韦恩图的制作

本文介绍了如何在基因组和蛋白组分析中使用韦恩图来表示不同组间的差异基因或差异蛋白交集和并集。推荐了一个在线工具——https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html,用户可以将各组序列粘贴到列表中,方便查看交集元素。

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1.在基因组和蛋白组或者其它的实验经常会需要比较每个组差异基因或者差异蛋白之间否具有交集、并集等,这样的情况往往会使用韦恩图来制作。
1.1韦恩图可以利用在线工具来制作,网址为https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
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1.2可以将每组序列分别粘贴到list里
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2.如果想要看交集都有那些元素
可以
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Python绘制韦恩图通常依赖于一些特定的库,比如`matplotlib_venn`。这个库可以很方便地帮助我们创建两组或三组合并数据集之间的交集、并集等关系展示。下面我会简要介绍一下如何安装和使用该库来绘制简单的二元及三元韦恩图。 ### 安装所需库 首先你需要确保已经安装了 `matplotlib` 和 `matplotlib-venn` 库。如果没有的话,可以通过pip命令轻松安装: ```bash pip install matplotlib matplotlib-venn ``` ### 绘制基本二元韦恩图示例代码 接下来是一段简单例子用于生成两个集合间的韦恩图: ```python from matplotlib import pyplot as plt from matplotlib_venn import venn2 # 创建一组虚拟的数据集 A 和 B set_A = set(['A', 'B', 'C', 'D']) set_B = set(['C', 'D', 'E']) plt.figure(figsize=(6,4)) v = venn2([set_A, set_B], ('Set A', 'Set B')) for text in v.set_labels: if text is not None: text.set_fontsize(18) plt.show() ``` 此段脚本将会显示一个包含两个圆圈表示各自数据集,并标记出它们之间共有元素区域的标准Venn Diagram. 对于更复杂的情况如三个独立变量间的关系,则需要使用到`venn3()`函数而不是上面提到过的`venn2()`. 语法非常类似: ```python from matplotlib_venn import venn3 # 示例中假设存在第三个数据集 C set_C = {'F','G'} v=venn3([set_A,set_B,set_C],('Set A','Set B','Set C')) plt.title("Three-way Venn diagram") plt.show() ``` 以上就是利用 Python 进行韦恩图制作的基本步骤啦!
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