neuron tracing
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远野贵树97
这个作者很懒，什么都没留下…
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Vaa3D_windows基于MATLAB批量运行插件_输入多组图片_FMST_MOST_ENT
BUJT_fastmarching_spanningtree原开发者是John Wan BUJTrun_BUJT_FMST.mfunction [] = run_BUJT_FMST(fname)%run_BUJT_FMST BUJT_fastmarching_spanningtree% 只需要输入文件名if ~exist(fname,'file') disp([fna...原创 2020-01-07 10:16:37 · 507 阅读 · 0 评论 -
DIADEM_metric不能运行及解决办法
有的时候运行DIADEM metric这个评价指标的时候会报错，报错的形式如下图所示，会提示在哪一行有错误，比如这个案例中说的是17行有错，然后发现问题在于17行的type为负数，没有办法处理。java.util.zip.DataFormatException: Improper SWC format at line 17 of 080926a.tif.v3dpbd.swc at...原创 2019-11-01 16:30:59 · 374 阅读 · 0 评论 -
vaa3d_神经元追踪算法介绍之半自动追踪算法_neuron tracing
介绍一篇半自动追踪算法Zandt B J , Losneg?Rd A , Hodneland E , et al. Semi-automatic 3D morphological reconstruction of neurons with densely branching morphology: Application to retinal AII amacrine cells image...原创 2019-09-06 16:40:27 · 559 阅读 · 0 评论 -
vaa3d_神经元追踪算法介绍之snack_neuron tracing
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APP2Xiao, H. and Peng, H. (2013) APP2: automatic tracing of 3D neuron morphology based on hierarchical pruning of a gray-weighted image distance-tree,Bioinformatics, 29, 1448-1454. (http://home.pe...原创 2019-08-30 09:42:09 · 1061 阅读 · 2 评论 -
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swc文件中，一般在前几行加注释等信息，注释以“#”开头。swc可以认为是一系列点的组合，每一行就是一个点。##n,type,x,y,z,radius,parent n 当前点编号 type 类型、颜...原创 2019-08-29 15:14:12 · 1391 阅读 · 0 评论 -
vaa3d_神经元追踪算法介绍之TReMAP_neuron tracing
主要内容Zhou Z, Liu X, Long B, et al. TReMAP: automatic 3D neuron reconstruction based on tracing, reverse mapping and assembling of 2D projections[J]. Neuroinformatics, 2016, 14(1): 41-50.发表在Neuroinf...原创 2019-08-29 11:27:40 · 660 阅读 · 0 评论 -
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Rapid Reconstruction of 3D Neuronal Morphology from Light Microscopy Images with Augmented Rayburst SamplingMing X, Li A, Wu J, Yan C, Ding W, et al. (2013) Rapid Reconstruction of 3D Neuronal Morph...原创 2019-08-29 10:45:47 · 726 阅读 · 0 评论 -
为什么rivulet算法只能ubuntu下通过编译而在vs2010下报错
ubuntu采用的是gcc4.8和g++4.8windows采用的是windows10+ Visual Studio 2010 x641.因为ubuntu用到的是gcc和g++编译器，能够使用typeof关键字，这种关键字在vs里面没有。https://bbs.youkuaiyun.com/topics/90337611这个问题出现在宏定义max2和min2时。#define max2(a,b) ...原创 2018-12-11 11:05:20 · 191 阅读 · 0 评论 -
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Vaa3d中神经元重建结果颜色由SWC文件中的type列控制 0 白色 1 黑色 2 红色 3 蓝色 6 黄色 7 绿色 超过20 ...原创 2018-12-27 14:08:46 · 1200 阅读 · 0 评论 -
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