Vaa3d
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远野贵树97
这个作者很懒，什么都没留下…
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Vaa3D_内存、运行时间统计_windows
windows系统下，包含Windows.h和Psapi.h即可调用api获取尖峰内存消耗等信息。可以自己修改内存、时间等的记录单位。用法是通过addCheckPoint函数，记录当前占用的内存和运行的时间。数据会被记录在 timePoint memoryPoint; zhushi; 这三个vector变量中。然后在程序结束以后，通过print2File函数将记录的信息输出到文件中。print2File这个函数可以根据自己的需要进行一定的修改。MemoryTimeCount mt_c原创 2020-09-12 00:08:20 · 286 阅读 · 0 评论 -
Matlab_参数数量可变_笛卡尔积_Cartesian product
使用网格测试测试算法时，算法有多个参数，最终参数的集合实际上是每一个参数集合的笛卡尔积。function C = cartesian(varargin) args = varargin; n = nargin; [F{1:n}] = ndgrid(args{:}); for i=n:-1:1 G(:,i) = F{i}(:); end C = unique(G , 'rows');end这个函数的输入参数个数是可变的。用法如下转载 2020-08-09 22:00:36 · 860 阅读 · 1 评论 -
Vaa3D并行程序测试-OPENMP-VS2010-加速程序
首先，我能确定的是该OPENMP测试程序通过Qt自带的MINGW编译器直接编译有效，但是我没有对VS编译器进行测试，究竟有没有提升，提升了多少我没有进行测试，因为普通的垃圾代码会被VS优化。首先是pro文件QMAKE_CXXFLAGS+=/openmpQMAKE_CFLAGS += /fopenmp有的地方说只插入第一个行即可，但是保险起见，两个都写上。测试C文件值得注意的是需要加上#include <omp.h>在需要多线程的for循环前，加上#pragma omp paral原创 2020-05-28 17:18:39 · 1124 阅读 · 0 评论 -
Rendering color of SWC in Vaa3D
SWC is a widely used file format of neuronal structure. In SWC format, the neuronal structure is described as a series of nodes. Each node has properties including index, location, type, radius, at mo...原创 2020-04-16 21:13:45 · 262 阅读 · 0 评论 -
Vaa3D_SD、SSD指标的来源
之前写了一个博客是matlab计算SD和SSD的，但是没有具体的介绍指标的由来。https://blog.youkuaiyun.com/jujiyu6446/article/details/102924301这两个指标是来自于Peng H , Ruan Z , Long F , et al. V3D enables real-time 3D visualization and quantitative ...原创 2020-01-09 19:45:28 · 439 阅读 · 0 评论 -
Vaa3d_修改生成的dll名_pro文件
1.创建插件运行V3D–Plug-in–_Vaa3D_plugin_creator–create plugin2.选定保存路径更改 Save Folder，一般保存到 D:\V3D\vaa3d_tools\hackathon\yourname\projectName 路径下3.在选定文件夹下打开工程tips另外 也可以直接复制别人的工程，但是要修改对应的pro文件信息。主要包括...原创 2020-01-07 14:57:02 · 362 阅读 · 2 评论 -
Vaa3D_windows基于MATLAB批量运行插件_输入多组图片_FMST_MOST_ENT
BUJT_fastmarching_spanningtree原开发者是John Wan BUJTrun_BUJT_FMST.mfunction [] = run_BUJT_FMST(fname)%run_BUJT_FMST BUJT_fastmarching_spanningtree% 只需要输入文件名if ~exist(fname,'file') disp([fna...原创 2020-01-07 10:16:37 · 507 阅读 · 0 评论 -
Vaa3D_APP2不能编译_computeFeature无法解析
无法解析的外部符号 “void __cdecl computeFeature(struct NeuronTree const &,double *)” (?computeFeature@@YAXAEBUNeuronTree@@PEAN@Z)，该符号在函数 “class QString __cdecl get_neuron_morpho_features_str(struct NeuronT...原创 2019-12-31 19:07:12 · 250 阅读 · 0 评论 -
Vaa3D_批量将tiff文件转化成v3draw文件
通过这个代码可以实现输入tif、tiff文件所在的文件夹，在对应的位置生成一个文件夹然后在该文件夹中生成v3draw图像。如果不需要可以注释这部分代码。QString folder=QFileDialog::getExistingDirectory(0,"openFolder"); cout<<folder.toUtf8().data()<<endl;...原创 2019-12-31 17:22:13 · 758 阅读 · 2 评论 -
