单细胞+空间转录组学分析肾癌代谢异质性（文献）

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于 2024-04-15 10:11:27 首次发布

收集透明细胞肾细胞癌9个主要单细胞RNA测序数据库，包含195个样本。选取空间转录组学资料进行空间定位代谢活性分析。开发scMet程序，将RNA-seq数据转换为scRNA-seq数据，用于下游分析。

肿瘤微环境异质性

收集了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的公开单细胞RNA测序数据，并进行了质量控制和过滤。最后，我们保留了来自 76 名患者的 195 份样本，用于肿瘤微环境的高分辨率定位，包括来自 981,294 个细胞的转录组数据，用于后续分析

透明细胞肾细胞癌的高分辨率单细胞图谱。ccRCC 的 UMAP 可视化，内环表示细胞类型比例，外环表示组织来源比例。B 点图说明了主要细胞类型的标记基因表达。C 显示样本信息、肿瘤微环境分类组和肿瘤样本的细胞浸润富集水平的热图。D 热图显示了不同 ISUP 组织学等级和采样点的肿瘤微环境中的细胞浸润富集水平。ISUP：国际泌尿病理学会;UMAP：均匀流形近似和投影.

肿瘤细胞和正常细胞之间代谢差异

透明细胞肾细胞癌肿瘤细胞的糖酵解活性明显增强。描绘肿瘤细胞和正常上皮细胞之间多种代谢途径差异活性的森林图，不同的背景颜色代表不同的代谢类别。B 肿瘤细胞和正常上皮细胞之间糖酵解和三羧酸（TCA）循环相关基因的差异表达，红色突出显示在肿瘤细胞中高表达，蓝色表示在正常上皮细胞中高表达。C 显示肿瘤细胞中糖酵解活性与各种生物学功能之间关联的相关热图。D 肿瘤细胞不同状态的相关性热图，其中红色表示高相关性，蓝色表示低相关性。EMT：上皮-间充质转化;Oxp：氧化磷酸化

CD8 T细胞免疫应答中与糖酵解

使用完善的谱系标记，我们将 T 细胞进一步分为不同的亚型：CD8 T 细胞（45.52%，CD8A/CD8B/GZMM）、CD4 T 细胞（18.50%，IL7R/CD4）、NKT 细胞（8.70%，CD3E/GZMH）、CD4 Tregs （5.41%，FOXP3/TIGIT/CTLA4）、循环 T 细胞（5.41%，MKI67/TOP2A）以及 NK 细胞（16.55%，NKG7/GNLY/KLRD1）

肿瘤微环境中T细胞的代谢异质性和动力学。T 细胞和 NK 细胞的 UMAP 图，按细胞类型进行颜色编码。B 肿瘤微环境和正常组织微环境之间各种 T 细胞亚型代谢活性的差异，由实心圆圈和空心圆圈表示，表示 p 值分别

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2 条评论

感性逻辑 2024.04.20
Single-cell transcriptomic analysis reveals tumor cell heterogeneity and immune microenvironment features of pituitary neuroendocrine tumors 单细胞转录组学分析揭示垂体神经内分泌肿瘤的肿瘤细胞异质性和免疫微环境特征 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38167466/ 开发基于机器学习的放射组学信号，用于评估乳腺癌TME表型和预测抗PD-1/PD-L1免疫治疗反应 Development of a machine learning-based radiomics signature for estimating breast cancer TME phenotypes and predicting anti-PD-1/PD-L1 immunotherapy response https://breast-cancer-research.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13058-024-01776-y

感性逻辑 2024.04.15
β-catenin和β-actin是两种不同的蛋白质，它们在细胞中具有不同的功能和作用。 β-catenin是一种细胞间粘附蛋白，它在细胞间连接中起到重要的作用。它参与细胞间连接复合物的形成，通过与细胞膜上的cadherin蛋白结合，将细胞紧密地连接在一起，维持组织的结构和稳定性。此外，β-catenin还参与信号转导通路，特别是Wnt信号通路。在正常情况下，β-catenin会被特定的酶降解，但当Wnt信号通路被激活时，β-catenin会稳定下来并进入细胞核，参与基因转录调控，影响细胞增殖、分化和发育等过程。 β-actin是一种肌动蛋白，它是细胞骨架的主要组成部分之一。β-actin参与细胞的运动、形态维持和细胞内物质运输等多种生物学过程。在细胞内，β-actin通过与其他肌动蛋白互相结合形成肌动蛋白丝，参与细胞的收缩和运动。此外，β-actin还参与细胞内物质的运输，通过与分子马达蛋白相互作用，将细胞内的物质从一个位置转运到另一个位置。