zUMIs 使用与配置教程

zUMIs 使用与配置教程

zUMIs zUMIs: A fast and flexible pipeline to process RNA sequencing data with UMIs 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/zu/zUMIs

1. 项目目录结构及介绍

zUMIs 是一个用于处理 RNA-seq 数据的开源项目，其目录结构如下：

zUMIs/
├── .github/
│   └── ISSUE_TEMPLATE/
├── ExampleData/
├── misc/
├── .gitignore
├── Approx.pm
├── LICENSE
├── README.md
├── UMIstuffFUN.R
├── barcodeIDFUN.R
├── checkyaml.R
├── correct_BCtag.pl
├── correct_UBtag.pl
├── correct_UBtag.py
├── distilReads.pm
├── fqfilter_v2.pl
├── listPrefix.sh
├── mergeBAM.sh
├── merge_bbmap_alignment.pl
├── readYaml4fqfilter.R
├── runVelocyto.R
├── runfeatureCountFUN.R
├── splitfq.sh
├── statsFUN.R
├── zUMIs-BCdetection.R
├── zUMIs-bbmap.R
├── zUMIs-config_shiny.R
├── zUMIs-dge2.R
├── zUMIs-mapping.R
├── zUMIs-miniconda.partaa
├── zUMIs-miniconda.partab
├── zUMIs-miniconda.partac
├── zUMIs-miniconda.partad
├── zUMIs-miniconda.partae
├── zUMIs-miniconda.partaf
├── zUMIs-miniconda.partag
├── zUMIs-miniconda.partah
├── zUMIs-stats2.R
├── zUMIs.png
├── zUMIs.sh
├── zUMIs.yaml
└── zUMIs_GI2017_poster.pdf

• .github/: 包含用于生成 issue 模板的文件。
• ExampleData/: 存放示例数据。
• misc/: 包含一些杂项脚本和文件。
• 其他文件：包括项目的脚本、配置文件、文档和其他相关文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 zUMIs.sh，这是一个 bash 脚本，用于启动 zUMIs 的数据处理流程。以下是启动文件的简要介绍：

#!/bin/bash

# 使用方法：
# zUMIs/zUMIs.sh -c -y my_config.yaml

# 选项：
# -c: 使用 miniconda 环境
# -y: 指定 YAML 配置文件

要使用 zUMIs，首先需要克隆仓库，然后运行 zUMIs.sh 脚本，并传递必要的参数。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件是 zUMIs.yaml，这是一个 YAML 格式的文件，用于定义 zUMIs 运行的参数和设置。以下是配置文件的简要介绍：

# 配置文件示例

# 常规设置
genome_index: /path/to/star/index
gtf_file: /path/to/gtf/file.gtf
umi_pattern: ATTGCGCAATG

# 数据处理参数
min_umi_count: 10
max_umi_error: 1
cell_barcode_pattern: GCCATG

# 更多设置...

在配置文件中，你可以定义基因组索引的位置、GTF文件的路径、UMI的识别模式等。这些设置将直接影响数据处理的流程和结果。在运行 zUMIs 之前，确保正确配置这些参数。

以上就是 zUMIs 的使用与配置教程，通过这些介绍，你可以开始处理自己的 RNA-seq 数据了。

zUMIs zUMIs: A fast and flexible pipeline to process RNA sequencing data with UMIs 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/zu/zUMIs