ATAC-seq 和 DNase-seq 处理流程开源项目推荐

ATAC-seq 和 DNase-seq 处理流程开源项目推荐

atac_dnase_pipelines ATAC-seq and DNase-seq processing pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/at/atac_dnase_pipelines

1. 项目基础介绍及主要编程语言

本项目是 kundajelab 开发的 ATAC-seq 和 DNase-seq 处理流程（atac_dnase_pipelines），它是一个用于自动化质量控制和处理 ATAC-seq 或 DNase-seq 数据的管道。该项目主要使用 Java 和 Python 编程语言，同时依赖于 BigDataScript 框架，提供了一种高效的数据处理方式。

2. 项目核心功能

• 数据处理：该管道支持从原始的 FASTQ 文件开始，一直到峰值调用和信号轨迹生成的全流程处理，也可以从中间阶段（如对齐文件）开始处理。
• 数据类型支持：支持单端或双端的 ATAC-seq 或 DNase-seq 数据，并且可以处理有或无重复的数据。
• 质量报告：生成包含 ATAC-seq 和 DNase-seq 数据质量控制措施的精美 HTML 报告，包括再现性分析、峰值的严格和宽松阈值、信号轨迹的富集倍数和 p-value。
• 错误报告和恢复：支持详细的错误报告和容易的运行恢复。
• 多种物种支持：已经测试过人类、小鼠和酵母的 ATAC-seq 数据，以及人类和小鼠的 DNase-seq 数据。

3. 项目最近更新的功能

最近的项目更新主要包括以下内容：

• 软件依赖更新：更新了软件依赖，以改进项目的稳定性和兼容性。
• 性能优化：针对数据处理流程进行了性能优化，提高了处理速度和效率。
• 错误修复：修复了一些已知的错误和问题，提高了项目的可靠性。
• 文档完善：更新了项目文档，提供了更详细的安装和使用说明，帮助用户更好地使用这个工具。

该项目的更新不断完善了用户的使用体验，使得 ATAC-seq 和 DNase-seq 数据的处理变得更加高效和可靠。开源社区的贡献者可以进一步参与该项目，共同推动其发展。

atac_dnase_pipelines ATAC-seq and DNase-seq processing pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/at/atac_dnase_pipelines