生信 Fastq 文件讲解

最新推荐文章于 2025-06-09 09:39:00 发布
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： 生物信息 基因组
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@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT
+HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1
!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC6
  上面4行为fastq文件的前4行   ，图如下  

 第一行以@开头，后面是reads的ID以及其他信息，例如上例中 HWUSI-EAS100R代表Illmina设备名称，6代表flowcell中的第六个lane，73代表第六个lane中的第73个tile，941:1973代表该read在该tile中的x：y坐标信息；#0，若为多样本的混合作为输入样本，则该标志代表样本的编号，用来区分个样本中的reads

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生信技能26 - BWA比对、去除PCR重复和统计最佳实践
LittleComputerRobot的博客
08-14 611
BWA MEM 比对、去除PCR重复和统计最佳实践
常用生物信息学格式介绍(fasta、fastq、gff2、gtf(gff2.5)、gff3、bed、sam、bam、vcf)
wangprince2017
01-23 9701
前言 在各个行业都是有行业标准的，这样才能统一规范而方便后面的分析，在生物信息学领域中主要是各种大量序列数据、注释数据等，这些都是有特定的格式去表示，下面列举几种常见的格式。了解这些是进行后续生物信息学分析的必备知识，有些人虽说是在做生物信息学分析，但是到现在可能还不知道什么是GFF3格式等。 fasta fasta格式是最基本的表示序列信息（核苷酸或者蛋白质）的格式。http://genetics.bwh.harvard.edu/pph/FASTA.html，https://en.w...
18 FASTQ 文件
闲狗的博客
02-21 914
FASTQ 文件是一种存储生物序列（通常称为核酸序列）以及相应质量评价的文本格式文件。整个文件包含多条生物序列，每条生物序列由四行信息组成：第 1 行为序列标识，以‘@’开头；第 2 行是具体的生物序列（即由 A、T、G、C 组成的核酸序列）；第 3 行以‘+’开头，后面是序列的描述信息；第 4 行是质量信息，与第 2 行的序列一一对应，每个序列均有一个质量评分，采用字符表示，该字符的 ASCII...
FASTQ文件详解【转】
相羽
10-21 1万+
FASTQ是基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示，最初由Sanger开发，目的是将FASTA序列与质量数据放到一起，目前已经成为高通量测序结果的事实标准。 格式说明 FASTQ文件中每个序列通常有四行： 序列标识以及相关的描述信息，以‘@’开头； 第二行是序列 第三行以‘+’开头，后面是序列标示符、描述
FASTQ与FASTA格式简介
Avalon96的博客
06-09 407
fastq文件为.fastq、.fq为文件后缀的测序仪下机数据文件，其中包含测得的序列结果和序列质量分数。日常所见的fastq文件可能出于节约空间考虑，为.fastq.gz、.fq.gz的压缩格式存放。每个字符的ASCII值减去33，对应第二行碱基的序列质量。FASTA是一种非常简单的序列存储格式，一般以.fasta、.fa为后缀。此公式可以说明质量值越大，测序错误率（e）越低，准确度越高。
如何打开Fastq文件
xirongxu_dlut的博客
07-26 5767
生物信息学软件通常提供了一些命令行工具来处理Fastq文件，例如常见的序列拼接、质量过滤、序列比对、读取计数等相关分析。Python是一种常用的编程语言，生物信息学工具和软件的开发者经常使用Python编写脚本来处理Fastq文件。使用Python脚本打开Fastq文件可以允许我们执行高度定制的数据分析和处理。Fastq文件也可以使用文本编辑器来打开，这使得我们可以查看文件中的基因序列与其相关的序列质量信息。上述Python脚本将读取输入的Fastq文件，并且在控制台中显示其序列信息。
fastq与fasta文件格式解析
中原的博客
07-24 7248
fastq与fasta文件格式解析一、fasta格式二、fastq格式2.1 格式说明2.2 碱基质量计算2.3 Quality Score简化三、二代测序的fastq文件格式介绍四、补充说明4.1 illumina测序仪4.2 illumina测序方法4.3 测序流程参考文章 一、fasta格式 fasta格式是一种非常简单的储存序列的格式（主要是把序列存储到数据库中的一种形式），可以储存核酸序列（RNA/DNA)和氨基酸序列(AA)，主要包括2个部分： 以>开始的一行主要储存“序列的描述信息”；
fastq和fasta格式文件
大甘的博客
10-27 1465
record.letter_annotations["phred_quality"] = [0] * len(record.seq) # 默认质量为0。print(record.letter_annotations["phred_quality"]) # 质量分数。FASTQ格式可以直接转换为FASTA格式，忽略质量信息。FASTA格式可以转换为FASTQ格式，默认质量分数为。
