SAMtools 开源项目安装与使用指南

廉妤秋Swift

于 2024-10-10 08:36:29 发布

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SAMtools 开源项目安装与使用指南

samtools Tools (written in C using htslib) for manipulating next-generation sequencing data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sa/samtools

1. 项目目录结构及介绍

SAMtools 是一个基于 C 语言，利用 htslib 库来处理高通量测序数据（如 SAM, BAM, CRAM 格式）的工具集。下面是对 samtools 主要目录和关键文件的简介：

samtools/
├── ci_helpers           # 测试辅助脚本和配置
├── config               # 配置相关的文件夹
│   └── mk               # 配置模板文件
├── examples             # 示例代码或数据
├── gitattributes        # Git 属性文件
├── gitignore            # 忽略文件列表
├── LICENSE              # 许可证文件
├── Makefile             # 主要的构建规则文件
├── README.md            # 项目的主要读我文件
├── autorun.sh           # 可能用于自动化操作的脚本
├── bam                  # 与 BAM 文件操作相关的 C 源码文件
├── bam.h                # BAM 相关的头文件
├── ...
├── scripts              # 辅助脚本集合
├── test                 # 测试案例
└── ...                   # 其他源代码文件、库依赖和文档等

项目的根目录下包含了构建、测试、文档以及源代码文件。src 目录通常存放核心的源代码文件，在这个示例中，源代码散布于项目各级目录之中，如 bam/*.c 中包含了处理BAM文件的各种函数实现。

2. 项目的启动文件介绍

SAMtools 本身没有直接的“启动文件”作为应用入口，而是通过命令行接口(CLI)提供的多个工具来交互。主要的执行逻辑在编译后的二进制文件 samtools 中，该二进制由 Makefile 构建生成。使用时，用户直接调用 samtools 命令并附加不同的子命令（例如 samtools view, samtools sort, samtools index 等）来执行特定任务。

启动流程通常涉及从终端输入类似 samtools view -h 的指令，其中 -h 表示帮助信息，展示可用的选项和子命令。

3. 项目的配置文件介绍

SAMtools 的配置较为简单，主要依赖环境变量或者编译时的选择来决定其行为，并不直接提供一个显式的配置文件让用户自定义设置。然而，它的构建过程可以通过 ./configure 脚本来定制，该脚本是自动配置过程的一部分，允许用户指定 HTSlib 的路径或者其他编译选项。这实质上是一种间接的“配置机制”，允许开发者或系统管理员调整编译时的配置。

在实际使用过程中，用户通过环境变量（比如设定 HTS_ROOT 来指定 HTSlib 的位置）来影响其运行环境，而不是编辑传统意义上的配置文件。