解决方案质量上都优于 IsoRank。

1.1 GO 相似性评估

为了衡量所获得的网络对齐的生物学相关性，使用了基因本体论（GO）。对于六个网络中的每个节点，都获得了一组 GO 注释。每个注释集通过包含原始集中每个注释的所有祖先 GO 术语扩展为多重集。随后采用了一种相似性度量，该度量基于对齐节点对的 GO 注释进行比较，并考虑每个注释的相对频率。由于该相似性度量为每个对齐节点对分配 0 到 1 之间的分数，因此任何对齐的最高相似性分数是任一网络中注释节点的最小数量。可以通过该数量对相似性分数进行归一化。

与之前的实验不同，这次考虑了成对全局序列对齐的比特分数。类似于 IsoRank 参数 α，引入了参数 β ∈[0, 1]，使得分数的序列部分权重为 (1 - β)，拓扑部分权重为 β。对于 IsoRank 和 natalie，在 [0, 1] 范围内均匀采样权重参数，并在图 3 中展示了最佳结果。从图中可以看出，natalie 和 IsoRank 都能识别出功能一致的对齐。

方法	生物学相关性表现