Complex-Upset开源项目教程

Complex-Upset开源项目教程

complex-upset A library for creating complex UpSet plots with ggplot2 geoms 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/co/complex-upset

1. 项目介绍

Complex-Upset是一个开源项目，旨在创建具有ggplot2几何图形的复杂UpSet图。UpSet图是一种特殊的图表，用于展示多个集合之间的交集和并集关系。Complex-Upset基于R语言开发，提供了比传统的UpSetR包更加灵活的扩展性，允许用户结合ggplot2的强大功能，制作出更加丰富和个性化的图表。

2. 项目快速启动

安装

要使用Complex-Upset，首先需要安装R语言环境。然后，在R控制台中执行以下命令来安装Complex-Upset：

if (!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("krassowski/complex-upset")

或者，如果你希望获取一个稳定的CRAN版本，可以执行以下命令：

install.packages("ComplexUpset")

如果你使用conda或mamba，可以使用以下命令安装：

conda install -c conda-forge r-complexupset

示例代码

安装完成后，你可以使用以下示例代码来创建一个基本的UpSet图：

library(ggplot2)
library(ComplexUpset)

# 加载示例数据
movies <- ggplot2movies::movies
genres <- c('Action', 'Animation', 'Comedy', 'Drama', 'Documentary', 'Romance')

# 创建UpSet图
upset(movies, genres, annotations = list(
  'Length' = ggplot(mapping = aes(x = intersection, y = length)) + geom_boxplot(),
  'Rating' = ggplot(mapping = aes(x = intersection, y = rating)) +
    ggbeeswarm::geom_quasirandom(aes(color = log10(votes))) +
    geom_violin(width = 1.1, alpha = 0.5)
), min_size = 10, width_ratio = 0.1)

3. 应用案例和最佳实践

Complex-Upset可以用于多种场景，例如在生物信息学中展示不同基因集合之间的关系，或者在社交网络分析中展示不同用户群体的交集。以下是一些应用案例：

• 多组学数据分析：在多组学研究中，可以使用Complex-Upset来展示不同组学数据（如基因组、转录组、蛋白质组等）之间的关联。
• 市场细分分析：在市场研究中，可以用Complex-Upset来分析不同消费群体的特征和重叠。

最佳实践建议：

• 在创建图表前，仔细规划你需要展示的集合和注释。
• 使用ggplot2的高级功能来定制图表的样式，使其更加直观和易于理解。

4. 典型生态项目

Complex-Upset是R语言生态系统中的一个组成部分，它与其他数据可视化工具如ggplot2、patchwork等紧密集成。以下是一些与Complex-Upset相互协作的典型生态项目：

• ggplot2：用于创建复杂图表的底层图形系统。
• patchwork：用于组合多个ggplot2图表的包，与Complex-Upset配合使用可以创建复杂的图表布局。
• testhat和vdiffr：用于编写和运行单元测试，确保代码质量和图表的正确性。

通过结合这些工具，研究人员和数据分析师可以创建出高质量的图形，用于展示复杂的数据关系。

complex-upset A library for creating complex UpSet plots with ggplot2 geoms 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/co/complex-upset