蛋白质翻译后修饰磷酸化位点预测工具 —— GPS 2.0

最新推荐文章于 2025-10-15 10:38:40 发布
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GPS 2.0是一款基于JAVA实现的磷酸化位点预测软件，专注于预测408种人类蛋白激酶的特异性磷酸化位点。该工具采用层次结构对蛋白激酶进行分类，并通过简单方法评估假阳性率，有助于实验设计和磷酸化网络构建。此外，GPS 2.0还提供了大规模哺乳动物磷酸化位点预测及Aurora-B特异性底物的全蛋白质组预测，是生物实验的重要辅助工具。
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iteye_21202
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论文解读：PF磷酸：基于机器学习的磷酸化位点预测疟原虫蛋白的工具
qq_41909775的博客
09-09 813
比较难懂，如果想做需要多读，问题是也没有代码，具体的过程也没有，特征提取的方法也不明确，对于R包我也不是很了解
GPS3.0磷酸化位点预测软件
06-15
预测蛋白质的PTM修饰位点
蛋白翻译后修饰——SUMO化
Bioruning的博客
10-15 961
本文内容速览：蛋白质翻译后修饰（PTM）是指在蛋白质合成（翻译）之后，通过共价添加或酶促加工的方式，对蛋白质的氨基酸侧链或肽链骨架进行化学修饰的过程。其本质不是改变蛋白质的氨基酸序列，而是给现有的蛋白质“安装”上各种功能性的“化学基团”或“标签”，从而极大地扩展蛋白质组的多样性和功能性，是细胞精确调控蛋白质活性、定位、稳定性及与其他分子相互作用的关键机制。小远在之前的推文中，给大家介绍了几种比较常见的蛋白质翻译后修饰，如泛素化、磷酸化、乙酰化、甲基化及糖基化等，大家可以点击以下链接进行查看哦！“蛋白翻译后修
GPS 2.0, a Tool to Predict Kinase-specific Phosphorylation Sites in Hierarchy
yesjavame
12-27 358
　GPS 2.0, a Tool to Predict Kinase-specific Phosphorylation Sites in Hierarchy 　 Yu Xue , Jian Ren , Xinjiao Gao, Changjiang Jin, Longping Wen, and Xuebiao Yao　...
庆祝GPS,CSS-Palm,SUMOsp被生命科学门户网站ExPASy收录
幽客独往
09-22 2891
 庆祝GPS,CSS-Palm,SUMOsp被生命科学门户网站ExPASy收录 我们开发的三个用于蛋白质翻译后修饰位点预测的工具软件被著名的生命科学门户网站ExPASy收录，发文以庆之。此次被收录的工具有：GPS ：蛋白质翻译后修饰磷酸化位点预测工具，访问网址 http://bioinformatics.lcd-ustc.org/gps2/CSS-Palm ：蛋白质翻译后修饰棕榈酰
钙蛋白酶Calpain酶切位点预测工具 —— GPS-CCD 1.0
yesjavame
04-06 405
For publication of results, please cite the following article: 　GPS-CCD: GPS-CCD: A novel computational program for the prediction of calpain cleavage sites 　 Zexian Liu , Jun Cao, Xinji...
蛋白质翻译后修饰SUMO化位点预测工具 —— SUMOsp 2.0
幽客独往
03-12 1万+
Systematic study of protein sumoylation: Development of a site-specific predictor of SUMOsp 2.0. Jian Ren, Xinjiao Gao, Changjiang Jin, Mei Zhu, Xiwei Wang, Andrew Shaw, Longpi
常见蛋白质的棕榈酰化修饰位点预测.doc
06-15
总结来说，CSS-Palm、NBA-Palm、WAP-Palm、SEQ-Palm和MDD-Plam是预测蛋白质棕榈酰化位点的有力工具，它们分别利用不同的算法和特征提取方法，为研究者提供了预测蛋白质翻译后修饰的重要手段。通过对这些软件的运用和...
[论文阅读]使用深度学习方法预测蛋白质磷酸化位点DeepPhos: prediction of protein phosphorylation sites with deep learning（二）
不兼容旧版本
08-26 2190
文章提出了DeepPhos，这是一种用于预测蛋白质磷酸化的新型深度学习架构。与多层卷积神经网络不同，DeepPhos由密集连接的卷积神经元网络块组成，可以捕获序列的多种表示形式，通过块内串联层和块间串联层进行最终磷酸化预测。DeepPhos还可用于激酶特异性磷酸化位点预测，不受组，家族，亚科和个体激酶水平的影响，且性能较好。...
PTM翻译后修饰预测工具
weixin_62528784的博客
02-23 6645
蛋白质组的PTM翻译后修饰参考
生物信息学常用数据库
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wish_to_top的博客
07-08 1万+
写在前面 说来惭愧，感觉读到研究生，说来说去张口闭口也就是TCGA、GEO、ARRAYEXPRESS、GTEX数据库，感觉还不如一些临床医生自学生物信息学的，平常都没去探索一些新的数据库，这边做个记录.黑色部分代表我查到的简介，而红色部分则表示我的个人看法 GEO数据库 GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，目前已经发表的论文中涉及到的基因表达检测的数据可以通过这个数据
蛋白质亚硝基化修饰位点预测工具 —— GPS-SNO 1.0
幽客独往
08-10 3793
蛋白质亚硝基化修饰位点预测工具 —— GPS-SNO 1.0
STM32+MAX7219数码管模块显示程序 SPI接口
12-02
提供了基于STM32F4xx系列的MAX7219数码管模块显示程序，通过SPI串行总线进行通信，使用库函数进行编程。经过实际测试，该程序能够正常驱动数码管进行显示。 特点 基于STM32F4xx系列MCU 使用SPI串行总线通信 采用库函数编程 实测能正常驱动MAX7219数码管模块显示
基于大疆M100无人机平台的自主导航与智能决策系统开发项目_该项目专注于在复杂动态环境中实现无人机的实时障碍物感知与规避以及高效全局与局部路径规划算法的集成与优化核心内容包括利.zip
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Turbo 码编码及解码仿真程序(Matlab)
12-02
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【改进灰狼算法】基于记忆、进化算子和局部搜索的改进灰狼优化算法及线性种群规模缩减算法（Matlab代码实现）
最新发布
12-02
内容概要：本文提出了一种基于记忆机制、进化算子和局部搜索策略的改进灰狼优化算法，并结合线性种群规模缩减策略以提升算法收敛速度与全局搜索能力。该算法通过引入记忆模块保存优质个体信息，利用进化算子增强种群多样性，同时采用局部搜索机制提高寻优精度，有效克服了传统灰狼算法易陷入局部最优、收敛速度慢等问题。文中详细阐述了算法的设计思路、实现步骤及关键参数设置，并提供了完整的Matlab代码实现，便于读者复现与应用。实验部分验证了改进算法在多个标准测试函数上的优越性能，展示了其在优化问题中的潜力。; 适合人群：具备一定智能优化算法基础，熟悉Matlab编程，从事科研或工【改进灰狼算法】基于记忆、进化算子和局部搜索的改进灰狼优化算法及线性种群规模缩减算法（Matlab代码实现）程优化相关工作的研究生、科研人员及技术人员； 使用场景及目标：①解决复杂优化问题如函数优化、参数调优、工程设计优化等；②学习灰狼算法的改进思路与实现方法，掌握智能算法的性能提升策略； 阅读建议：建议结合Matlab代码逐行理解算法实现过程，重点关注记忆机制、进化操作与局部搜索的融合方式，并通过实验对比分析改进策略的有效性。
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