多组学-ATAC-seq-概念

ATAC-seq是一种表观遗传学技术,用于研究染色质的可进入性,即染色质开放性。通过DNA转座酶在细胞核中切割开放的染色质区域,然后进行高通量测序。在人小细胞肺癌研究中,ATAC-seq显示NFI家族转录因子与染色质开放位点相关,可能在肿瘤转移中起关键作用。此外,ATAC-seq在分析活体中的转录因子和染色质活性开放区域方面表现出优势,与ChIP-seq等传统方法有较高一致性。该技术适用于研究染色质结构与基因调控的关联。
  • ATAC-seq:(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是美国Stanford大学William Greenleaf教授2013年研发的全新方法,利用DNA转座酶结合高通量测序技术,研究染色体的可进入性。它是一种创新的表观遗传学技术,通过转座酶对某种特定时空开放的核染色质区域进行切割,进而获得在该特定时空基因组中所有活跃转录的调控序列
  • 染色体包装水平:核小体核心颗粒(nucleosome core particle)、染色小体(chromatosome)、 30 nm水平染色质纤丝(30 nm fibre)和高于30 nm水平的染色体包装。
  • DNA的复制,基因的转录,需要将DNA的高级结构解开,这部分打开的染色质称为开放染色质(open chromatin),而打开的染色质,就允许一些调控蛋白(比如转录因子和辅因子)与之结合。染色质的这种特性,叫做染色质的可及性chromatin accessibility)。
  • DNA转座,是一种把DNA序列染色体一个区域搬运到另外一个区域的现象,由DNA转座酶来实现。这种转座插入DNA,需要插入位点的染色质是开放的,否则就会被高级结构卡住。人为地将携带已知DNA序列标签转座复合物(即带着测序标签转座酶),加入
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