27、生物信息编程与数据库管理：从Perl到MySQL

生物信息编程与数据库管理：从Perl到MySQL

1. Perl编程示例

1.1 DNA序列处理

在这个示例中，我们会看到如何使用Perl处理DNA序列。首先，激活 -w 选项，这会让Perl打印出脚本中可能的拼写错误和其他易出错结构的警告信息。以下是处理流程：
1. 提示用户输入DNA序列，将标准输入的DNA序列赋值给变量 DNA 。
2. 使用 chomp 命令去除换行符，然后将序列转换为大写并显示。
3. 将 DNA 序列赋值给变量 RNA ，把所有的 T 替换为 U ，并打印结果。
4. 反转 RNA 序列的值，赋值给变量 RevCompl ，使用 tr/.../.../ 函数对反转后的序列进行互补操作，最后显示结果。

1.2 计算GC含量

计算DNA序列中鸟嘌呤（G）和胞嘧啶（C）核苷酸的比例是一个常见问题。以下是实现该功能的程序：

#!/usr/bin/perl
# save as gccontent.pl
$seq = $ARGV[0];
print "$seq\n";
$gc = gc_content($seq);
printf("%s%.2f%s\n", "GC-Content: ",$gc,"%");

sub gc_co