amber分子动力学模拟干货总结

分子动力学模拟与自由能计算实战教程
最新推荐文章于 2025-08-26 06:39:55 发布
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AMBER软件安装运行、模型构建及力场文件生成、能量优化、溶剂模型、MM/PBSA方法结合自由能计算、另配合专业案例及经典文章案例复现

  • 分子动力学入门理论

教学目标：了解本方向内容、理论基础、研究意义。
  1. 分子力学简介
    1. 分子力学的基本假设
    2. 分子力学的主要形式
  2. 分子力场
    1. 分子力场的简介
    2. 分子力场的原理
    3. 分子力场的分类及应用
  1. 分子动力学
    1. 分子动力学流程
    2. AMBER中的分子动力学模拟
  1. 结合自由能计算
    1. 结合自由能计算方法简介
    2. MM/PBSA结合自由能计算原理
  • LINUX入门

教学目标：掌握数值计算平台，熟悉计算机语言。
  1. LINUX 简介
    1. 用户属组及权限
    2. 目录文件属性
    3. LINUX基础命令
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Angus_1
关注
生物分子仿真软件：AMBER_（6）.分子动力学模拟流程
kkchenjj的博客
03-18 1106
分子动力学模拟是研究生物分子系统行为的强大工具。通过AMBER进行分子动力学模拟，可以从分子结构的获取和预处理，到拓扑文件和坐标文件的生成，再到模拟参数的设置和模拟运行，最后进行结果分析和验证。每个步骤都至关重要，需要仔细设置和验证，以确保模拟的准确性和可靠性。
分子动力学仿真软件：AMBER二次开发_基本分子动力学模拟流程
kkchenjj的博客
10-24 1768
力场参数是分子动力学模拟中的关键部分，它描述了分子之间的相互作用。AMBER支持多种力场，包括蛋白质、核酸、小分子等的力场。假设我们有一个小分子，需要使用gaff力场进行参数化。# 创建Leap输入文件 cat > small_molecule.in << EOF# 加载小分子文件# 加载小分子的力场参数# 添加氢原子# 保存拓扑文件和坐标文件quitEOF # 运行Leap tleap -f small_molecule.in系统准备构建分子模型定义力场参数设置模拟环境模拟参数设置。
AMBER分子动力学模拟软件（AMBER18, AMBER19)
01-08
AMBER分子动力学模拟软件（AMBER18, AMBER19) AMBER是著名的老牌开源分子动力学模拟软件，最新版本是AMBER19（但是19版本的并行模拟模块还没公布，只有AmberTools19）如果需要并行计算可以下载编译18版本 由于AMBER国外网站下载非常不稳定，经常掉线，并且每次掉线以后又需要重头下载，非常折腾人，故分享此百度云盘链接给需要的同学们。
使用AMBER跑分子动力学模拟
imqyt的博客
12-07 1720
Amber小分子-蛋白复合体分子动力学模拟
Amber小分子-蛋白复合体分子动力学模拟
MurphyStar的博客
10-08 7517
基于Amber和Gromacs的“小分子-蛋白质”分子模拟
Amber进行分子动力学模拟以及计算mmpbsa
qq_43164247的博客
02-21 3536
使用amber进行分子动力学模拟，并且使用mmpbsa模块进行氨基酸残基自由能分解
分子动力学仿真软件：AMBER_（8）.模拟运行
最新发布
kkchenjj的博客
08-26 1263
通过上述步骤，你可以使用AMBER进行从基本的分子动力学模拟到高级的增强采样模拟。每一步的操作都包括编写输入脚本、运行模拟模块、监控模拟进度和分析模拟结果。这些工具和方法不仅能够帮助你准备和运行模拟，还能提供丰富的分析结果，帮助你更好地理解分子的动态行为和物理化学性质。希望这些示例和详细说明能对你在使用AMBER进行分子动力学模拟时提供帮助。如果你有更多复杂的需求或遇到问题，建议查阅AMBER的官方文档和用户手册，以获取更详细的信息和指导。
Amber分子动力学模拟
pang0416的博客
01-17 1135
分子动力学基础理论；模型构建方法及技巧；能量优化、分子动力学模拟；结合自由能计算；分子动力学轨迹分析等；
AMBER分子动力学模拟之分子模拟-- HIV蛋白酶-抑制剂复合物(2)
发呆的比目鱼的博客
05-16 705
AMBER分子动力学模拟之分子模拟-- HIV蛋白酶-抑制剂复合物(2)
【生信操作】使用 Amber20 运行蛋白质-小分子复合物的分子动力学模拟
Aurora_i的博客
11-26 2820
本博文介绍了如何使用 Amber20 进行蛋白质-小分子的分子动力学模拟
分子动力学软件Amber18说明书
11-19
国际分子动力学软件Amber18，说明书。集成了GPU加速模块
amber 分子动力学
01-12
amber 分子动力学关于金属的，包括金属的处理以及金属动力学教程-总结，可以作为入门指导，
分子动力学软件amber的权威网上教程pdf版
06-22
amber workshop tutorial(适用版本8-9) 分子动力学模拟软件amber的一个比较官方的教程，非常辛苦的从网上把一个个页面download下来后整理生成为pdf文件，感兴趣的童鞋可以拿去打印出来看，比在线一边看一边操作要省力。同时作为资料保存也不错。
分子动力学模拟AMBER参数意义
qq_39369623的博客
10-01 2479
amber各参数意义
amber软件的分子动力学模拟步骤
基博的博客
09-17 4338
跑一个没有非标准残基的配体，蛋白的加溶剂体系，从准备文件到完成成品模拟大概需要做什么，都记录在这里
AMBER--分子动力学
y2715163545的博客
11-20 671
