善用clear解决group数目限制

LAMMPS默认Group数目限制为32个,本文介绍如何通过分割in文件、使用clear命令及循环建立Group的方法,有效解决Group数量超限问题,优化模拟流程。

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为了优化算法,lammps开发人员设置的Group数目是有限制的,总共32个,其中还包含一个默认的all group. 这导致很多使用者在定义Group大于32时,出现了麻烦。如何突破数目限制,这个修改源码也不那么容易,因为要改的代码不仅仅是group.cpp这一个。

所以在当你的in文件出现超过32个的时候,要学会替代方法,比如说,可以分割in文件为多个文件,分步进行处理,或者使用clear命令来处理。

所有的Individual commands命令,基本上都是单次执行命令,也就是说,代码执行到in文件这一行,就创建了一个Group,接下来如果fix,dump,thermo, compute命令不调用这个group,那么这个group就失去了意义。我们可以利用这一点,结合group的clear style来提出有效的解决方法。

【The clear style un-assigns all atoms that were assigned to thatgroup. This may be dangerous to do during a simulation run,e.g. using the run every command if a fix or compute orother operation expects the atoms in the group to remain constant, butLAMMPS does not check for this.】

clear style的功能是,把当前group id里的原子进行清除,然后当你下次执行这个group的时候,又可以重新赋值。
而lammps允许给已存在Group进行赋值。【If the group ID already exists, the group command adds the specifiedatoms to the group.】
比如说,你想在label, jump, next来建立循环来使用group的时候,就可以用此方法进行处理。

当你需要多个group,而且每次执行完,这个group不在需要,比如建模的时候。这种方式就可以使用。

另外,有很多同学,定义了很多Group,利用lammps的一些命令进行数据处理,这种是不推荐的方式。当你的group超过了32时,说明你的in文件,可能不是一个优化的in啦。

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