序列与结构数据库-序列相似性搜索

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#数据库

博客提供了多个生物信息相关数据库的网址，包括NCBI的BLAST注释、EBI序列相似性研究网页、蛋白质或核苷酸模式浏览网页等，还涉及PROSITE数据库搜索、MEME等工具的相关网址。

NCBI：BLAST注释

http://www.ncbi.nlm.bih.gov/BLAST/

EBI序列相似性研究网页

http://www.ebi.ac.uk/searches/searchs.html

蛋白质或核苷酸的模式浏览

http://www.embl-heidelberg.de/Services/index.html#5

PROSITE数据库搜索（搜索序列的功能位点）

http://www.ebi.ac.uk/searches/prosite.html

MEME（蛋白质超二级结构模体发现与研究）

http://meme.sdsc.edu/meme/website/

PROPSEARCH（基于氨基酸组成的搜索，EMBL）

http://www.embl-heidelberg.de/aaa.html

PRINTS/PROSITE浏览（搜索motif数据库）

http://www.biochem.ucl.ac.uk/cgi-bin/attwood/SerarchPrintsForm.pl

相似性搜索，第 4 部分：分层可导航小世界 （HNSW）
gongdiwudu的专栏
09-07 6074
SImilarity 搜索是一个问题，给定一个查询的目标是在所有数据库文档中找到与其最相似的文档。相似度搜索（similarity search）是指在大规模数据集中寻找与某个查询对象最相似的对象的过程。该过程通常涉及计算两个对象之间的相似度得分（similarity score），然后按照得分排序，返回与查询对象最相似的前k个对象。相似度搜索在大规模数据集的相似性匹配问题中广泛应用，如图像检索、音频匹配、推荐系统、自然语言处理等领域。常见的相似度搜索算法包括基于余弦相似度的向量空间模型、基于海明距离的局部
生物信息学初学——山大公开课笔记
weixin_42953727的博客
08-20 2371
2019年8月20日，南京闷热 生物信息学研究对象 核酸 测序及应用；基因序列注释；基因预测；核酸序列比对；核酸数据库；比较基因组学；宏基因组学；基因进化；RNA结构预测；等 蛋白质 蛋白质数据库；蛋白质序列比对；二/三级结构预测；相互作用分析；分子动力学模拟；分子对接；蛋白质组学；等 其他 代谢网络模拟；数据挖掘分析；序列算法开发；计算进化生物学；生物多样性研究；等 课程提纲 生物数据库 序列比...
Faiss(1): 相似性类库搜索说明
翔底的博客
06-06 2111
Faiss(1): 相似性类库搜索说明 1. 概述 Faiss的全称是Facebook AI Similarity Search。是Facebook 2017年发布的一个相似搜索开源库，针对高维空间中的海量数据，提供了高效且可靠的检索方法。它可以提供基于十亿级别的数据集构建最近邻搜索算法的实现。这个场景是基于查询的传统搜索引擎无法解决的。举个例子，假设我们做人脸检索，每个人脸图像经过神经网络后可以提取出一个2048维的特征向量，把全中国13亿人的人脸特征全部存储在一个数据库中。在查询时，任意拍摄一张人脸图像
RAFTS3:快速比对免费工具，用于序列相似性搜索-开源
04-29
RAFTS3可以使用台式计算机或便携式计算机在本地执行高速蛋白质搜索比较。 针对大型蛋白质数据库（例如NR和Pfam），RAFTS3的搜索速度比使用BLASTp的搜索速度快许多倍，而灵敏度损失很小，具体取决于序列的相似度。 RAFTS3是用于蛋白质序列快速比较，基因组注释和生物数据挖掘的新选择。 预印本：http://dx.doi.org/10.1101/055269在纸上评估的预先计算的数据库可从http://www.bioinfo.ufpr.br/software/rafts3下载。
相似序列搜索
weixin_30297281的博客
06-22 544
相似序列的搜索问题通常定义为：给定某个时间序列，从一个大型时间序列 数据库中找出与给定的序列模式相似的序列，同时研究相似性的度量标准和检索的时间复杂性。在时间序列数据挖掘中，相似性问题的研究主要与查询匹配以及时间序列分类紧密结合在一起。目前，相似性匹配一般分为两类：①完全匹配：给定一个查询序列X，一个包含N个序列Y1，Y2，⋯，Yn 的序列集合S且这些序列有相同的长度。找出序列集合U={Yi∈S...
论文学习——基于模式距离度量的时间序列相似性搜索
#仙女不扎马尾#的博客
06-14 679
写在前面：期刊：《微计算机信息》；中文核心期刊作者：朱天（南昌大学），硕士研究生，江西省教育厅计划项目【啊，这，我没有觉得序列1 和序列3 的变化趋势一样啊】王达等人提出了 模式距离 的重要概念， 它给出了一个新颖的度量定义。能更好地反映序列间“变化趋势"的相似性。但是它存在缺陷，由于它将模式定义为一个三元集合上升，保持，下降，不能完全地刻画出时间序列的趋势变化，并且直接使用该距离度量不能解决时间轴方向上的缩放问题。分段线性表示，可以将整个时间序列截成若干子序列（不一定等长），每段用直线近似表示。这种表示方
第5章 序列比对与数据库相似性搜索.ppt
06-08
第5章 序列比对与数据库相似性搜索
