19、拓展DNA纳米结构与子集和问题的光学解决方案

拓展DNA纳米结构与子集和问题的光学解决方案

一、拓展DNA纳米结构设计
  1. 现有DNA纳米结构构建方法
    • DX Tiles方法 :引入“瓦片”概念,以双交叉分子作为刚性重复单元进行自组装。每个单元两端有单链连接器(粘性末端),利用沃森 - 克里克互补性实现瓦片间连接,从而自组装成图案化平面结构。
    • DNA Origami方法 :使用数百条短“ staple ”链将一条长单链DNA折叠成任意形状。目前大多数DNA纳米结构都采用这两种方法,且结构多为平行排列的螺旋。
  2. 互连单双链结(T - 结)结构
    • 结构描述 :由两条DNA螺旋组成,其中一条在螺旋中间有单链区域,另一条在末端有单链区域。这两个单链区域序列互补,杂交形成T形结结构。实验表明,连接长度为5或6个碱基对较为理想,分支可位于螺旋主沟一侧。与传统交叉结不同,T - 结以直角连接两条螺旋,为结构设计提供了扩展几何形状。
graph LR
    A[交叉结结构特点] --> B[并排连接两条螺旋]
    C[T - 结结构特点] --> D[直角连接两条螺旋]
- **抽象表示**:以往DNA基序设计常基于碱基对和实际DNA模型,较为繁琐。研究发
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