downsample_swc——将大脑固定在低分辨率后downsample对应的swc
有的时候，在生物学分析时，需要的大脑的分辨率可能不需要太高，只需要固定在某一分辨率等级下能够看清楚就行，因此不需要terafly模式，从而减少观察的等待时间。在高分辨率下的手动绘制的swc文件，可能需要进行down_sample%paraV3DIOPATH='D:\v3d_2013\v3d_external\matlab_io_basicdatatype';%输入文件inputfile...原创 2019-11-28 09:53:26 · 275 阅读 · 0 评论 -
Vaa3d_删除plugins下非dll文件和空白文件夹_matlab
警告！！！删除操作不可逆请谨慎操作在该代码中我已经注释了删除代码，如需要删除请自行解除注释。可能在删除空白文件夹后生成新的空白文件夹，因为该文件可运行数次以确认删除完毕。该功能非必须！请注意！原因第一在windows下，vaa3d的功能通过dll文件实现，其他文件如 * .exp,* .ilk,* .lib等文件，但是这些文件的存在使得在打开Vaa3d时，会提示更多无关的错误信息，为...原创 2019-11-06 15:56:58 · 269 阅读 · 0 评论 -
Vaa3D_MATLAB计算SD、SSD
在追踪结束以后，常需要计算追踪结果的SD和SSD，通过这三个文件可以实现SD、SSD的计算，通过与批量插件运行相结合可以直接得到结果，然后该结果可以在matlab中进行下一步的处理，如写入到excel文件中等。同理，在CalculateMetric.m文件中可以再加入其他的测量指标，如DIADEM metric等。CalculateMetric.m 函数function [MetricO...原创 2019-11-05 21:03:23 · 1165 阅读 · 0 评论 -
Vaa3D_windows基于MATLAB批量运行插件_输入多组图片多组参数_以APP2为例
首先参考Vaa3D_批量运行插件方法https://blog.youkuaiyun.com/jujiyu6446/article/details/102553093基本原理基本的原理就是通过控制台程序调用dofuncA：在windows下，可以通过1.直接在cmd控制台下手动输入命令2.bat 文件调用3.python 、 matlab等其他语言调用dos命令，简介调用控制台程序等方式达到...原创 2019-11-05 19:29:03 · 746 阅读 · 0 评论 -
DIADEM_metric不能运行及解决办法
有的时候运行DIADEM metric这个评价指标的时候会报错，报错的形式如下图所示，会提示在哪一行有错误，比如这个案例中说的是17行有错，然后发现问题在于17行的type为负数，没有办法处理。java.util.zip.DataFormatException: Improper SWC format at line 17 of 080926a.tif.v3dpbd.swc at...原创 2019-11-01 16:30:59 · 374 阅读 · 0 评论 -
读取ESWC文件的BUG~my_surf_objs.cpp~Vaa3D
my_surf_objs.cpp这个bool readESWC_file(string swc_file, vector<MyMarkerX*> & swc){ ifstream ifs(swc_file.c_str()); if(ifs.fail()) { cout<<"open swc file : "<< swc_file &l...原创 2019-10-28 11:05:10 · 222 阅读 · 0 评论 -
Vaa3d_DIADEM metric基本介绍_SWC拓扑结构量纲
官网：http://www.diademchallenge.org/metric.html可以计算拓扑结构和空间差异。下载地址：http://www.diademchallenge.org/metric_readme.html使用方式：1.安装JAVA2.win+R，输入cmd打开控制台，cd到对应的位置，java -jar DiademMetric.jar -G ExampleGol...原创 2019-10-15 09:29:05 · 382 阅读 · 0 评论 -
Vaa3D_批量运行插件方法
1.首先通过这个了解如何通过控制台命令行调用V3D程序https://blog.youkuaiyun.com/jujiyu6446/article/details/92843403?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg2.尝试通过matlab调用控制台程序从而达到调用V3D的目的。需要自己做的事情是在matlab中通过 -i -o -p 等输入信息%V3D的路径 需要自己修改V3...原创 2019-10-14 17:44:58 · 547 阅读 · 0 评论 -
Vaa3D_LandMark属性对话框详情基本介绍
Landmark Properties and Image Region Measures/Statistics 类型 描述 是否可以修改 No 第几个点 否 Name 是 Comments ...原创 2019-10-14 17:36:07 · 444 阅读 · 0 评论 -
Matlab_按顺序读取多个tif文件后转化为三维图像栈
多个JPG文件或者tif文件都行close allclearsuffix='.tif';imgFolder='D:\dateset\DIADEM\Olfactory Projection Fibers\Image Stacks\OP_9\';SaveName=[imgFolder 'final.tif'];if ~exist(imgFolder,'dir') error('im...原创 2019-10-09 10:28:37 · 1515 阅读 · 0 评论 -
vaa3d_神经元追踪算法介绍之SWC模型_neuron tracing
