zUMIs项目安装与配置指南

zUMIs项目安装与配置指南

zUMIs zUMIs: A fast and flexible pipeline to process RNA sequencing data with UMIs 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/zu/zUMIs

1. 项目基础介绍

zUMIs是一个快速且灵活的管道工具，用于处理RNA测序数据，支持带UMIs（Unique Molecular Identifiers）或不带UMIs的数据。该项目的目的是简化RNA-seq数据分析流程，用户只需提供fastq文件即可。zUMIs支持最常见的测序模式，其中一个read包含cDNA序列，其他read包含UMI和细胞条形码信息。该项目主要使用R语言和Perl语言编写。

2. 项目使用的关键技术和框架

• R语言：用于数据处理和统计建模。
• Perl语言：用于脚本编写和数据处理。
• STAR Aligner：用于将序列映射到参考基因组。
• SAMtools：用于处理和BAM格式的序列数据。
• featureCounts：用于计算基因表达水平。
• loomR：用于将zUMIs输出转换为loom文件格式，便于后续分析。

3. 项目安装和配置的准备工作

在开始安装之前，请确保您的系统满足以下要求：

• 操作系统：Linux或macOS。
• R版本：至少R 4.0。
• Perl版本：至少5.10。
• STAR Aligner：请参考STAR官方文档进行安装。
• SAMtools：请参考SAMtools官方文档进行安装。
• miniconda：推荐安装miniconda来管理项目依赖的Python环境。

安装步骤

第一步：克隆项目仓库

打开终端（Linux或macOS），执行以下命令克隆zUMIs项目：

git clone https://github.com/sdparekh/zUMIs.git

第二步：安装R和Perl依赖

在zUMIs目录中，有一个requirements.txt文件列出了R和Perl的依赖项。你可以使用以下命令安装这些依赖：

# 安装R依赖
Rscript -e 'install.packages("BiocManager")'
Rscript -e 'BiocManager::install(c("Rsamtools", "GenomeInfoDb", "GenomeGraphs", "Gviz", "edgeR", "limma", "GTFcompare"))'

# 安装Perl依赖（你可能需要根据你的系统使用cpanminus或其他方法安装）
cpanminus -n JSON
cpanminus -n Text::CSV

第三步：配置miniconda环境

zUMIs项目提供了一个miniconda环境配置脚本。你可以使用以下命令创建和配置环境：

# 创建miniconda环境
conda create -n zumis_env python=3.7
conda activate zumis_env

# 安装Python依赖
conda install -c bioconda pandas
conda install -c bioconda scipy
conda install -c biocondaloomr

第四步：运行zUMIs

在配置好环境后，你可以通过以下命令开始运行zUMIs：

# 使用默认配置文件运行zUMIs
./zUMIs/zUMIs.sh -c -y my_config.yaml

请确保你已经创建了一个名为my_config.yaml的配置文件，并在该文件中指定了所有的必要参数。

以上步骤应该能够帮助你成功安装和配置zUMIs项目。如果遇到任何问题，请查看项目文档或在相关技术社区寻求帮助。

zUMIs zUMIs: A fast and flexible pipeline to process RNA sequencing data with UMIs 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/zu/zUMIs