9、最大二重保留字符串映射问题与MS/MS光谱识别方法

最大二重保留字符串映射问题与MS/MS光谱识别方法

在生物信息学和数据处理等领域，最大二重保留字符串映射（MPSM）问题以及蛋白质鉴定中的串联质谱（MS/MS）光谱识别问题都是重要的研究方向。下面将分别对这两个问题的相关研究进行介绍。

最大二重保留字符串映射问题

问题概述

最大二重保留字符串映射问题旨在找到一种从字符串A到字符串B的映射，使得保留的二重（duo）数量最大化。为了解决这个问题，研究提出了一种基于组合三元组匹配的近似算法。

算法步骤

1. 构建三元组图和二重图 ：首先，构建三元组图$GT$和对应的二重图$GD$。对于字符串A和B，分别定义三元组$T_A^i$和二重$D_A^i$，其中$T_A^i$是以字符串A中字母$a_i$开头的三元组，$D_A^i$是以$a_i$开头的二重，且$D_A^i$和$D_A^{i + 1}$都是$T_A^i$的子集。
2. 寻找最大权重三元组匹配 ：在三元组图$GT$中找到最大权重的三元组匹配$MT$。
3. 添加二重图边 ：如果$(T_A^i, T_B^j)$是后半部分边，则将边$(D_A^{i + 1}, D_B^{j + 1})$添加到$GD$中。若三元组边$(T_A^i, T_B^j)$导致二重边$(D_A^i, D_B^j)$或$(D_A^{i + 1}, D_B^{j + 1})$出现，则称这些三元组支持这些二重边。同时，额外的‘&’字符会在这一步被丢弃，因为根据定义，它们不能成为任何匹配二重对的一部分。