推荐开源项目：ENIGMA TOOLBOX——多尺度神经影像数据处理神器

推荐开源项目：ENIGMA TOOLBOX——多尺度神经影像数据处理神器

ENIGMA The ENIGMA Toolbox is an open-source repository for accessing 100+ ENIGMA statistical maps, visualizing cortical and subcortical surface data, and relating neuroimaging findings to micro- and macroscale brain organization. 🤠 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/enigma4/ENIGMA

项目介绍

ENIGMA TOOLBOX 是一个开源项目，致力于为神经影像研究提供强大的工具集。它能够：

1. 访问超过100个ENIGMA项目生成的统计地图。
2. 可视化和操作皮层及皮层下表面数据。
3. 在微尺度（使用死后基因表达和细胞构筑数据）和宏尺度（使用结构和功能连接组数据）上对神经影像发现进行情境化分析。

项目技术分析

ENIGMA TOOLBOX 支持多种技术特性，包括：

• 多平台支持：兼容 Python 和 Matlab，满足不同用户的需求。
• 数据加载与处理：轻松加载超过100个病例对照数据集，支持跨疾病分析。
• 数据转换与导出：支持将分区数据映射到顶点空间，并导出多种文件格式。
• 可视化与操作：提供强大的可视化工具，方便用户操作皮层及皮层下表面数据。
• 连接组数据分析：加载预处理后的连接组数据，支持从人类连接组项目（HCP）获取数据。
• 基因表达数据：整合艾伦人类脑图谱的基因表达数据，助力多尺度分析。

项目及技术应用场景

ENIGMA TOOLBOX 适用于多种神经科学研究和应用场景：

• 神经疾病研究：通过跨疾病分析，识别疾病相关基因和神经影像标记。
• 脑功能研究：利用连接组数据，探索大脑结构和功能的关系。
• 基因影像学研究：结合基因表达数据，研究基因对脑结构和功能的影响。
• 教育和培训：作为教学工具，帮助学生和研究人员掌握神经影像数据处理技术。

项目特点

• 开源免费：遵循 BSD 许可证，完全开源免费，促进学术交流和合作。
• 文档齐全：提供详尽的在线文档，用户可轻松上手，快速掌握使用方法。
• 社区支持：拥有活跃的社区和开发者团队，持续更新和优化。
• 跨尺度分析：独特的多尺度分析能力，从微观到宏观全面解析神经影像数据。

安装方法

Python 安装

git clone https://github.com/MICA-MNI/ENIGMA.git
cd ENIGMA
python setup.py install

Matlab 安装

git clone https://github.com/MICA-MNI/ENIGMA.git

然后在 Matlab 中运行：

addpath(genpath('/path/to/ENIGMA/matlab/'))

致谢与引用

使用 ENIGMA TOOLBOX 时，请引用以下文献：

Larivière, S., Paquola, C., Park, By. Royer, J., Wang, Y., Benkarim, O., Vos de Wael, R., Valk, S., Thomopoulos, S.I., Kirschner, M., Lewis, L.B., Evans, A.C., Sisodiya, S.M., McDonald, C.R., Thompson, P.T, Bernhardt, B.C.. The ENIGMA Toolbox: multiscale neural contextualization of multisite neuroimaging datasets. *Nat Methods* **18**, 698–700 (2021). https://doi.org/10.1038/s41592-021-01186-4

立即体验 ENIGMA TOOLBOX，开启多尺度神经影像数据处理的新篇章！🧠🚀

点击访问 ENIGMA TOOLBOX 项目主页 🌟

查看在线文档 💼

关注开发者 Twitter 🐦

给项目点赞 🌟

---

让我们一起，用 ENIGMA TOOLBOX 探索大脑的奥秘！🧩🔬

ENIGMA The ENIGMA Toolbox is an open-source repository for accessing 100+ ENIGMA statistical maps, visualizing cortical and subcortical surface data, and relating neuroimaging findings to micro- and macroscale brain organization. 🤠 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/enigma4/ENIGMA