Trimmomatic使用手册

Trimmomatic使用手册

Trimmomatic 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tr/Trimmomatic

1. 项目目录结构及介绍

Trimmomatic仓库遵循了一种清晰的组织结构来存放其源代码和资源。以下是主要的目录及其简要介绍：

• adapters: 存放用于剪裁的Illumina适配器序列的FASTA文件。
• distSrc: 分发源代码存放区，通常包含了构建后的或准备发布的相关文件。
• lib: 库文件夹，可能存储项目依赖的第三方库或者特定工具的Java归档（JAR）文件。
• src/org/usadellab/trimmomatic: 主要的源代码目录，包含了Trimmomatic的核心逻辑实现，如处理输入、执行剪裁操作等的类文件。
• LICENSE: 许可证文件，说明了软件的使用许可条件。
• MANIFEST.MF: Java的清单文件，记录了有关此应用程序的元数据信息。
• README.md: 项目快速入门指南，提供基本的安装和使用指导。
• build.xml: Apache Ant构建脚本，用于自动化编译和打包过程。
• versionHistory.txt: 版本更新历史记录文件。

2. 项目的启动文件介绍

Trimmomatic通过Java命令行界面运行。尽管没有一个直观的启动脚本，但核心的执行文件是经过编译的.jar文件，通常是trimmomatic-X.XX.jar（其中X.XX表示版本号），位于项目构建后的输出目录中。启动Trimmomatic的命令格式如下：

java -jar trimmomatic-X.XX.jar [模式选项] [参数]

例如，对于单端数据处理，命令如下：

java -jar trimmomatic-X.XX.jar SE input.fastq.gz output.trimmed.fastq.gz ILLUMINACLIP:AdapterFile.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 MINLEN:36

而对于双端数据处理，则是：

java -jar trimmomatic-X.XX.jar PE input_R1.fastq.gz input_R2.fastq.gz output_R1.trimmed.fastq.gz unpaired_R1.fastq.gz output_R2.trimmed.fastq.gz unpaired_R2.fastq.gz ILLUMINACLIP:AdapterFile.fa:2:30:10 LEADING:3 TRAILING:3 MINLEN:36

3. 项目的配置文件介绍

Trimmomatic不直接使用传统意义上的配置文件来控制其行为。它的“配置”是通过命令行参数动态提供的。这些参数包括了比如质量阈值、剪裁策略（如滑动窗口大小和质量要求）、以及适配器序列文件路径等。虽然具体到每个运行实例的配置是基于命令行上的指定，但是可以创建脚本或批处理文件以标准化常用设置，达到间接配置的目的。

适配器文件(AdapterFile.fa)可以视为一种特殊的“配置”，因为它定义了进行剪裁操作的具体适配器序列。这个文件需要用户根据实际使用的测序平台和实验设计来准备，且Trimmomatic提供了基础的适配器序列作为起点。

总结而言，Trimmomatic的配置灵活性很高，通过命令行直接输入，用户可以根据需要灵活调整剪裁规则，无需额外的配置文件。

Trimmomatic 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tr/Trimmomatic