使用AMBER跑分子动力学模拟

第一步：分子对接

1. 选择你需要的对接软件，准备你的蛋白-小分子复合物（MOE，薛定谔，autodock），上面分子对接的软件都可以，autodock免费。

2. 选择蛋白和小分子，PDB，Pubchem下载。

3. 自行对接，选择你需要的蛋白-小分子构象，分离开蛋白和小分子，蛋白保存成pdb格式，小分子保存成mol2格式。

第二步：对蛋白封端

封端操作是通过添加保护基团（如 NME 和 ACE）来完成的。下面是如何使用 tleap 为蛋白质的 N 端和 C 端添加封端基的方法：

1. 启动 tleap

首先，启动 tleap：

tleap

2. 加载力场和必要的库文件

加载 Amber 力场和其他必要的参数文件（如 TIP3P 水模型的力场文件，视情况而定）：

source leaprc.protein.ff14SB   # 或者根据你的蛋白质选择适合的力场
source leaprc.water.tip3p      # 如果你还需要考虑水分子

3. 加载 PDB 文件

加载你的蛋白质的 PDB 文件：

protein = loadpdb "your_protein.pdb"

4. 为 N-端添加 ACE（乙酰基）

你可以通过以下方式为 N 端添加 ACE 基团：

addions protein ACE

5. 为 C-端添加 NME（甲基氨基乙酰基）

为 C 端添加 NME 基团：

addions protein NME

6. 保存修改后的结构

保存修改后的结构文件（比如 pdb 格式）：

savepdb protein "p