linux下载TCGA数据,TCGA数据库讲解与数据下载
weixin_33252909的博客
05-12 1591
原标题：TCGA数据库讲解与数据下载前几期，生信草堂和大家分享了一篇TCGA数据下载的文章，有小白表示TCGA还是好深奥，找不到下载地址的，看不懂数据格式。今天小编就从头开始，娓娓道来，再给大家介绍一下TCGA数据库和下载方法，希望大家都能用好这个宝库。TCGA (The cancer genome atlas)是一个非常重要的癌症数据库，其主要收录各种人类癌症(包括亚型在内的肿瘤)的临床数据，基...
2024.12.05【读书笔记】|GitHub项目创建：生信人员快速入门 （上）
12-05 702
学会编写README.md文件，为你的项目提供一个清晰的介绍，包括使用方法、依赖环境和运行示例，让其他研究人员能快速上手。迈出生物信息学项目管理的第一步，创建你的专属代码库，选择最合适的Repository类型，为项目的成功奠定基础。📚 我承诺，将持续为您带来深度与广度兼具的生物信息学内容，让我们一起在知识的海洋中遨游，发现更多未知的奇迹。建立一个清晰有序的项目文件结构，包括数据、脚本、结果和文档的存放，提高项目组织的效率和可维护性。🔔 关注我的账号，不错过每一次知识的分享和探索的旅程。
fastq文件预处理（fastp和multiqc）
weixin_43927366的博客
03-23 3204
multiqc ..代表在当前文件夹生成报告--outdir(-o): 在指定的输出目录中创建报告。--title(-i): 报告标题。作为页面页眉打印，如果没有特别指定，则用于文件名。
Python-从Python高效处理FASTQ文件
08-10
从Python高效处理FASTQ文件
BarcodeSplitter:读取FASTAFASTQ文件，并根据条形码匹配将其拆分为几个较小的文件
05-10
============== BarcodeSplitter [FASTX条码分离器]的C ++解释（ ）最初由Assaf Gordon（ ）用perl编写。 在C ++中对fastx_barcode_splitter进行了改编，以加快BARCODE拆分的过程。 该程序根据条形码匹配读取FASTA / FASTQ文件并将其拆分为几个较小的文件。 从STDIN读取FASTA / FASTQ数据（自动检测格式。） 输出文件将被写入磁盘。 摘要将被打印到STDOUT。 发牌 BarcodeSplitter已获得GPL许可。 安装 编译刚运行的应用程序：全部创建 去做： 尚未实现fastx_barcode_splitter的部分选项。 变更日志： 0.0 Initial Release
维基百科：FASTQ格式
03-22
来自维基百科中文版本的FASTQ文件格式介绍。由于维基百科被和谐了，特在此分享。
fastq文件格式及质量控制
weixin_42931980的博客
06-09 460
RNA-seq数据质量控制
如何查看生物信息学中的 FASTQ 文件？
xirongxu_dlut的博客
07-26 2295
您可以使用任何文本编辑器来查看FASTQ文件，例如notepad++ (Windows)， TextEdit (Mac)或nano, vim和emacs (Linux)。为了只查看FASTQ文件的几行或部分，您可以在Linux和macOS上 用'head'、'tail'、'grep'、'less'和'awk'等命令行工具。FASTQ文件是存储DNA测序数据的常用格式，它们可以使用各种文本编辑器、生物信息学工具和编程语言进行查看和操作。)是一个高性能的可视化工具，用于大型集成基因组数据集的交互式探索。
生物信息学——常见的四种文件格式(fasta,fastq,sam,vcf)
热门推荐
qq_45794091的博客
10-06 1万+
每一种生物软件都有固定的文件格式要求。了解文件格式才能快速分辨文件的功能。从某种意义上来说，生物信息分析的过程就是进行各种文件格式的转换过程。例如当前很多分析都可以概括为从fastq到bam，从bam到vcf的过程。
生信分析常见文件——fasta和fatsq文件
pumc_2023的博客
10-20 1034
余数就是这个值，，表示到达下一个密码子需要跳过的碱基个数。该编码区第一个密码子的位置，取值。表示该编码框的第一个密码子的第一、二个碱基位于该编码区外；得分，数字，是注释信息可能性的说明，可以是序列相似性比对时的。注释的来源，一般为数据库或者注释的机构，如果未知，则用点“表示该编码框的第一个密码子的第一个碱基位于该编码区外；表示该编码框的第一个密码子第一个碱基位于其。来说，本列指定下一个密码子开始的位置。序列）以及相应的质量评价的文本格式。有效，表示起始编码的位置，有效值为。：序列的编号，一般为。
各类生信文件解读（fasta,fastq,bam,sam,bed,bg,wig,bdg,gff3,gtf等）
weixin_44616693的博客
06-22 4626
生信相关文件格式解读
生信delta文件分析
最新发布
07-05
首先，用户的问题是关于“delta文件”的分析方法。用户说：“我想分析生物信息学中的delta文件 请问生物信息学 delta文件 分析方法”。我需要理解“delta文件”是什么。在生物信息学中，delta文件通常与序列比对工具...
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