vaa3d_神经元追踪算法介绍之SWC模型_neuron tracing

最新推荐文章于 2023-08-02 17:22:48 发布

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#Vaa3d #SWC #neuron tracing #树状结构

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本文详细介绍了SWC文件格式，包括其结构、关键字段如n、type、x、y、z、radius、parent的含义，以及如何正确处理SWC文件中的点数据。特别强调了根节点标识和n与i不对应的情况，提供了处理SWC文件的有效策略。

swc文件中，一般在前几行加注释等信息，注释以“#”开头。
swc可以认为是一系列点的组合，每一行就是一个点。
##n,type,x,y,z,radius,parent

n	当前点编号
type	类型、颜色
x	x坐标
y	y坐标
z	z坐标
radius	半径
parent	父节点，parent不能等于n

type在vaa3d对应的颜色见https://blog.youkuaiyun.com/jujiyu6446/article/details/85279601

特别注意

1.parent 等于-1的点为根节点
2.第一行的n可能是0可能是1，当在处理swc是，应该特别注意的一点是i与n不一定对应。
	比如说，swc文件经读取后存储为QList <NeuronSWC> listNeuron;
	遍历该QList，其实第i个NeuronSWC的n不一定等于i。
	给定n需要通过QHash <int, int>  hashNeuron;找到对应的i。

一些神经元可以从http://neuromorpho.org下载对应的数据