远野贵树的博客

windows系统下，包含Windows.h和Psapi.h即可调用api获取尖峰内存消耗等信息。可以自己修改内存、时间等的记录单位。用法是通过addCheckPoint函数，记录当前占用的内存和运行的时间。数据会被记录在 timePoint memoryPoint; zhushi; 这三个vector变量中。然后在程序结束以后，通过print2File函数将记录的信息输出到文件中。print2File这个函数可以根据自己的需要进行一定的修改。MemoryTimeCount mt_c

SWC is a widely used file format of neuronal structure. In SWC format, the neuronal structure is described as a series of nodes. Each node has properties including index, location, type, radius, at mo...

之前写了一个博客是matlab计算SD和SSD的，但是没有具体的介绍指标的由来。https://blog.youkuaiyun.com/jujiyu6446/article/details/102924301这两个指标是来自于Peng H , Ruan Z , Long F , et al. V3D enables real-time 3D visualization and quantitative ...

1.创建插件运行V3D–Plug-in–_Vaa3D_plugin_creator–create plugin2.选定保存路径更改 Save Folder，一般保存到 D:\V3D\vaa3d_tools\hackathon\yourname\projectName 路径下3.在选定文件夹下打开工程tips另外 也可以直接复制别人的工程，但是要修改对应的pro文件信息。主要包括...

无法解析的外部符号 “void __cdecl computeFeature(struct NeuronTree const &,double *)” (?computeFeature@@YAXAEBUNeuronTree@@PEAN@Z)，该符号在函数 “class QString __cdecl get_neuron_morpho_features_str(struct NeuronT...

通过这个代码可以实现输入tif、tiff文件所在的文件夹，在对应的位置生成一个文件夹然后在该文件夹中生成v3draw图像。如果不需要可以注释这部分代码。QString folder=QFileDialog::getExistingDirectory(0,"openFolder"); cout<<folder.toUtf8().data()<<endl;...

警告！！！删除操作不可逆请谨慎操作在该代码中我已经注释了删除代码，如需要删除请自行解除注释。可能在删除空白文件夹后生成新的空白文件夹，因为该文件可运行数次以确认删除完毕。该功能非必须！请注意！原因第一在windows下，vaa3d的功能通过dll文件实现，其他文件如 * .exp,* .ilk,* .lib等文件，但是这些文件的存在使得在打开Vaa3d时，会提示更多无关的错误信息，为...

在追踪结束以后，常需要计算追踪结果的SD和SSD，通过这三个文件可以实现SD、SSD的计算，通过与批量插件运行相结合可以直接得到结果，然后该结果可以在matlab中进行下一步的处理，如写入到excel文件中等。同理，在CalculateMetric.m文件中可以再加入其他的测量指标，如DIADEM metric等。CalculateMetric.m 函数function [MetricO...

首先参考Vaa3D_批量运行插件方法https://blog.youkuaiyun.com/jujiyu6446/article/details/102553093基本原理基本的原理就是通过控制台程序调用dofuncA：在windows下，可以通过1.直接在cmd控制台下手动输入命令2.bat 文件调用3.python 、 matlab等其他语言调用dos命令，简介调用控制台程序等方式达到...

my_surf_objs.cpp这个bool readESWC_file(string swc_file, vector<MyMarkerX*> & swc){ ifstream ifs(swc_file.c_str()); if(ifs.fail()) { cout<<"open swc file : "<< swc_file &l...

官网：http://www.diademchallenge.org/metric.html可以计算拓扑结构和空间差异。下载地址：http://www.diademchallenge.org/metric_readme.html使用方式：1.安装JAVA2.win+R，输入cmd打开控制台，cd到对应的位置，java -jar DiademMetric.jar -G ExampleGol...

1.首先通过这个了解如何通过控制台命令行调用V3D程序https://blog.youkuaiyun.com/jujiyu6446/article/details/92843403?tdsourcetag=s_pctim_aiomsg2.尝试通过matlab调用控制台程序从而达到调用V3D的目的。需要自己做的事情是在matlab中通过 -i -o -p 等输入信息%V3D的路径 需要自己修改V3...

Landmark Properties and Image Region Measures/Statistics 类型 描述 是否可以修改 No 第几个点 否 Name 是 Comments ...

教程1：编译Vaa3D分为在windows、mac、ubuntu等系统上编译。原始教程https://github.com/Vaa3D/Vaa3D_Wiki/wiki/Build-Vaa3D-on-Linuxhttps://github.com/Vaa3D/Vaa3D_Wiki/wiki/Build-Vaa3D-on-Windows-(VS2010-and-QMake)编译时一些问题的教...

win键+R，输入cmd并运行可以打开控制台。1.切换路径使用cd命令可以在控制台下切换当前路径。d:cd d:cd d:\V3D默认进去是处于C:\Users\yourName路径下，想切换到D盘需要输入“d:”命令，直接使用cd命令是 不够的。.2.运行主程序切换到 …\v3d_external\bin 路径下，在该路径，运行vaa3d_msvc.exe就可以召唤...

..\..\..\..\v3d_external\v3d_main\basic_c_fun\stackutil.h(64) : fatal error C1083: 无法打开包括文件:“tiffio.h”: No such file or directory一般容易在新建工程时出现该问题，在pro文件中如下路径即可…\v3d_external\v3d_main\common_lib\incl...

问题1：方式A：在V3d中，一个NeuronTree变量直接通过v3d_external\v3d_main\basic_c_fun中的basic_surf_objs.cpp文件内的函数writeSWC_file，保存成文件A。方式B：callback.setSWC(curwin,nt);再通过3D窗口右键选择swc文件并选择 save the selectedstructure to file...

开发版从github上下载v3d_external和vaa3d_tools两个文件夹内代码，并使用VS和Qt进行编译。称之为开发版。ubuntu下编译过程见https://blog.youkuaiyun.com/jujiyu6446/article/details/84590792。用户版用户版可以从https://github.com/Vaa3D/release/releases/上下载。3.59...

编译时，打开VS的CMD默认在C盘，还需要 先切换到D盘再切换到自己的文件夹，每次都要几十秒的时间切换，比较麻烦。如果可以打开就是在自己指定的文件夹，那就可以节省一些时间。新建文本文档 命名为 bianyi.txt 放置在不常用的固定位置。将以下内容加入到bat文件中d:cd D:\V3D\vaa3d_tools\hackathon\cls%comspec% /k ""C:\P...

在v3d中也支持nrrd图像的处理，但是windows 系统下不支持打开？不知道是不是我的v3d版本的问题。因此写了一个nrrd图像批量转化为tif文件的代码，不过运行效率比较低。主要分为三个文件nrrdread.mnrrdread.m 这个是从网上下的，这个文件里面，我去掉了Endian属性，因为我处理的图像是8位的，没有这个属性可选。function [X, meta] = nrrdr...