TMStarget学习——T1 Segmentation数据处理及解bug

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原创 2024-09-18 18:35:14 1k 阅读 AI 写同款· GEO 优化 ›

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最新学习季公俊老师的神器 TMStarget 的第一个模块基于结构像的靶区计算T1 segmentation。下面上步骤：
(1)在github 上下载 TMStarget
https://github.com/jigongjun/Neuroimaging-and-Neuromodulation
在这里插入图片描述

(2)按照要求下载依赖工具软件AFQ、vistasoft、SPM12
在这里插入图片描述
（3）在Matlab 设置路径处安装SPM12、AFQ、vistasoft和TMStarget
（4）在Matlab命令窗口中输入TMStarget 启动

##T1 Segmentation
一种基于T1结构像分割的个体靶区计算功能。
1)基于页面toolbox中的的sphereROI 制作MNI空间的靶区小球
在这里插入图片描述

2)启动T1 Segmentation功能

3）Run 以后，软件输出分割的颅脑、个体上的靶区文件

小结：
核心处理步骤：
->制作MNI空间靶区小球;
->对个体T1核磁数据分割出大脑;
->将MNI大脑配准到个体大脑上并得到变换参数;
->基于变换参数将MNI靶区变换到个体空间。

（5）运行中的bug
1) 报 ListSubj 函数不识别
把如下路径的2个文件copy到其父级目录，使得该两个文件与 TMStarget.m在相同路径下
在这里插入图片描述
2）报索引超出目录，总之就是路径下没有找到文件，长度也不对

需要查看TMStargetT1.m文件中遍历数据格式的

从上面可以知道，我们的T1Img文件夹中的原始数据是nii或者nii.gz格式。所以如上代码文件中的语句需要做对应性修改。