Segment Anything Model for Medical Image Analysis:一款医学图像分析的开源项目

Segment Anything Model for Medical Image Analysis:一款医学图像分析的开源项目

segment-anything-medical-evaluation Code for "Segment Anything Model for Medical Image Analysis: an Experimental Study" in Medical Image Analysis segment-anything-medical-evaluation 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/se/segment-anything-medical-evaluation

Segment Anything Model for Medical Image Analysis 是由 Mazurowski 实验室开发的一个开源项目,主要用于医学图像的分析。该项目主要使用 Python 编程语言。

项目的核心功能

该项目的主要功能是评估 Meta AI 的 Segment Anything Model (SAM) 在多个医学图像数据集上的表现。Segment Anything Model 是一种先进的图像分割模型,可以用于快速、准确地分割图像中的对象。项目包括以下核心功能:

  • 对 SAM 模型进行安装和配置。
  • 提供代码以使用迭代提示(iterative prompts)来运行 SAM 模型。
  • 支持使用 Reviving Iterative Training with Mask Guidance (RITM) 方法对数据集进行评估。
  • 提供了一种五种模式的策略,包括在图像中的不同位置放置点或框来进行分割。

项目最近更新的功能

项目的最近更新主要包括以下内容:

  • 发布了详细的实验结果,包含用于制作论文图表的详细数值数据。这些结果可以在项目子文件夹 /experimental_results_tables 中找到。
  • 提供了如何在自定义数据集上使用该项目的说明,用户需要将数据集格式化为特定的形式,以便项目代码可以正确处理。

这个项目的开源精神为医学图像分析领域的研究者提供了一个强大的工具,有助于推动医学图像分割技术的发展和应用。

segment-anything-medical-evaluation Code for "Segment Anything Model for Medical Image Analysis: an Experimental Study" in Medical Image Analysis segment-anything-medical-evaluation 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/se/segment-anything-medical-evaluation

创作声明:本文部分内容由AI辅助生成(AIGC),仅供参考

### 定制化用于医学图像分割的Segment Anything模型 对于医学图像分割而言,定制化的Segment Anything (SAM) 模型能够提供更精确的结果。为了实现这一目标,通常需要对原始模型进行调整以适应特定的数据集和应用场景。 #### 数据预处理 医学影像数据具有独特的特点,如高分辨率、多模态以及标注稀缺等问题。因此,在训练之前需对数据进行适当预处理[^1]: - **标准化**:由于不同设备采集到的图片可能存在亮度差异,故而要先做灰度值归一化; - **裁剪与填充**:考虑到实际应用中的视野范围有限,可依据临床需求选取感兴趣区域(ROI),并对其进行统一大小规整; ```python import numpy as np from skimage import exposure, transform def preprocess_image(image): """Preprocess a single image.""" # Normalize intensity values to [0, 1] normalized = exposure.rescale_intensity(image.astype(float), out_range=(0., 1.)) # Resize the image while preserving aspect ratio resized = transform.resize(normalized, output_shape=[256, 256], mode='reflect') return resized ``` #### 模型微调 基于现有的Segment Anything架构,通过迁移学习的方式可以快速构建起针对医疗领域的新版本网络结构。具体操作如下所示: - 对编码器部分保持冻结状态不变,仅更新解码端各层连接权值; - 增加额外辅助损失函数项促进边界平滑性和连通性约束; ```python import torch.nn.functional as F from segment_anything import sam_model_registry model_type = "vit_b" device = 'cuda' if torch.cuda.is_available() else 'cpu' sam_checkpoint = "./checkpoints/sam_vit_b_01ec64.pth" # Load pre-trained SAM model model = sam_model_registry[model_type](checkpoint=sam_checkpoint).to(device) for param in model.image_encoder.parameters(): param.requires_grad_(False) ``` #### 后处理优化 完成预测之后还需要进一步精炼输出结果的质量,比如去除孤立噪点、填补孔洞等后处理手段有助于提升最终呈现效果。常用方法有形态学运算、条件随机场(CRFs)建模等技术。 ```python from scipy.ndimage.morphology import binary_fill_holes from skimage.measure import label, regionprops def post_process_mask(mask): """Post-processes mask by filling holes and removing small objects""" filled = binary_fill_holes(mask>0.5) labeled = label(filled) regions = regionprops(labeled) cleaned = np.zeros_like(filled,dtype=np.uint8) for r in regions: if r.area >= min_area_threshold: coords = tuple(map(tuple,r.coords.T)) cleaned[coords]=1 return cleaned ```
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

庞锦宇

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付:¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足,请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值