22、基因表达数据聚类与分类算法解析

基因表达数据聚类与分类算法解析

1. 基因聚类实验结果

在基因聚类领域，不同算法的表现各有差异。通过对五种酵母微阵列数据集的实验，对比了不同基因聚类算法在分子功能（MF）、生物过程（BP）和细胞组分（CC）本体论方面的最终注释比率或聚类频率。

1.1 不同算法聚类效果对比

算法	MF 本体论	BP 本体论	CC 本体论
RFCM	在多数情况下提供较高或相当的最终注释比率	在多数情况下提供较高或相当的最终注释比率	在多数情况下提供较高或相当的最终注释比率
HCM	在一种情况下提供比 RFCM 更高的最终注释比率	-	在两种情况下提供比 RFCM 更高的最终注释比率
FCM	-	-	在一种情况下提供比 RFCM 更高的最终注释比率

从这些结果可以看出，RFCM（粗糙 - 模糊 c - 均值）算法在大多数情况下表现出色，基因按功能聚类效果更好，表明其聚类结果在功能上更具一致性。

1.2 算法优