Resistance Gene Identifier (RGI) 项目教程

Resistance Gene Identifier (RGI) 项目教程

rgi Resistance Gene Identifier (RGI). Software to predict resistomes from protein or nucleotide data, including metagenomics data, based on homology and SNP models. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rg/rgi

1. 项目的目录结构及介绍

rgi/
├── app/
│   ├── __init__.py
│   ├── main.py
│   └── ...
├── docs/
│   ├── README.rst
│   └── ...
├── images/
│   └── ...
├── tests/
│   └── ...
├── .gitignore
├── CITATION.cff
├── LICENSE
├── README.rst
├── conda_env.yml
├── requirements.txt
├── setup.py
└── test.sh

目录结构介绍

• app/: 包含项目的主要代码文件，如 main.py 是项目的启动文件。
• docs/: 包含项目的文档文件，如 README.rst 是项目的介绍文档。
• images/: 包含项目相关的图片文件。
• tests/: 包含项目的测试代码文件。
• .gitignore: Git 忽略文件，指定哪些文件或目录不需要被 Git 管理。
• CITATION.cff: 项目的引用信息文件。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• README.rst: 项目的介绍文档，通常包含项目的概述、安装方法、使用说明等。
• conda_env.yml: Conda 环境配置文件，用于创建项目的运行环境。
• requirements.txt: Python 依赖文件，列出了项目所需的 Python 包。
• setup.py: Python 项目的安装脚本。
• test.sh: 项目的测试脚本。

2. 项目的启动文件介绍

app/main.py

main.py 是 Resistance Gene Identifier (RGI) 项目的启动文件。它包含了项目的主要逻辑和功能实现。通过运行 main.py，用户可以启动 RGI 并执行相关的分析任务。

# app/main.py

def main():
    # 项目的主要逻辑代码
    pass

if __name__ == "__main__":
    main()

3. 项目的配置文件介绍

conda_env.yml

conda_env.yml 是 Conda 环境配置文件，用于定义项目的运行环境。通过该文件，用户可以创建一个包含所有依赖项的 Conda 环境。

# conda_env.yml

name: rgi
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
dependencies:
  - python=3.6
  - ncbi-blast=2.14.0
  - prodigal=2.6.3
  - diamond=0.8.36
  - biopython=1.78
  - filetype=1.0.0
  - pytest=3.0.0
  - pandas=0.15.0
  - matplotlib=2.1.2
  - seaborn=0.8.1
  - pyfaidx=0.5.4.1
  - pyahocorasick=1.1.7
  - oligoarrayaux=3.8
  - samtools=1.9
  - bamtools=2.5.1
  - bedtools=2.27.1
  - jellyfish=2.2.10
  - bowtie2=2.3.4.3
  - bwa=0.7.17
  - kma=1.3.4

requirements.txt

requirements.txt 是 Python 依赖文件，列出了项目所需的 Python 包及其版本。通过该文件，用户可以使用 pip 安装所有依赖项。

# requirements.txt

biopython==1.78
filetype==1.0.0
pytest==3.0.0
pandas==0.15.0
matplotlib==2.1.2
seaborn==0.8.1
pyfaidx==0.5.4.1
pyahocorasick==1.1.7

通过以上配置文件，用户可以轻松地搭建项目的运行环境，并开始使用 Resistance Gene Identifier (RGI) 进行抗生素抗性基因的预测和分析。

rgi Resistance Gene Identifier (RGI). Software to predict resistomes from protein or nucleotide data, including metagenomics data, based on homology and SNP models. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rg/rgi