Resistence gene identify

 

他要依赖很多东西https://github.com/arpcard/rgi 它比对会用到blast或者diamond ，使用这个软件要注意很多东西。

usage: rgi main [-h] -i INPUT_SEQUENCE -o OUTPUT_FILE
                [-t {read,contig,protein,wgs}] [-a {DIAMOND,BLAST}]
                [-n THREADS] [--include_loose] [--local] [--clean] [--debug]
                [--low_quality] [-d {wgs,plasmid,chromosome,NA}] [-v]
 

• -n 是num_ 内核什么的 因为blastp要用到，所以要加上参数

• 需要建立输出文件夹

• 加include_loose会输出很多，这个参数不要加了，比较宽松的去发现抗性基因

使用脚本： rgi main -t protein -i  aaa.faa -o aaa --clean -n 8

RGI它是从蛋白层面上进行注释, 用 reads没得到结果.

CARD预测抗性有俩：一个是RGI，有个网页版的可以依据reads去做BLAST     https://card.mcmaster.ca/analyze