复杂UpSet图生成库——项目结构与使用教程

复杂UpSet图生成库——项目结构与使用教程

complex-upset A library for creating complex UpSet plots with ggplot2 geoms 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/co/complex-upset

1. 项目目录结构及介绍

complex-upset 项目是一个用于创建复杂UpSet图的R语言库，其目录结构如下：

• .github/：包含与GitHub Actions和issue模板相关的文件。
• .gitignore：指定Git应该忽略的文件和目录。
• DESCRIPTION：项目描述文件，包括项目名称、版本、作者、依赖等信息。
• LICENSE：项目许可证文件，本项目采用MIT许可证。
• NAMESPACE：R包命名空间文件，用于声明和导入其他包中的函数和对象。
• NEWS.md：记录项目每个版本的更新和修改历史。
• README.md：项目自述文件，提供项目的基本信息和安装使用说明。
• complex-upset.R：主R脚本文件，包含库的核心功能实现。
• document.sh：用于生成文档的shell脚本。
• movies.png：示例图片文件。
• requirements.txt：项目依赖文件，用于conda环境。
• run_tests.sh：运行测试的shell脚本。
• scripts/：包含项目脚本，例如准备测试用例和验证图像的脚本。
• tests/：包含单元测试的目录。
• vignettes/：包含项目文档和示例的目录。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是complex-upset.R，这是用户使用该库时需要加载的主脚本。它包含了库的所有功能和函数定义。用户可以通过以下命令加载该库：

library(complex-upset)

在R环境中，如果该库尚未安装，用户需要先安装它：

if (!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("krassowski/complex-upset")

或者，如果用户希望使用CRAN上的稳定版本，可以执行：

install.packages("ComplexUpset")

3. 项目的配置文件介绍

本项目的主要配置文件是DESCRIPTION文件，它包含了项目的元数据，如项目名称、版本、作者、依赖关系等。以下是DESCRIPTION文件的一个示例片段：

Package: ComplexUpset
Type: Package
Title: A library for creating complex UpSet plots with ggplot2 geoms
Version: 1.3.6
Date: 2024-03-09
Author: Michał Krassowski
Maintainer: Michał Krassowski <mkra@umich.edu>
Description: A library for creating complex UpSet plots with ggplot2 geoms.
License: MIT + file LICENSE
Imports: ggplot2, patchwork, dplyr, tidyr, gtable, gridExtra, RColorBrewer,
        grid, reshape2, tidyr, stringr, rlang
Suggests: testthat, knitr, rmarkdown

此外，项目还可能使用requirements.txt文件来定义conda环境中的依赖，但这不是R包的标准配置文件。如果使用conda环境，用户可以通过以下命令创建一个包含所有依赖的新环境：

conda create -c conda-forge -n myenv r-complexupset

以上是complex-upset项目的目录结构、启动文件和配置文件的详细介绍。用户可以根据这些信息来了解和使用这个开源项目。

complex-upset A library for creating complex UpSet plots with ggplot2 geoms 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/co/complex-upset