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原创 WGCNA安装、运行、绘图

原因:,尤其是在 Conda R 环境里,有些 Autotools/Make 依赖默认没装好。httpuv是很多交互式 R 包(Shiny、plotly 等)的底层依赖,如果你安装 WGCNA 时触发了它的安装,很可能是因为你装了tidyverse或可视化相关包。

2025-08-04 17:06:39 420 1

原创 bedtools intersect 取交集(注释DMR区域)

如果起始或结束位置不是数字,它会打印 "Invalid: Non-numeric value"。如果起始或结束位置是 "NA",它会打印 "Invalid: NA found"。5、转换成bed文件,或者自己提取1、4、5、9列制成bed格式。2、检查gff文件是否有NA、非数值,起始位置是否小于结束位置。),它会打印 "Invalid: Start > End"。命令会逐行检查文件,跳过注释行(格式(非常严格,需要bed格式)三、需要注释文件(如DMR)提取1、2、3、 7列。3、查看、删除相关行。

2025-07-02 16:56:17 594

原创 甲基化分析流程

目的:找到基因组哪些区域甲基化,以及附近基因有哪些?

2025-06-17 00:02:29 1271

原创 methylKit安装——“依赖地狱“ 问题

tips:最后要你用conda init编译你的环境文件,选no,然后手动添加环境。的包管理和依赖解决过程,特别适用于生物信息学领域中的复杂依赖问题。anaconda版本过老,methylKit相关依赖包版本不兼容。(二)、卸载 anaconda,改装miniconda。(六)、新建 methylKit 生信专用环境。(三)、下载安装新版 miniconda。(五)、重新导入你之前导出的环境。1、重新下载miniconda。(一)、保存原有envs环境。(四)、安装 mamba。的替代工具,它的目标是。

2025-06-16 23:49:20 478 3

原创 t-SNE分析流程

【代码】t-SNE分析流程。

2024-05-21 09:04:40 447

原创 密码子优化

CodonOpt:赛默飞网站提供的服务,注册登录后进入。,可以自定义宿主和输入常用密码子表。查询NCBI各物种常用密码子表。一些常见的密码子优化软件包括。

2024-01-30 09:39:50 1610 1

原创 【文献】Ruby基因相关文献

一、首发文献et al.Hortic Res二、Ruby基因序列烟草和拟南芥的2A肽序列不太一样,如何设计2A肽?

2024-01-22 21:20:57 2510 2

原创 【文献】甘蓝中的硬皮病诱导启动子 pBnGH17 D7:分离、鉴定及在宿主诱导基因沉默中的应用

运用5’删除、EMSA、单杂、双荧光素酶、HIGS等技术,分离、鉴定甘蓝中的硬皮病诱导启动子 pBnGH17 D7并应用于宿主诱导基因沉默

2024-01-09 17:03:25 593

原创 杨树叶盘法遗传转化

总结多种杨树叶盘法培养基

2024-01-07 08:14:27 913 1

原创 杨树愈伤遗传转化

总结了常用的杨树愈伤组织遗传转化的方法。

2024-01-07 06:50:16 1919 1

原创 从基因组提取启动子(任意区间)序列

利用脚本从基因组中抽取目标区间序列,或者根据ID从fasta文件中抽取序列。

2023-11-13 17:14:48 3129

原创 【IDEA】利用聚类来确定划分TSgenes的Tau值

组织特异性统计量和利用聚类确认Tau阈值,聚类不能确认tau阈值

2023-11-01 17:31:15 428 1

原创 pheatmap画图

pheatmap画图

2023-10-24 22:40:22 122

原创 MEME组件下载和安装

meme下载和安装

2023-10-24 20:05:45 1901

原创 转录组分析

处理转录组数据基本流程,包含循环自动处理脚本

2023-10-24 17:48:43 1777

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