可以解决和研究DNA的折叠和性质、蛋白与配体的识别机制、跨膜蛋白的工作机理、蛋白酶与底物的反应、蛋白与蛋白的耦合、比较野生型与突变蛋白的不同特性等。从AMBER程序入门，安装自己的AMBER可执行程序开始，依次讲授研究对象模型的获取与构建-体系预处理、能量优化、分子动力学模拟结果评估、结合自由能计算及增强采样方法、相互作用机理分析、可视化、轨迹特征获取，并对经典文献进行复现。(a) umbrella sampling的原理(b) umbrella sampling的。12.2 丙氨酸扫描（寻找热点残基）
AMBER分子动力学能量优化与分析、结合自由能计算技术与应用
weixin_51101456的博客
04-08 1412
一、引言在生命科学和化学领域，理解分子体系的结构与动态行为以及分子间相互作用的能量本质至关重要。AMBER（Assisted Model Building with Energy Refinement）作为一款广泛应用的分子动力学模拟软件包，为科学家们提供了强大的工具来开展相关研究。其分子动力学能量优化与分析功能，能够帮助研究人员精准地确定分子的稳定构象，深入探究分子的动态变化过程；
AMBER分子动力学简例（一）
hdpai2018的博客
07-22 782
来源：“分子动力学”公众号 链接：https://mp.weixin.qq.com/s/Wuy8NZNBWbJTNLwNHhw8Fw AMBER分子动力学 概述 以下是使用AMBER包的简单教程，希望对开始学习分子动力学的同学有用处。申明一下，以下教程原版来自网上，是最最基本的教程，同时也非常实用，有非常好的借鉴意义。 AMBER分子动力学程序包是加州圣弗兰西斯科大学（University of California San Francisco,UCSF)的Peter A Kollman和其同事编的，程序很
分子动力学模拟Amber/Gromacs结合自由能计算 药效团模型构建RMSD、RMSF
pang0416的博客
03-18 4063
以下是使用AMBER、GROMAVCS的教程，希望对开始学习分子动力学的同学有帮助。
amber分子动力学模拟
04-23
<think>好的，我现在需要帮助用户获取Amber分子动力学模拟的教程或使用指南。首先，用户提到他们可能需要进行“小分子-蛋白”复合物的模拟，并引用了之前关于参数构建和MM/PBSA方法的内容。我应该结合这些信息来提供指导。 首先，我应该回顾用户之前的问题，确保回答连贯。用户之前提到使用Leap/Tleap构建复合物参数，所以可能需要详细步骤。接下来，用户需要软件使用指南或教程，我应该分步骤介绍Amber的基本流程，包括准备文件、参数化、模拟运行和分析。 然后，考虑用户可能的技能水平。如果是新手，可能需要安装和环境配置的提示，比如Amber需要付费，建议通过合作获取。此外，示例脚本和命令会有帮助，比如tleap的输入文件和运行命令。 还要注意引用之前提到的内容，比如MM/PBSA方法在引用[2]中，所以在焓变计算部分要关联到那里。同时，确保使用正确的LaTeX格式，比如变量用$...$，独立公式用$$...$$，但当前内容可能涉及较少数学公式，不过如果有的话要正确应用。 用户可能需要进一步的问题，比如性能优化、分析工具或常见错误处理。所以最后生成相关问题时要涵盖这些方面，帮助用户深入学习和解决问题。 最后，检查回答结构是否清晰，步骤是否详细，并确保所有引用正确标注，如引用[^1]和[^2]。同时，确保语言口语化，避免使用Markdown格式，符合用户的要求。</think>[Amber分子动力学模拟入门指南] 1. 环境准备 - 确认已安装AmberTools（免费版）或Amber（付费完整版），建议通过学术机构获取许可证 - 配置环境变量：`export AMBERHOME=/path/to/amber` - 验证安装：`tleap -h` 应显示帮助信息[^1] 2. 基础工作流程（以"小分子-蛋白"复合物为例） 步骤一：文件准备 ```bash # 蛋白结构文件：protein.pdb # 小分子结构文件：ligand.mol2 # 小分子参数文件：ligand.frcmod（使用antechamber生成） antechamber -i ligand.mol2 -fi mol2 -o ligand.prep -fo prepi parmchk2 -i ligand.prep -f prepi -o ligand.frcmod ``` 步骤二：构建拓扑文件（关键步骤）[^1] ```tcl # tleap.leaprc 示例 source leaprc.protein.ff14SB source leaprc.gaff loadamberparams ligand.frcmod mol = loadpdb complex.pdb solvateBox mol TIP3PBOX 12.0 addIons mol Na+ 0 saveamberparm mol complex_ions.prmtop complex_ions.inpcrd quit ``` 步骤三：能量最小化 ```bash pmemd -O -i min.in -o min.out -p complex_ions.prmtop -c complex_ions.inpcrd -r min.nrst ``` 3. 常规MD步骤说明 ``` 加热阶段 → 平衡阶段 → 生产模拟 → 结果分析 ``` 各阶段输入文件模板可通过`pmemd -h`查看基础参数设置 4. 关键分析工具 - 轨迹分析：cpptraj（RMSD/RMSF计算） - 结合自由能计算：MM/PBSA方法[^2] ```bash # MM/PBSA示例命令 MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -cp complex_ions.prmtop -y production.nc ``` 5. 学习资源推荐 - 官方教程：$AMBERHOME/doc/tutorials/ - 中文手册：AmberTools基础操作指南（GitHub开源项目） - 视频教程：SBGrid Consortium提供的Amber入门课程
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