complex-upset：强大的 UpSet 图可视化工具

complex-upset：强大的 UpSet 图可视化工具

complex-upset A library for creating complex UpSet plots with ggplot2 geoms 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/co/complex-upset

项目介绍

complex-upset 是一个开源项目，旨在提供一种扩展 UpSet 图功能的方法，同时保持与 ggplot2 的完全兼容。UpSet 图是一种可视化方法，用于展示多个集合之间的交集和并集关系，非常适合于生物信息学、数据科学和任何需要集合比较分析的场景。complex-upset 在 UpSetR 的基础上增加了更多的灵活性和扩展性，使得用户能够通过 ggplot2 的语法和组件来定制和增强 UpSet 图。

项目技术分析

complex-upset 使用 R 语言开发，主要依赖于 ggplot2 和 patchwork 这两个流行的可视化包。ggplot2 提供了强大的图形语法，而 patchwork 则允许用户将多个图表组合成复杂的布局。这种组合使得 complex-upset 能够创建出既美观又功能丰富的 UpSet 图。

项目的技术架构包括以下要点：

• ggplot2 集成：用户可以利用 ggplot2 的语法对 UpSet 图进行定制，包括添加注释、调整布局和样式。
• 扩展性：通过定义自定义查询和注释，用户可以轻松地扩展 UpSet 图的功能。
• 稳定性与兼容性：项目维护者提供了 CRAN 版本的安装方式，确保了软件的稳定性和兼容性。

项目及技术应用场景

complex-upset 的应用场景广泛，以下是一些典型的使用场景：

• 生物信息学：在多组学数据分析中，经常需要比较不同组别之间的基因或蛋白集合。complex-upset 可以帮助研究人员直观地识别和解释这些集合之间的关系。
• 数据科学：在数据挖掘和机器学习项目中，分析不同特征集合的交集和并集可以帮助理解数据的内在结构。
• 市场分析：对于市场研究，complex-upset 可以用来分析不同产品或服务的用户群体之间的重叠和差异。

项目特点

complex-upset 的主要特点包括：

1. 兼容性与扩展性：与 ggplot2 的无缝集成，使得用户可以利用现有的 ggplot2 知识和技能来定制 UpSet 图。
2. 灵活的布局：用户可以通过调整宽度比例和最小大小等参数，自由控制 UpSet 图的布局。
3. 丰富的注释功能：支持添加各种类型的注释，如箱线图、小提琴图和散点图等，增强图形的信息含量。
4. 直观的查询接口：用户可以定义自定义查询，例如交集和特定集合的查询，以及为其设置不同的颜色和填充。

以下是 complex-upset 的一个示例应用，展示了如何通过 ggplot2 的语法来增强 UpSet 图：

![Example UpSet plot](https://raw.githubusercontent.com/krassowski/complex-upset/master/movies.png)

```R
library(ggplot2)
library(ComplexUpset)

if(!require(ggplot2movies)) install.packages('ggplot2movies')
movies = ggplot2movies::movies
genres = c('Action', 'Animation', 'Comedy', 'Drama', 'Documentary', 'Romance')

upset(
    movies,
    genres,
    annotations = list(
        'Length'=ggplot(mapping=aes(x=intersection, y=length)) + geom_boxplot(),
        'Rating'=ggplot(mapping=aes(x=intersection, y=rating))
            + ggbeeswarm::geom_quasirandom(aes(color=log10(votes)))
            + geom_violin(width=1.1, alpha=0.5)
    ),
    queries=list(
        upset_query(
            intersect=c('Drama', 'Comedy'),
            color='red',
            fill='red',
            only_components=c('intersections_matrix', 'Intersection size')
        ),
        upset_query(
            set='Drama',
            fill='blue'
        ),
        upset_query(
            intersect=c('Romance', 'Drama'),
            fill='yellow',
            only_components=c('Length')
        )
    ),
    min_size=10,
    width_ratio=0.1
)

通过上述分析，我们可以看到 complex-upset 是一个功能强大、易于使用的开源项目，非常适合那些需要高级 UpSet 图可视化的用户。无论是生物信息学家、数据科学家还是市场分析师，complex-upset 都能提供一种直观、灵活的方式来分析和展示集合数据。

complex-upset A library for creating complex UpSet plots with ggplot2 geoms 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/co/complex-upset