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RSS订阅原创 02动态基因组（Dynamic Genome）的保守与进化
前一章在类核（nucleoid）背景下描述了细菌基因组（bacterial genome）的结构，以及负责复制（replicate）基因组并将其精确传递给子代细胞（daughter cells）的分子与过程。本章将探讨威胁基因组完整性（genome integrity）的过程，以及与之抗衡的维持机制。但若要使进化（evolution）得以进行，就必须容忍基因组的某些改变，因此基因组中存在着保守力量（conservative forces）与破坏力量（disruptive forces）的对立。
2025-08-16 22:51:34
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原创 【生物信息】CARD数据库预测耐药基因
综合抗生素耐药性数据库（“CARD”）提供与抗菌素耐药性分子基础相关的数据、模型和算法。CARD提供通过抗生素耐药性本体（“ARO”）组织的精选参考序列和SNP。这些模型可以在线下载或用于使用抗性基因标识符（“RGI”）分析基因组序列，也可以作为独立工具使用。
2024-01-19 21:34:58
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原创 【生物信息】VFDB数据库预测毒力因子
官网：VFDB: Virulence Factors of Bacterial Pathogens (mgc.ac.cn)
2024-01-19 15:35:09
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原创 【Python】卡方检验
卡方检验是一种用途很广的计数资料的假设检验方法，属于非参数检验范畴。这种检验方法主要用于推断两个总体率之间有无差别、多个总体率之间有无差别、多个样本率之间的多重比较、两个分类变量之间有无关联性和频数分布拟合优度的检验等。某研究者欲比较膳食干预（实验组）和普通健康教育（对照组）对糖尿病患者血糖的控制达标情况，将171例糖尿病患者随机分为两组，干预6个月后结果如下。卡方分布：n个独立分布(标准正态分布)的变量的平方和服从自由度为n的卡方分布。即n个独立的标准正态随机变量的总和Y服从具有n个自由度的卡方分布。
2023-01-26 14:17:47
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原创 【Python】秩转换的非参数检验
秩转换的非参数检验是将数值变量从小到大、等级资料从弱到强或从强到弱转换成秩后，再计算检验统计量，其特点是假设检验的结果对总体分布的形状差别不敏感，只对总体分布的位置差别敏感。这里介绍常用的秩转换的非参数检验，是推断一个总体表达分布位置的中位数M和已知𝑀0、两个或多个总体的分布是否有差别。对于计量资料，不满足参数检验条件的假设检验方法，可以尝试变量变换使其满足参数检验条件，或是使用非参数检验，对于等级资料，常用非参数检验。Wilcoxon符号秩检验，又称符号秩和检验，用于配对样本差值的中位数和0的比较。
2023-01-26 13:45:14
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原创 R语言：分类变量绘图中的排序问题
使用r自带的数据集mpg，绘制了箱线图（boxplot）用来描述不同汽车类别（class）可以行驶的公里数（hwy）的分布。ggplot(data=mpg,mapping=aes(x=class,y=hwy))+ geom_boxplot()这个箱式图高低不平的看上去很不协调，如果想重新排一下序如何处理？reorder(x, X, FUN = mean, ...,order = is.ordered(x))x : 需要排序的分类变量。X : 依照这个变量进行排序。FU.
2022-04-01 12:18:33
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