swc文件中，一般在前几行加注释等信息，注释以“#”开头。swc可以认为是一系列点的组合，每一行就是一个点。##n,type,x,y,z,radius,parent n 当前点编号 type 类型、颜...原创 2019-08-29 15:14:12 · 1391 阅读 · 0 评论 -
为什么rivulet算法只能ubuntu下通过编译而在vs2010下报错
ubuntu采用的是gcc4.8和g++4.8windows采用的是windows10+ Visual Studio 2010 x641.因为ubuntu用到的是gcc和g++编译器，能够使用typeof关键字，这种关键字在vs里面没有。https://bbs.youkuaiyun.com/topics/90337611这个问题出现在宏定义max2和min2时。#define max2(a,b) ...原创 2018-12-11 11:05:20 · 191 阅读 · 0 评论 -
Vaa3d快速打开编译界面并切换到指定的路径_VS+Qt状态
编译时，打开VS的CMD默认在C盘，还需要 先切换到D盘再切换到自己的文件夹，每次都要几十秒的时间切换，比较麻烦。如果可以打开就是在自己指定的文件夹，那就可以节省一些时间。新建文本文档 命名为 bianyi.txt 放置在不常用的固定位置。将以下内容加入到bat文件中d:cd D:\V3D\vaa3d_tools\hackathon\cls%comspec% /k ""C:\P...原创 2019-09-25 09:54:45 · 351 阅读 · 0 评论 -
Vaa3D加快调试方法、快速屏蔽对应功能、自动载入图像和marker等、自动选取文件保存位置、marker点即时更新
Vaa3d调试的主要步骤中一般包括打开图片、打开marker文件、打开swc文件这三个打开操作，GUI参数的输入操作，对话框选取文件保存位置的操作等，这几个步骤都会占用调试的时间而且当针对同一张图片时，图片、marker文件、参数等基本不发生变化，这就给我们节省调试时间带来了方便。同时，将程序分块并加入在if(1)模块内可以保证当不需要该功能时可以快速屏蔽该功能。同时，每一个if(1)快速屏...原创 2019-09-24 09:46:23 · 542 阅读 · 0 评论 -
Vaa3d_开发版和用户版本区别_用户版使用开发版编译的插件
开发版从github上下载v3d_external和vaa3d_tools两个文件夹内代码，并使用VS和Qt进行编译。称之为开发版。ubuntu下编译过程见https://blog.youkuaiyun.com/jujiyu6446/article/details/84590792。用户版用户版可以从https://github.com/Vaa3D/release/releases/上下载。3.59...原创 2019-09-10 17:20:39 · 421 阅读 · 0 评论 -
matlab批量转化nrrd图像为tif___Vaa3D
在v3d中也支持nrrd图像的处理，但是windows 系统下不支持打开？不知道是不是我的v3d版本的问题。因此写了一个nrrd图像批量转化为tif文件的代码，不过运行效率比较低。主要分为三个文件nrrdread.mnrrdread.m 这个是从网上下的，这个文件里面，我去掉了Endian属性，因为我处理的图像是8位的，没有这个属性可选。function [X, meta] = nrrdr...原创 2019-05-20 19:35:55 · 1069 阅读 · 2 评论 -
vaa3d_将神经元追踪结果swc转化成对应的图像
问题描述如下，在一些swc后处理时，需要判断某些区域是否已经被追踪过、或者离当前坐标点最近的已经被追踪的点在哪，但是在swc文件中，提供的仅仅是点以及点之间的连接关系。已经有的：…\v3d_external\v3d_main\neuron_matching 路径下的display_neuron_swcformat_FL.m能够采用matlab的代码，通过plot3的形式输出三维的图像。d...原创 2019-04-22 10:47:10 · 1125 阅读 · 0 评论 -
Vaa3d_NeuronTree通过callback.setSWC将改变结构；swc与marker坐标差1
问题1：方式A：在V3d中，一个NeuronTree变量直接通过v3d_external\v3d_main\basic_c_fun中的basic_surf_objs.cpp文件内的函数writeSWC_file，保存成文件A。方式B：callback.setSWC(curwin,nt);再通过3D窗口右键选择swc文件并选择 save the selectedstructure to file...原创 2019-03-26 17:27:15 · 392 阅读 · 0 评论 -
树状结构特征点检测groundtruth的一种match方法_给定坐标点输出成marker文件
工具1：给定坐标点输出成marker文件部分数据集给的groundtruth可能是以坐标点的形式呈现，但是vaa3d中需要的往往是.marker文件的形式，因此我们可能需要使用matlab将坐标转换成为marker文件。function [ ] = coordinate2marker( input_args,filename )%UNTITLED5 此处显示有关此函数的摘要% 此处显...原创 2019-01-23 21:17:04 · 710 阅读 · 0 评论 -
Vaa3d中神经元重建结果颜色对照图
Vaa3d中神经元重建结果颜色由SWC文件中的type列控制 0 白色 1 黑色 2 红色 3 蓝色 6 黄色 7 绿色 超过20 ...原创 2018-12-27 14:08:46 · 1200 阅读 · 0 评论 -
Vaa3d中的neuroGPS-Tree追踪算法
