Jbrowse安装和序列、bam、vcf配置

最新推荐文章于 2025-03-05 21:25:26 发布
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本文介绍了如何在Linux环境下安装Jbrowse，并展示了处理BAM和VCF数据文件以在Jbrowse中显示的步骤。首先从官网下载并解压Jbrowse，通过浏览器访问展示安装成功。接着创建file文件夹，导入seqfiles中的参考序列和bamfile中的BAM文件，对BAM文件进行排序和索引。最后，在trackList.json中配置BAM和VCF文件，更新后即可在Jbrowse中查看基因数据。

Jbrowse安装和序列、bam、vcf配置

　　最近做了一个关于基因开发的项目，要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示，类似统计图的东西。废话不说上图（表示表达不出来0.0）！

　　先说下Jbrowse这个东西吧，一句话：一个简单的，便携式依靠javascript的基因组浏览器。没用过觉得挺高大上的，难度挺高。实际上用过之后觉得也就是那回事，没多少难度，很容易上手。因为我是在虚拟机上边访问，用的是linux系统，所以这里我以linux为版本简述一遍：

                                   

1.安装

　　与其说是安装我还是觉得下载比较好。为什么？实际上也就是下载一个文件，文件夹里面拥有很多的js和conf配置文件，用web浏览器访问基因浏览器的时候加载这些配置，完成基因浏览器的显示效果。

首先在虚拟机下建立一个存放jbrowse的文件夹

下载地址：http://jbrowse.org/jbrowse-1-11-5/

找到一个版本获取他的下载链接

wget -c 下载链接

下载好一般就是在你当前的文件夹里面，找到他进行解压

unzip 文件名称

解压好后进入解压好的目录中，然后执行

./setup.sh

在你的浏览器中输入：http://y

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