- 博客(11)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 09单细胞分析2025-cellranger-ATAC2.1.0上游分析
Cell Ranger ATAC - Official 10x Genomics Support或者直接下载Download for Linux 64-bit (tar.gz)File size: 528 MBhttps://www.10xgenomics.com/support/software/cell-ranger-atac/latest/tutorials/installation2.参考基因下载人类：Human reference (GRCh38) - 2024-AHuman
2025-03-26 23:22:12
391
原创 08单细胞分析2025-拟时间scVelo分析
测成熟和未成熟的RNA动力学 velocyto发育的起点和终点 建立新的环境scvelo分析的环境来分析loom文件
2025-03-21 00:24:07
428
原创 07单细胞分析2025-bam文件通过velocyto生成loom文件
Welcome to velocyto.py! — velocyto 0.17.16 documentationInstallation Guide — velocyto 0.17.16 documentationconda create -n velocytoloom python=3.7conda install -c bioconda velocyto.py
2025-03-13 22:40:34
484
原创 06单细胞分析2025-scanpy分析流程-01项目文件分析-读取数据标准化获取高变基因
jupyter notebook右键图片没有保存图片处理方法(ctrl+shift + 右键 ubuntu 22.04 有效)从cellranger上游分析得到outs文件夹中的filtered_feature_bc_matrix中拷贝三个文件。cd 到 项目文件夹 xxxscanpy/xxx分组scanpy文件夹中 oaneiD201scanpy。到xxxscanpy/xxx分组scanpy文件夹中 oaneiD201scanpy/建立xxxscanpy文件夹。
2025-03-13 20:29:59
697
原创 05单细胞分析2025-scanpy分析流程-02示例文件预处理和标准化处理及保存
通过 sc.read_10x_mtx() 函数从指定目录加载10x Genomics的单细胞RNA测序数据，读取的结果存储在adata 中使用基因符号作为变量名 gene_symbols并启用缓存以加快后续加载速度 cache=True它是一个 AnnData 对象，方便在Scanpy的后续分析流程中使用2.初步绘制整个单细胞数据集中表达量最高的基因sc.pl.highest_expr_genes 是一个用于绘制图表的函数，它展示了在整个单细胞数据集中表达量最高的基因 这有助于用户了解在数
2025-03-11 21:18:33
864
原创 05单细胞分析2025-scanpy分析流程-01示例文件下载和基本配置
Scanpy在运行时会给出错误、警告、一般信息以及一些建议性的提示。通过打印这些信息，可以帮助用户确认运行环境，并确保所使用的软件版本。这在很多情况下有助于使图像的视觉效果更好，特别是在出版和展示时。详细程度决定了代码运行时输出信息的量。值越高图像越清晰，但文件也会更大 这里将分辨率设置为。如果 write 目录已存在，不会报错（静默成功）与项目需求一致，有助于调试和结果的可复现性。：设置图像的分辨率，即“每英寸点数（等） 以及操作环境的相关信息。：设置图像背景的颜色为白色，表示输出提示信息，也就是说。
2025-03-11 20:11:43
460
原创 000单细胞分析2025-小插曲-Ubuntu22.04添加DataSpell图标至桌面收藏
记录 简要的学习 成长 体会 心得 总结 思路 心流 链接 资料 懂得都懂。
2025-03-07 09:54:03
318
原创 04单细胞分析2025-Ubuntu22.04安装jupyter notebook 和 scanpy环境
安装jupyter notebook。创建新的环境scanpy312。
2025-03-06 23:44:49
690
原创 03单细胞分析2025-cellranger9.0.1上游分析
在ubuntu的home/be下面 mkdir besinglecell 并cd进去 建立一个SCI项目文件并cd进去。大鼠: Rat reference (mRatBN7.2) - 2024-A。人类：Human reference (GRCh38) - 2024-A。小鼠：Mouse reference (GRCm39) - 2024-A。等待30分钟到1个小时 看你的配置和设置 --threads 16。下载srr转为fastq文件 并安装。下载SRR文件 自己的单细胞上游文件。
2025-03-05 17:23:26
1181
原创 02单细胞分析2025-R和python dataspell 等IDE相关软件安装
dataspell 2024.1.4 markdown记录commit 代码 图片 上传到github。pilotedit pro 19.6.0 (windows) 打开大数据文件。miniconda 比anaconda更小巧 更灵活 更可定制。https://3.jetbra.in/ 懂得都懂。github 自建的私有仓库 保存的SCI项目文件。简要的思路 心得 链接 资料 学习并记录。notepad++ 文本编辑器。
2025-03-02 11:10:03
309
原创 01单细胞分析2025-win10和ubuntu22.04双系统环境搭建
自己32G内存外星人笔记本跑了2天 相同的环境下 thinkpad出现各式各样的问题，新买时候还运行无错 用了一年多，重装了几次win10后wsl2抽风，准备闲鱼卖了thinkpad 得到高人指点后，果断安装了原始ubuntu后，很稳定的运行。但是wsl2环境下 安装Miniconda搭建python3.6进行上游SRR转换成fastq 和 cellranger 上游分析，总有这样那样的问题 得高人指点后 在自己thinkpad p16 gen2上直接安装原生的ubuntu22.04。
2025-02-26 22:42:24
215
空空如也
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人