参考文献[1 ] Quan T, Zhou H, Li J, et al. NeuroGPS-Tree: automatic reconstruction of large-scale neuronal populations with dense neurites[J]. Nature methods, 2016, 13(1): 51.这篇文章发表在Nature Methods 上，SC...原创 2018-12-05 17:07:13 · 961 阅读 · 3 评论 -
Ubuntu16下编译Vaa3d
Ubuntu16下编译Vaa3dhttps://github.com/Vaa3D/Vaa3D_Wiki/wiki/Build-Vaa3D-on-Linux流程基本与官方相同。但是官方版本缺失了一些细节。1.Qt从qt官网上下载，下载的是qt-everywhere-opensource-src-4.7.3版本。https://www.qt.io/downloadQt下载后解压至某一路径，在...原创 2018-11-28 19:25:28 · 841 阅读 · 5 评论 -
Vaa3d新建工程，打开pro文件后仅出现pro文件，不出现其他cpp和h文件
Vaa3d新建工程，打开pro文件后仅出现pro文件，不出现其他cpp和h文件。1.一个原因就是打开工程的时候没有点击configure Project按钮如果打开工程没有找到这个选项的话，在工具–选项–Qt Version中。2.或者在工程路径下运行qmake，再用Qt编辑器打开。参考：https://zhidao.baidu.com/question/552695596.htm...原创 2018-12-04 21:18:01 · 702 阅读 · 0 评论 -
Vaa3D与Qt简要介绍（入门教程）
教程1：编译Vaa3D分为在windows、mac、ubuntu等系统上编译。原始教程https://github.com/Vaa3D/Vaa3D_Wiki/wiki/Build-Vaa3D-on-Linuxhttps://github.com/Vaa3D/Vaa3D_Wiki/wiki/Build-Vaa3D-on-Windows-(VS2010-and-QMake)编译时一些问题的教...原创 2019-05-17 21:44:56 · 3088 阅读 · 0 评论 -
在控制台下运行Vaa3D及插件--dofunc，实现和规则
win键+R，输入cmd并运行可以打开控制台。1.切换路径使用cd命令可以在控制台下切换当前路径。d:cd d:cd d:\V3D默认进去是处于C:\Users\yourName路径下，想切换到D盘需要输入“d:”命令，直接使用cd命令是 不够的。.2.运行主程序切换到 …\v3d_external\bin 路径下，在该路径，运行vaa3d_msvc.exe就可以召唤...原创 2019-06-19 19:59:48 · 825 阅读 · 0 评论 -
vaa3d_神经元追踪算法介绍之半自动追踪算法_neuron tracing
介绍一篇半自动追踪算法Zandt B J , Losneg?Rd A , Hodneland E , et al. Semi-automatic 3D morphological reconstruction of neurons with densely branching morphology: Application to retinal AII amacrine cells image...原创 2019-09-06 16:40:27 · 559 阅读 · 0 评论 -
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vaa3d_神经元追踪算法介绍之snack_neuron tracing
snackWang Y , Narayanaswamy A , Tsai C L , et al. A Broadly Applicable 3-D Neuron Tracing Method Based on Open-Curve Snake[J]. Neuroinformatics, 2011, 9(2-3):193-217.DIADEM Special Issue 特刊的一篇文章...原创 2019-09-03 17:48:06 · 863 阅读 · 0 评论 -
vaa3d_神经元追踪算法介绍之APP2_neuron tracing
APP2Xiao, H. and Peng, H. (2013) APP2: automatic tracing of 3D neuron morphology based on hierarchical pruning of a gray-weighted image distance-tree,Bioinformatics, 29, 1448-1454. (http://home.pe...原创 2019-08-30 09:42:09 · 1061 阅读 · 2 评论 -
vaa3d_神经元追踪算法介绍之TReMAP_neuron tracing
主要内容Zhou Z, Liu X, Long B, et al. TReMAP: automatic 3D neuron reconstruction based on tracing, reverse mapping and assembling of 2D projections[J]. Neuroinformatics, 2016, 14(1): 41-50.发表在Neuroinf...原创 2019-08-29 11:27:40 · 660 阅读 · 0 评论 -
vaa3d_神经元追踪算法介绍之MOST_neuron tracing
Rapid Reconstruction of 3D Neuronal Morphology from Light Microscopy Images with Augmented Rayburst SamplingMing X, Li A, Wu J, Yan C, Ding W, et al. (2013) Rapid Reconstruction of 3D Neuronal Morph...原创 2019-08-29 10:45:47 · 726 阅读 · 0 评论