R中“保存plot_ly画图对象报错”解决办法

韩建刚（CAAS-UCD）

已于 2022-06-12 18:01:24 修改

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分类专栏： Bug 处理 R 语言文章标签： r语言

于 2022-05-18 15:34:05 首次发布

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本文介绍了在R环境中使用plot_ly创建饼图时遇到的保存图片问题，包括直接使用pdf()和dev.off()无法保存，export()函数保存无法设置参数，以及save_image()函数报错的解决过程。通过安装和配置reticulate包来调用Python和Miniconda，并安装必要的Python库，最终成功保存图片。文章强调了R中调用Python包的注意事项和配置步骤。

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# 在R用plot_ly画了一张饼图
pie_all=plot_ly(labels = tbl_all$`Cell type`, values = ~Percent, showlegend = F) %>%
  add_pie(data=tbl_all,name="Overall Proportion",title="Overall Proportion")

1. plot_ly画图对象无法直接通过pdf(), dev.off()保存，这样保存的图片无法打开

2. 可以通过export()函数倒数，但是这种保存方式无法指定图片的一些参数，比如长度宽度等。

export(p = last_plot(), file = "plotly.png", selenium = NULL, ...)

3. 通过save_image函数保存图像，但是我在运行save_image函数时花样报错，解决方法如下

# 可以指定图片长度宽度
save_image(p, file, ..., width = NULL, height = NULL, scale = NULL)

plotly是基于python开发的package，因此，在R中无论是调用plot_ly还是保存图片，均需要涉及到python。首先需要明确R是否能够通过reticulate包调用python和miniconda

# 在运行安装之前最好先清理内存或重启R Studio，不然可能报错
# 确保电脑已经安装好python或anaconda

# 安装reticulate
install.packages("reticulate")
library(reticulate)
# 检查python是否可用
py_available()
[1] FALSE

# 指定调用python路径
Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON="F:\\Anaconda3\\python.exe")
use_python("F:\\Anaconda3\\python.exe")
# Retrieve information about the version of Python currently being used by reticulate.
py_config()
# 成功指定路径
py_available()
[1] TRUE

save_image函数需要调用python的kaleido包，继续安装

# 方式一，报错多
# save_image函数帮助文档有一种推荐的安装方式，反正我一运行就报错
?save_image
install.packages('reticulate')
reticulate::install_miniconda()
reticulate::conda_install('r-reticulate', 'python-kaleido')
reticulate::conda_install('r-reticulate', 'plotly', channel = 'plotly')
reticulate::use_miniconda('r-reticulate')

# 方式二
py_install("python-kaleido")
py_install("r-reticulate")
py_install("plotly")