30、序列数据库相似性搜索方法详解
最新发布
palm99的专栏
09-21 39
本文详细介绍了序列数据库相似性搜索的多种方法，包括基于Smith-Waterman动态规划算法的精确搜索、Bayes块比对器对远亲序列的检测优势，以及利用PSSM和轮廓矩阵的模式识别技术。对比了FASTA、BLAST等快速工具与SSEARCH等高灵敏度方法的优劣，并列举了常用程序和网站资源。文章还通过实例说明了BLOCKS、MEME、MAST等工具的联合应用，总结了不同方法的特点及使用建议，并展望了算法优化、多方法融合和数据整合等未来发展趋势，为生物信息学中的序列分析提供了全面的方法论指导。
获取和蛋白质序列信息(与“数据库”有关的文档共34张).pptx
11-14
2. 利用BLAST（基本局部比对搜索工具）进行序列相似性搜索，快速查找相似序列。 3. 通过FTP协议下载GenBank数据库，以便在本地进行分析。 总的来说，获取和蛋白质序列信息涉及到生物学和计算机科学的紧密协作，通过...
精选资源
MScDB:用于蛋白质组学的以质谱为中心的蛋白质序列数据库-开源
05-31
在当前的数据库构建过程中，序列相似性聚类被用于减少源数据中的冗余。 尽管功能强大，但它忽略了蛋白质组学数据以肽为中心的性质以及 MS 能够区分相似序列的事实。 因此，我们引入了一种方法，该方法使用来自大...
PROSITE模式匹配
weixin_62528784的博客
03-24 1252
PROSITE结构域正则表达式的匹配，以及匹配寻找
蛋白质组学
SHMILYRINGPULL的专栏
03-11 1万+
蛋白质组学 蛋白质是生物体的重要组成部分，参与几乎所有生理和细胞代谢过程。此外，与基因组学和转录组学比较，对一个细胞或组织中表达的所有蛋白质，及其修饰和相互作用的大规模研究称为蛋白质组学。 蛋白质组学通常被认为是在基因组学和转录组学之后，生物系统研究的下一步。然而，蛋白质组的研究远比基因组学复杂，这是由于蛋白质内在的复杂特点，如蛋白质各种各样的翻译后修饰所决定的。并且，研究基因组学的技术要比研
PROSITE数据库pattern再探
weixin_62528784的博客
08-27 918
PROSITE数据库草稿系列，最近有很多压箱底的草稿都存不下来，姑且作为个人记录
其他blast使用方法
云之南
11-24 1430
程序名 搜索序列 数据库 内容 备注 blastp Protein Protein 比较氨基酸序列与蛋白质数据库 使用取代矩阵寻找较远的关系，进行SEG过滤 blastn Nucleotide Nucleotide 比较核酸序列与核酸数据库 寻找较高分值的匹配，对较远的关系不太适用 blastx Nucleotide ...
蛋白质结构与功能的预测方法总结和资料汇总
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AimAtFuture的专栏
06-01 2万+
“折叠（fold）”的概念 “折叠（fold）”是近年来蛋白质研究中应用较广的一个概念，它是介与二级和三级结构之间的蛋白质结构层次，它描述的是二级结构元素的混合组合方式。 二级结构的预测方法介绍： Chou-Fasman算法： 　 是单序列预测方法中的一种，它是使用氨基酸物理化学数据中派生出来的规律来预测二级结构。首先统计出20种氨基酸出现在α螺旋、β折叠和无规则卷曲中出现频率的大小，然
bilstmcrf词性标注_基于BiLSTM-CNN-CRF的中文分词（一）
weixin_32047035的博客
12-24 1419
一、模型简介在序列标注任务(中文分词CWS，词性标注POS，命名实体识别NER等)中，目前主流的深度学习框架是BiLSTM+CRF。其中BiLSTM融合两组学习方向相反(一个按句子顺序，一个按句子逆序)的LSTM层，能够在理论上实现当前词即包含历史信息、又包含未来信息，更有利于对当前词进行标注。BiLSTM在时间上的展开图如下所示。图1 BiLSTM在时间上展开若输入句子由120个词组成，每个词由...
生物信息学常用数据库
wish_to_top的博客
07-08 1万+
写在前面 说来惭愧，感觉读到研究生，说来说去张口闭口也就是TCGA、GEO、ARRAYEXPRESS、GTEX数据库，感觉还不如一些临床医生自学生物信息学的，平常都没去探索一些新的数据库，这边做个记录.黑色部分代表我查到的简介，而红色部分则表示我的个人看法 GEO数据库 GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，目前已经发表的论文中涉及到的基因表达检测的数据可以通过这个数据
生物信息领域常用软件工具及数据库
hdpai2018的博客
05-21 1128
常用工具 PSi-blast Psi-balst是一种更加高灵敏的Blastp程序，对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效.多用于生成蛋白质的多序列比对(MSA)和PSSM(特异性位置打分矩阵)。相关指令和生成PSSM文件的代码参考： 2.Clustal Clustal可以用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助。Clustal包括Clustalx和Clustalw（前者是图形化界面版本后者
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