Orthogonal Nonnegative Matrix Tri-factorizations for Clustering

转录组非负矩阵分解(NMF)/一致性聚类(ConsensusClusterPlus) 输入的数据矩阵。通常行代表样本,列代表特征或变量。是进行聚类分析的基础数据。该参数表示聚类分析时测试的最大簇数 (K)。通常设定一个合适的范围,比如2到10,以确定数据的最佳聚类数。重复聚类的次数。默认值为 100。增加重复次数可以提高一致性评估的准确性。在这里,设为500表示每个K值的聚类过程将重复500次。每次子采样时抽取样本的比例。默认值为 0.8。用于创建子样本来评估聚类的稳定性。pItem = 0.8表示每次采样80%的样本。每次子采样时抽取特征(变量)的比例。默认值为 1。 阅读详情

文章对:Orthogonal NMF(正交非负矩阵分解)与kernel K-means之间的关系进行了分析,并证明两者有内在联系:

 

定理一:

 

Orthogonal NMF:min(F>=0,G>=0)||X-FGT||2,s.t. GTG=I

与K-means聚类是相等同的。

 

该证明可以查看:

 

 C. Ding, X. He, and H.D. Simon. On the equivalence of nonnegative matrix factorization and spectral clustering. Proc. SIAM Data Mining Conf, 2005.

 

 

定理三:

 

令G为一个X的列K-means聚类的聚类指示符矩阵(cluster indicator matrix),F为X的行K-means聚类的聚类指示符矩阵。那么同步的行/列聚类可以用以下优化方法获得:

这说明3-factor的NMF与K-means聚类之间的关系。3个factor时,是在行和列上面同时进行了k-means聚类。

 

NMF降维算法与聚类模型的综合运用 NMF降维算法与聚类模型的综合运用前言一:NMF算法二:NMF算法的使用三:NMF算法与层次聚类的综合使用四:总结 前言 这一章,我们讨论下另一个比较有效的降维手段:NMF(非负矩阵分解)。NMF降维理论的创建相比于经典的降维理论,略显“年轻”。我们接下来将详细介绍下NMF的原理以及在生产实践中的运算,结合代码和可视化图像来说明这些。 岁月如云,匪我思存,写作不易,望路过的朋友们点赞收藏加关注哈,在此表示感谢! 一:NMF算法 NMF又叫非负矩阵分解,为什么是“非负”?因为非负数据往往在实际中才是有意义的数 阅读详情

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chjjunking
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