LAMMPS处理overlap atoms的几个命

如果我们给随机的初始条件，那么原子重叠是不可避免的。模拟的开始必须把重叠原子push开，否则模拟就无法进行了。这和能量最小化有区别，因为推开不一定能量就最小了。

如何把原子推开呢，LAMMPS里大概有如下几种方面：

pair_style soft command 加上 small timestep, soft style 势使系统即使原子坐标重叠力也不会无穷大，如果加上小的时间步，这样原子一次移动的距离就不会太大【最好<0.1个单位】，从而保证原子的 blowing up.

fix nve/limit command 是通过限制最大移动距离来实现原子的分离，这个对势能和时间步长没有要求。

minimize command 通过一定的算法使系统能量最小化，再一定时候可以用来push overlap的原子，一般用于周期性系统，而且系统中没有需要固定不动的原子，而上面两个命令没有这个限制。

目前来说，最方便的是第二个命令了，对系统没有特别的要求