fix SMD计算自由能（PMF）之umbrella抽样

上次介绍了，非平衡做功的方法计算自由能，其实fix smd继承了fix
spring的一些功能，也可以进行伞状抽样，进而用wham方法分析，获得比较好的自由能（PMF）曲线。umbrella方法是目前比较成功，且应用比较广的加强抽样方法，在定义反应坐标之后（可以是两个group的距离，或者某一方面上的距离），采用弹簧势限制位置进行抽样即可。伞状抽样，可以克服在高能垒下抽样不充分的缺陷。
对于大粒子体系，比如纳米粒子与膜作用；两个纳米粒子的有效相互作用等等，比较常用。

技术上比较简单。大致步骤如下：

1. 利用steered MD cvel速度不为0，慢拉，获得每个反应坐标上，每个窗口下的初始结构（比如距离是 5 4 3 2 1下的初始结构）

2. 每个窗口下，限制距离跑平衡，然后输出要处理的数据信息

3.WHAM方法进行数据处理。

下面是一个伞状抽样的实例。供大家学习（注：实例中，热浴、相互作用等设置只求简单，不求合理）。

example steered MD for two particles

echo screen
units lj
atom_style atomic
atom_modify map array
dimension 2

region box block 0 20 0 20 -0.5 0.5 units box
create_box 2 box
create_atoms 1 random 300 12345 box units box

set atom 10 type 2
set atom 20 type 2

mass 1 1.0
mass 2 5.0

multi neighbor and comm for efficie