2、利用短寡核苷酸区分剪接变体的高通量检测设计

利用短寡核苷酸区分剪接变体的高通量检测设计

在基因检测领域，传统的多重PCR技术存在引物二聚体伪影和错配引发事件的问题，同时针对数万个基因的外显子特异性探针成本过高。为了解决这些问题，研究人员提出了一种基于polony技术的改良方案，用于同时定量众多基因的剪接变体。

改良方案的关键变化

改良方案包含三个关键变化：
1. 创建通用引物序列 ：使每个转录本两侧带有通用引物序列，如同典型的cDNA文库一样。使用单一通用引物对进行polony扩增，这样载玻片上的每个mRNA分子都能产生一个polony。
2. 基因识别 ：通过荧光原位测序技术，从polony DNA的两端测序几个碱基（10 - 12个碱基），以识别每个polony中存在的基因。
3. 使用短寡核苷酸探针 ：为降低寡核苷酸合成成本，使用短（7 - 10个碱基）的寡核苷酸探针。每个探针针对单个基因内的一个外显子，但可识别多个基因中的外显子，从而减少所需探针数量。

这个改良方案带来了两个关键的计算挑战：一是为所有基因选择短的外显子特异性探针，同时实现合成成本的节省；二是由于探针较短，无法保证跨基因的特异性，需要避免针对一个基因的探针与另一个基因产生假阳性杂交。

设计短探针的问题及解决方法

为了设计用于区分polony检测中剪接变体的短探针，研究人员解决了一系列问题。
1. 选择探针的标准
- 对于单个基因G，由外显子E1, E2, …, En组成，一个转录本包含这些外显子的非空子集。希